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- EMDB-1662: Structural Studies of the Sputnik Virophage -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1662
タイトルStructural Studies of the Sputnik Virophage
マップデータThis is a map of an icosahedral reconstruction of Sputnik low pass filtered to 10A and sharpened with a structure factor file.
試料
  • 試料: Sputnik
  • ウイルス: Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)
キーワードVirophage (ヴィロファージ) / Mimivirus (ミミウイルス) / PRD1-adenovirus lineage
機能・相同性Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / カプシド / structural molecule activity / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.6 Å
データ登録者Sun S / Scola BL / Bowman VD / Ryan CM / Whitelegge JP / Raoult D / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: Structural studies of the Sputnik virophage.
著者: Siyang Sun / Bernard La Scola / Valorie D Bowman / Christopher M Ryan / Julian P Whitelegge / Didier Raoult / Michael G Rossmann /
要旨: The virophage Sputnik is a satellite virus of the giant mimivirus and is the only satellite virus reported to date whose propagation adversely affects its host virus' production. Genome sequence ...The virophage Sputnik is a satellite virus of the giant mimivirus and is the only satellite virus reported to date whose propagation adversely affects its host virus' production. Genome sequence analysis showed that Sputnik has genes related to viruses infecting all three domains of life. Here, we report structural studies of Sputnik, which show that it is about 740 A in diameter, has a T=27 icosahedral capsid, and has a lipid membrane inside the protein shell. Structural analyses suggest that the major capsid protein of Sputnik is likely to have a double jelly-roll fold, although sequence alignments do not show any detectable similarity with other viral double jelly-roll capsid proteins. Hence, the origin of Sputnik's capsid might have been derived from other viruses prior to its association with mimivirus.
履歴
登録2009年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年1月8日-
マップ公開2010年1月8日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3kk5
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3kk5
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3kk5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1662.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1662.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 976.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of an icosahedral reconstruction of Sputnik low pass filtered to 10A and sharpened with a structure factor file.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.62 Å/pix.
x 640 pix.
= 1036.8 Å		1.62 Å/pix.
x 640 pix.
= 1036.8 Å		1.62 Å/pix.
x 640 pix.
= 1036.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-5.2826 - 8.17328
平均 (標準偏差)0.0357989 (±0.992055)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-320-320-320
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 1036.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z640640640
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1036.8001036.8001036.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-147
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-320-320-320
NC/NR/NS640640640
D min/max/mean-5.2838.1730.036

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添付データ

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その他

詳細[pdb_fitting_matrix.txt]
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試料の構成要素

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全体 : Sputnik

全体名称: Sputnik
要素
  • 試料: Sputnik
  • ウイルス: Sputnik virophage (スプートニクヴィロファージ)

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超分子 #1000: Sputnik

超分子名称: Sputnik / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 1mg per ml concentration / Number unique components: 1

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超分子 #1: Sputnik virophage

超分子名称: Sputnik virophage / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Sputnik / NCBI-ID: 543939 / 生物種: Sputnik virophage / ウイルスタイプ: SATELLITE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Sputnik
宿主生物種: Acanthamoeba polyphaga (多食アメーバ) / 別称: PROTOZOA
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: gp20 / 直径: 730 Å / T番号(三角分割数): 27

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッド詳細: Holey grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: In-house, gravity driven plunger
手法: 3.5ul of sample hand blotted approx. 1sec

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 39190 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.582 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.767 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 115 / 平均電子線量: 20 e/Å2

-
画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 6780

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1m3y
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: EMFIT
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3kk5:
Crystal structure of PBCV-1 VP54 fitted into a cryo-EM reconstruction of the virophage Sputnik

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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