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万見
- EMDB-1457: A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconst... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1457
タイトルA test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions.
マップデータThis is a single particle reconstruction of GroEL
試料
  • 試料: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Stagg SM / Lander GC / Quispe J / Voss NR / Cheng A / Bradlow H / Bradlow S / Carragher B / Potter CS
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2008
タイトル: A test-bed for optimizing high-resolution single particle reconstructions.
著者: Scott M Stagg / Gabriel C Lander / Joel Quispe / Neil R Voss / Anchi Cheng / Henry Bradlow / Steven Bradlow / Bridget Carragher / Clinton S Potter /
要旨: It is becoming routine for cryoEM single particle reconstructions to result in 3D electron density maps with resolutions of approximately 10A, but maps with resolutions of 5A or better are still ...It is becoming routine for cryoEM single particle reconstructions to result in 3D electron density maps with resolutions of approximately 10A, but maps with resolutions of 5A or better are still celebrated events. The electron microscope has a resolving power to better than 2A, and thus should not be a limiting factor; instead the practical limitations in resolution most likely arise from a combination of specimen preparation methods, data collection parameters, and data analysis procedures. With the aid of a highly automated system for acquiring images, coupled to a relational database to keep track of all processing parameters, we have taken a systematic approach to optimizing parameters affecting the resolution of single particle reconstructions. Using GroEL as a test-bed, we performed a series of 3D reconstructions where we systematically varied the number of particles used in computing the map, the accelerating voltage of the microscope, and the electron dose used to acquire the images. We also investigated methods for excluding unacceptable or "bad" particles from contributing to the final 3D map. Using relatively standard instrumentation (Tecnai F20, 4K x 4K CCD, side entry cold stage) and a completely automated approach, these approaches resulted in a map with a nominal resolution of 5.4A (FSC(0.5)) in which secondary structure is clearly discernable and the handedness of some of the alpha-helices in the GroEL structure can be determined.
履歴
登録2007年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年11月9日-
マップ公開2008年6月24日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1457.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1457.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 14.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a single particle reconstruction of GroEL
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.63 Å/pix.
x 156 pix.
= 254.28 Å		1.63 Å/pix.
x 156 pix.
= 254.28 Å		1.63 Å/pix.
x 156 pix.
= 254.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.63 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.55 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-7.09001 - 10.484
平均 (標準偏差)0.0530646 (±1.33817)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-78-78-78
サイズ156156156
Spacing156156156
セルA=B=C: 254.28 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.631.631.63
M x/y/z156156156
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.280254.280254.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-60-60-59
NX/NY/NZ120120120
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-78-78-78
NC/NR/NS156156156
D min/max/mean-7.09010.4840.053

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GroEL

全体名称: GroEL
要素
  • 試料: GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL

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超分子 #1000: GroEL

超分子名称: GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: D7 14-mer / Number unique components: 1
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa

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分子 #1: GroEL

分子名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GroEL / コピー数: 14 / 集合状態: homotetradecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞: E. coli / 細胞中の位置: cytosol
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100mM Hepes, 10mM Mg(OAc)2, 10mM KOAc, 2mM DTT
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: not stained
グリッド詳細: Protochips C-flat grid: holey carbon with 2um holes and 2um spacing 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. Grid plasma cleaned for 20s with Fischione 1020 plasma cleaner using 75% Argon 25% Oxygen mix.
手法: Temperature of chamber was 4 degrees C. 0 seconds drain time. Single blot. 0 mm offset. 4 ul sample applied to grid. Blot for 3.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 102 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected automatically using Leginon
日付2006年7月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 13 e/Å2
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase correction for each particle.
最終 2次元分類クラス数: 1294
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 55351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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