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- EMDB-1709: Cryo-EM structure of S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1709
タイトルCryo-EM structure of S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA
マップデータCryo-EM map of S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA
試料
  • 試料: S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA
  • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • RNA: x 1種
キーワードExosome / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / RNA quality control / exoribonuclease / RNA (リボ核酸)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Malet H / Topf M / Clare DK / Ebert J / Bonneau F / Basquin J / Drazkowska K / Tomecki R / Dziembowski A / Conti E ...Malet H / Topf M / Clare DK / Ebert J / Bonneau F / Basquin J / Drazkowska K / Tomecki R / Dziembowski A / Conti E / Saibil HR / Lorentzen E
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2010
タイトル: RNA channelling by the eukaryotic exosome.
著者: Hélène Malet / Maya Topf / Daniel K Clare / Judith Ebert / Fabien Bonneau / Jerome Basquin / Karolina Drazkowska / Rafal Tomecki / Andrzej Dziembowski / Elena Conti / Helen R Saibil / Esben Lorentzen /
要旨: The eukaryotic exosome is a key nuclease for the degradation, processing and quality control of a wide variety of RNAs. Here, we report electron microscopic reconstructions and pseudo-atomic models ...The eukaryotic exosome is a key nuclease for the degradation, processing and quality control of a wide variety of RNAs. Here, we report electron microscopic reconstructions and pseudo-atomic models of the ten-subunit Saccharomyces cerevisiae exosome in the unbound and RNA-bound states. In the RNA-bound structures, extra density that is visible at the entry and exit sites of the exosome channel indicates that a substrate-threading mechanism is used by the eukaryotic exosome. This channelling mechanism seems to be conserved in exosome-like complexes from all domains of life, and might have been present in the most recent common ancestor.
履歴
登録2010年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年4月9日-
マップ公開2010年12月22日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1709exos...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1709.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 332.8 Å		2.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 332.8 Å		2.6 Å/pix.
x 128 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.573555 - 9.999890000000001
平均 (標準偏差)0.0198479 (±0.263474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.62.62.6
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-61-61-60
NX/NY/NZ122122122
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.57410.0000.020

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA

全体名称: S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA
要素
  • 試料: S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA
  • タンパク質・ペプチド: Rrp41
  • タンパク質・ペプチド: Rrp42
  • タンパク質・ペプチド: Rrp43
  • タンパク質・ペプチド: Rrp44
  • タンパク質・ペプチド: Rrp45
  • タンパク質・ペプチド: Rrp46
  • タンパク質・ペプチド: Mtr3
  • タンパク質・ペプチド: Rrp4
  • タンパク質・ペプチド: Rrp40
  • タンパク質・ペプチド: Csl4
  • RNA: RNAリボ核酸

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超分子 #1000: S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA

超分子名称: S. cerevisiae 10-subunit exosome bound to RNA / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Heterodecamer / Number unique components: 11
分子量実験値: 400 KDa / 理論値: 400 KDa

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分子 #1: Rrp41

分子名称: Rrp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Rrp41 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 27.6 KDa / 理論値: 27.6 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #2: Rrp42

分子名称: Rrp42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Rrp42 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 29.1 KDa / 理論値: 29.1 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #3: Rrp43

分子名称: Rrp43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: Rrp43 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 44 KDa / 理論値: 44 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #4: Rrp44

分子名称: Rrp44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Rrp44 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 113.7 KDa / 理論値: 113.7 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #5: Rrp45

分子名称: Rrp45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: Rrp45 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 34 KDa / 理論値: 34 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #6: Rrp46

分子名称: Rrp46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: Rrp46 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 24.4 KDa / 理論値: 24.4 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #7: Mtr3

分子名称: Mtr3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: Mtr3 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 27.3 KDa / 理論値: 27.3 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #8: Rrp4

分子名称: Rrp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / Name.synonym: Rrp4 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 39.4 KDa / 理論値: 39.4 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #9: Rrp40

分子名称: Rrp40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / Name.synonym: Rrp40 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 26.6 KDa / 理論値: 26.6 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #10: Csl4

分子名称: Csl4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / Name.synonym: Csl4 / 詳細: Present in sub-stoichiometric amount / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YJM789 / 別称: Baker's yeast / 細胞中の位置: Nucleus, cytoplasm
分子量実験値: 31.6 KDa / 理論値: 31.6 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET

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分子 #11: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 11 / Name.synonym: RNA
詳細: Stem-loop at the 5' end, single stranded RNA at the 3' end
分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 14 KDa / 理論値: 14 KDa
配列文字列:
CCCCCGAAAG GGGGAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-Hcl pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッド詳細: C-flat grid CF-2/2-4C-100
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Manual plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 121000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 121000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan helium / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 350 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5, SPIDER / 使用した粒子像数: 23000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2nn6


Chain - #0 - Chain ID: C / Chain - #1 - Chain ID: D / Chain - #2 - Chain ID: E / Chain - #3 - Chain ID: F / Chain - #4 - Chain ID: H
ソフトウェア名称: Flex-EM
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Flexible fitting of rigid body. Homology models of yeast subunits have been calculated using MODELLER from the chains C, D, E, F and H of the PDB entry 2NN6. Resulting homology models have been used for flexible fitting into the cryo-EM map.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2wp8


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: J
ソフトウェア名称: Flex-EM
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Flexible fitting of rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2ja9


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Flex-EM
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Flexible fitting of rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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