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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11381 | |||||||||
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タイトル | Treponema denticola chemotaxis signalling arrays in an ODP (TDE2498) deletion mutant | |||||||||
マップデータ | Treponema denticola chemotaxis arrays in an ODP (TDE2498) deletion mutant | |||||||||
試料 |
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生物種 | Treponema denticola (バクテリア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Muok AR / Yang W / Briegel A | |||||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Atypical chemoreceptor arrays accommodate high membrane curvature. 著者: Alise R Muok / Davi R Ortega / Kurni Kurniyati / Wen Yang / Zachary A Maschmann / Adam Sidi Mabrouk / Chunhao Li / Brian R Crane / Ariane Briegel / 要旨: The prokaryotic chemotaxis system is arguably the best-understood signaling pathway in biology. In all previously described species, chemoreceptors organize into a hexagonal (P6 symmetry) extended ...The prokaryotic chemotaxis system is arguably the best-understood signaling pathway in biology. In all previously described species, chemoreceptors organize into a hexagonal (P6 symmetry) extended array. Here, we report an alternative symmetry (P2) of the chemotaxis apparatus that emerges from a strict linear organization of the histidine kinase CheA in Treponema denticola cells, which possesses arrays with the highest native curvature investigated thus far. Using cryo-ET, we reveal that Td chemoreceptor arrays assume an unusual arrangement of the supra-molecular protein assembly that has likely evolved to accommodate the high membrane curvature. The arrays have several atypical features, such as an extended dimerization domain of CheA and a variant CheW-CheR-like fusion protein that is critical for maintaining an ordered chemosensory apparatus. Furthermore, the previously characterized Td oxygen sensor ODP influences CheA ordering. These results suggest a greater diversity of the chemotaxis signaling system than previously thought. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11381.map.gz | 2.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11381-v30.xml emd-11381.xml | 8 KB 8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11381_fsc.xml | 4.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11381.png | 32.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11381 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11381 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11381.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Treponema denticola chemotaxis arrays in an ODP (TDE2498) deletion mutant | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.026 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion...
全体 | 名称: Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion mutant |
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要素 |
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-超分子 #1: Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion...
超分子 | 名称: Chemotaxis arrays in a Treponema denticola ODP (TDE2498) deletion mutant タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Treponema denticola (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: LEICA PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |