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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10832 | |||||||||
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タイトル | Structure of V. alginolyticus PomAB | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio alginolyticus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Santiveri M / Roa-Eguiara A / Taylor NMI | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Structure and Function of Stator Units of the Bacterial Flagellar Motor. 著者: Mònica Santiveri / Aritz Roa-Eguiara / Caroline Kühne / Navish Wadhwa / Haidai Hu / Howard C Berg / Marc Erhardt / Nicholas M I Taylor / 要旨: Many bacteria use the flagellum for locomotion and chemotaxis. Its bidirectional rotation is driven by a membrane-embedded motor, which uses energy from the transmembrane ion gradient to generate ...Many bacteria use the flagellum for locomotion and chemotaxis. Its bidirectional rotation is driven by a membrane-embedded motor, which uses energy from the transmembrane ion gradient to generate torque at the interface between stator units and rotor. The structural organization of the stator unit (MotAB), its conformational changes upon ion transport, and how these changes power rotation of the flagellum remain unknown. Here, we present ~3 Å-resolution cryoelectron microscopy reconstructions of the stator unit in different functional states. We show that the stator unit consists of a dimer of MotB surrounded by a pentamer of MotA. Combining structural data with mutagenesis and functional studies, we identify key residues involved in torque generation and present a detailed mechanistic model for motor function and switching of rotational direction. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10832.map.gz | 5.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10832-v30.xml emd-10832.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10832_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10832.png | 92.1 KB | ||
マスクデータ | emd_10832_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10832_half_map_1.map.gz emd_10832_half_map_2.map.gz | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10832 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10832 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10832_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10832_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10832_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Stator unit PomAB
全体 | 名称: Stator unit PomAB |
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要素 |
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-超分子 #1: Stator unit PomAB
超分子 | 名称: Stator unit PomAB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The stator unit consists of a dimer of PomB surrounded by a pentamer of PomA |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C43(DE3) |
-分子 #1: PomA
分子 | 名称: PomA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDLATLLGLI GGFAFVIMAM VLGGSIGMFV DVTSILIVVG GSIFVVLMKF TMGQFFGATK IAGKAFMFKA DEPEDLIAKI VEMADAARKG GFLALEEMEI NNTFMQKGID LLVDGHDADV VRAALKKDIA LTDERHTQGT GVFRAFGDVA PAMGMIGTLV GLVAMLSNMD ...文字列: MDLATLLGLI GGFAFVIMAM VLGGSIGMFV DVTSILIVVG GSIFVVLMKF TMGQFFGATK IAGKAFMFKA DEPEDLIAKI VEMADAARKG GFLALEEMEI NNTFMQKGID LLVDGHDADV VRAALKKDIA LTDERHTQGT GVFRAFGDVA PAMGMIGTLV GLVAMLSNMD DPKAIGPAMA VALLTTLYGA ILSNMVFFPI ADKLSLRRDQ ETLNRRLIMD GVLAIQDGQN PRVIDSYLKN YLNEGKRALE IDE |
-分子 #2: PomB
分子 | 名称: PomB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDDEDNKCDC PPPGLPLWMG TFADLMSLLM CFFVLLLSFS EMDVLKFKQI AGSMKFAFGV QNQLEVKDIP KGTSIIAQEF RPGRPEPTPI DVIMQQTMDI TQQTLEFHEG ESERAGGTKR DEGKLTGGQS PETSTQNNES AEADMQQQQS KEMSQEMETL MESIKKALER ...文字列: MDDEDNKCDC PPPGLPLWMG TFADLMSLLM CFFVLLLSFS EMDVLKFKQI AGSMKFAFGV QNQLEVKDIP KGTSIIAQEF RPGRPEPTPI DVIMQQTMDI TQQTLEFHEG ESERAGGTKR DEGKLTGGQS PETSTQNNES AEADMQQQQS KEMSQEMETL MESIKKALER EIEQGAIEVE NLGQQIVIRM REKGAFPEGS AFLQPKFRPL VRQIAELVKD VPGIVRVSGH TDNRPLDSEL YRSNWDLSSQ RAVSVAQEME KVRGFSHQRL RVRGMADTEP LLPNDSDENR ALNRRVEISI MQGEPLYSEE VPVIQGTLEV LFQGPGGSGS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.82 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |