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- EMDB-10621: CryoEM structure of human CMG bound to AND-1 (CMGA) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10621
タイトルCryoEM structure of human CMG bound to AND-1 (CMGA)
マップデータHuman CMG helicase bound to AND-1 in the presence of ATPgammaS - final post processed map
試料
  • 複合体: Complex of human CMG bound to AND1
    • 複合体: Human CMG helicase
      • タンパク質・ペプチド: x 11種
    • 複合体: AND1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear origin of replication recognition complex / mitotic DNA replication / alpha DNA polymerase:primase complex / CMG complex / DNA replication checkpoint signaling ...Switching of origins to a post-replicative state / Unwinding of DNA / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear origin of replication recognition complex / mitotic DNA replication / alpha DNA polymerase:primase complex / CMG complex / DNA replication checkpoint signaling / MCM complex / regulation of phosphorylation / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / inner cell mass cell proliferation / G1/S-Specific Transcription / cochlea development / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA helicase activity / cellular response to interleukin-4 / ciliary basal body / helicase activity / Assembly of the pre-replicative complex / DNA-templated DNA replication / nucleosome assembly / Orc1 removal from chromatin / cellular response to xenobiotic stimulus / single-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / histone binding / ヘリカーゼ / cell population proliferation / DNA複製 / chromosome, telomeric region / 細胞周期 / DNA修復 / 中心体 / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / クロマチン / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily ...: / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 45 homolog / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 ...Cell division control protein 45 homolog / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.77 Å
データ登録者Rzechorzek NJ / Pellegrini L / Chirgadze DY / Hardwick SW
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust104641/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: CryoEM structures of human CMG-ATPγS-DNA and CMG-AND-1 complexes.
著者: Neil J Rzechorzek / Steven W Hardwick / Vincentius A Jatikusumo / Dimitri Y Chirgadze / Luca Pellegrini /
要旨: DNA unwinding in eukaryotic replication is performed by the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. Although the CMG architecture has been elucidated, its mechanism of DNA unwinding and replisome interactions ...DNA unwinding in eukaryotic replication is performed by the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. Although the CMG architecture has been elucidated, its mechanism of DNA unwinding and replisome interactions remain poorly understood. Here we report the cryoEM structure at 3.3 Å of human CMG bound to fork DNA and the ATP-analogue ATPγS. Eleven nucleotides of single-stranded (ss) DNA are bound within the C-tier of MCM2-7 AAA+ ATPase domains. All MCM subunits contact DNA, from MCM2 at the 5'-end to MCM5 at the 3'-end of the DNA spiral, but only MCM6, 4, 7 and 3 make a full set of interactions. DNA binding correlates with nucleotide occupancy: five MCM subunits are bound to either ATPγS or ADP, whereas the apo MCM2-5 interface remains open. We further report the cryoEM structure of human CMG bound to the replisome hub AND-1 (CMGA). The AND-1 trimer uses one β-propeller domain of its trimerisation region to dock onto the side of the helicase assembly formed by Cdc45 and GINS. In the resulting CMGA architecture, the AND-1 trimer is closely positioned to the fork DNA while its CIP (Ctf4-interacting peptide)-binding helical domains remain available to recruit partner proteins.
履歴
登録2020年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年5月27日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xty
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10621.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 303.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human CMG helicase bound to AND-1 in the presence of ATPgammaS - final post processed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-0.5425978 - 1.6387757
平均 (標準偏差)0.0029354305 (±0.069991335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ430430430
Spacing430430430
セルA=B=C: 455.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z430430430
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.800455.800455.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS430430430
D min/max/mean-0.5431.6390.003

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_10621_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Human CMG helicase bound to AND-1 in the...

ファイルemd_10621_additional.map
注釈Human CMG helicase bound to AND-1 in the presence of ATPgammaS - mask used for refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Human CMG helicase bound to AND-1 in the...

ファイルemd_10621_half_map_1.map
注釈Human CMG helicase bound to AND-1 in the presence of ATPgammaS - refined half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Human CMG helicase bound to AND-1 in the...

ファイルemd_10621_half_map_2.map
注釈Human CMG helicase bound to AND-1 in the presence of ATPgammaS - refined half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Complex of human CMG bound to AND1

全体名称: Complex of human CMG bound to AND1
要素
  • 複合体: Complex of human CMG bound to AND1
    • 複合体: Human CMG helicase
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM5
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF1
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF2
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
      • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
      • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45 homolog
    • 複合体: AND1
      • タンパク質・ペプチド: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Complex of human CMG bound to AND1

超分子名称: Complex of human CMG bound to AND1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: Human CMG helicase

超分子名称: Human CMG helicase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: AND1

超分子名称: AND1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #12
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.034102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAESSESFTM ASSPAQRRRG NDPLTSSPGR SSRRTDALTS SPGRDLPPFE DESEGLLGTE GPLEEEEDGE ELIGDGMERD YRAIPELDA YEAEGLALDD EDVEELTASQ REAAERAMRQ RDREAGRGLG RMRRGLLYDS DEEDEERPAR KRRQVERATE D GEEDEEMI ...文字列:
MAESSESFTM ASSPAQRRRG NDPLTSSPGR SSRRTDALTS SPGRDLPPFE DESEGLLGTE GPLEEEEDGE ELIGDGMERD YRAIPELDA YEAEGLALDD EDVEELTASQ REAAERAMRQ RDREAGRGLG RMRRGLLYDS DEEDEERPAR KRRQVERATE D GEEDEEMI ESIENLEDLK GHSVREWVSM AGPRLEIHHR FKNFLRTHVD SHGHNVFKER ISDMCKENRE SLVVNYEDLA AR EHVLAYF LPEAPAELLQ IFDEAALEVV LAMYPKYDRI TNHIHVRISH LPLVEELRSL RQLHLNQLIR TSGVVTSCTG VLP QLSMVK YNCNKCNFVL GPFCQSQNQE VKPGSCPECQ SAGPFEVNME ETIYQNYQRI RIQESPGKVA AGRLPRSKDA ILLA DLVDS CKPGDEIELT GIYHNNYDGS LNTANGFPVF ATVILANHVA KKDNKVAVGE LTDEDVKMIT SLSKDQQIGE KIFAS IAPS IYGHEDIKRG LALALFGGEP KNPGGKHKVR GDINVLLCGD PGTAKSQFLK YIEKVSSRAI FTTGQGASAV GLTAYV QRH PVSREWTLEA GALVLADRGV CLIDEFDKMN DQDRTSIHEA MEQQSISISK AGIVTSLQAR CTVIAAANPI GGRYDPS LT FSENVDLTEP IISRFDILCV VRDTVDPVQD EMLARFVVGS HVRHHPSNKE EEGLANGSAA EPAMPNTYGV EPLPQEVL K KYIIYAKERV HPKLNQMDQD KVAKMYSDLR KESMATGSIP ITVRHIESMI RMAEAHARIH LRDYVIEDDV NMAIRVMLE SFIDTQKFSV MRSMRKTFAR YLSFRRDNNE LLLFILKQLV AEQVTYQRNR FGAQQDTIEV PEKDLVDKAR QINIHNLSAF YDSELFRMN KFSHDLKRKM ILQQF

+
分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.04332 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLPRSPPLPR GNLWWREEFG SFRAGVESSW EPPRDFGGGS SLAAGMAGTV VLDDVELREA QRDYLDFLDD EEDQGIYQSK VRELISDNQ YRLIVNVNDL RRKNEKRANR LLNNAFEELV AFQRALKDFV ASIDATYAKQ YEEFYVGLEG SFGSKHVSPR T LTSCFLSC ...文字列:
MLPRSPPLPR GNLWWREEFG SFRAGVESSW EPPRDFGGGS SLAAGMAGTV VLDDVELREA QRDYLDFLDD EEDQGIYQSK VRELISDNQ YRLIVNVNDL RRKNEKRANR LLNNAFEELV AFQRALKDFV ASIDATYAKQ YEEFYVGLEG SFGSKHVSPR T LTSCFLSC VVCVEGIVTK CSLVRPKVVR SVHYCPATKK TIERRYSDLT TLVAFPSSSV YPTKDEENNP LETEYGLSVY KD HQTITIQ EMPEKAPAGQ LPRSVDVILD DDLVDKAKPG DRVQVVGTYR CLPGKKGGYT SGTFRTVLIA CNVKQMSKDA QPS FSAEDI AKIKKFSKTR SKDIFDQLAK SLAPSIHGHD YVKKAILCLL LGGVERDLEN GSHIRGDINI LLIGDPSVAK SQLL RYVLC TAPRAIPTTG RGSSGVGLTA AVTTDQETGE RRLEAGAMVL ADRGVVCIDE FDKMSDMDRT AIHEVMEQGR VTIAK AGIH ARLNARCSVL AAANPVYGRY DQYKTPMENI GLQDSLLSRF DLLFIMLDQM DPEQDREISD HVLRMHRYRA PGEQDG DAM PLGSAVDILA TDDPNFSQED QQDTQIYEKH DNLLHGTKKK KEKMVSAAFM KKYIHVAKII KPVLTQESAT YIAEEYS RL RSQDSMSSDT ARTSPVTART LETLIRLATA HAKARMSKTV DLQDAEEAVE LVQYAYFKKV LEKEKKRKKR SEDESETE D EEEKSQEDQE QKRKRRKTRQ PDAKDGDSYD PYDFSDTEEE MPQVHTPKTA DSQETKESQK VELSESRLKA FKVALLDVF REAHAQSIGM NRLTESINRD SEEPFSSVEI QAALSKMQDD NQVMVSEGII FLI

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.684852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLFS SPPQMHSSAI PLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI VASEQSLGQK LVIWGTDVNV A ACKENFQR ...文字列:
MSSPASTPSR RGSRRGRATP AQTPRSEDAR SSPSQRRRGE DSTSTGELQP MPTSPGVDLQ SPAAQDVLFS SPPQMHSSAI PLDFDVSSP LTYGTPSSRV EGTPRSGVRG TPVRQRPDLG SAQKGLQVDL QSDGAAAEDI VASEQSLGQK LVIWGTDVNV A ACKENFQR FLQRFIDPLA KEEENVGIDI TEPLYMQRLG EINVIGEPFL NVNCEHIKSF DKNLYRQLIS YPQEVIPTFD MA VNEIFFD RYPDSILEHQ IQVRPFNALK TKNMRNLNPE DIDQLITISG MVIRTSQLIP EMQEAFFQCQ VCAHTTRVEM DRG RIAEPS VCGRCHTTHS MALIHNRSLF SDKQMIKLQE SPEDMPAGQT PHTVILFAHN DLVDKVQPGD RVNVTGIYRA VPIR VNPRV SNVKSVYKTH IDVIHYRKTD AKRLHGLDEE AEQKLFSEKR VELLKELSRK PDIYERLASA LAPSIYEHED IKKGI LLQL FGGTRKDFSH TGRGKFRAEI NILLCGDPGT SKSQLLQYVY NLVPRGQYTS GKGSSAVGLT AYVMKDPETR QLVLQT GAL VLSDNGICCI DEFDKMNEST RSVLHEVMEQ QTLSIAKAGI ICQLNARTSV LAAANPIESQ WNPKKTTIEN IQLPHTL LS RFDLIFLLLD PQDEAYDRRL AHHLVALYYQ SEEQAEEELL DMAVLKDYIA YAHSTIMPRL SEEASQALIE AYVDMRKI G SSRGMVSAYP RQLESLIRLA EAHAKVRLSN KVEAIDVEEA KRLHREALKQ SATDPRTGIV DISILTTGMS ATSRKRKEE LAEALKKLIL SKGKTPALKY QQLFEDIRGQ SDIAITKDMF EEALRALADD DFLTVTGKTV RLL

+
分子 #4: DNA replication licensing factor MCM5

分子名称: DNA replication licensing factor MCM5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.406633 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGFDDPGIF YSDSFGGDAQ ADEGQARKSQ LQRRFKEFLR QYRVGTDRTG FTFKYRDELK RHYNLGEYWI EVEMEDLASF DEDLADYLY KQPAEHLQLL EEAAKEVADE VTRPRPSGEE VLQDIQVMLK SDASPSSIRS LKSDMMSHLV KIPGIIIAAS A VRAKATRI ...文字列:
MSGFDDPGIF YSDSFGGDAQ ADEGQARKSQ LQRRFKEFLR QYRVGTDRTG FTFKYRDELK RHYNLGEYWI EVEMEDLASF DEDLADYLY KQPAEHLQLL EEAAKEVADE VTRPRPSGEE VLQDIQVMLK SDASPSSIRS LKSDMMSHLV KIPGIIIAAS A VRAKATRI SIQCRSCRNT LTNIAMRPGL EGYALPRKCN TDQAGRPKCP LDPYFIMPDK CKCVDFQTLK LQELPDAVPH GE MPRHMQL YCDRYLCDKV VPGNRVTIMG IYSIKKFGLT TSRGRDRVGV GIRSSYIRVL GIQVDTDGSG RSFAGAVSPQ EEE EFRRLA ALPNVYEVIS KSIAPSIFGG TDMKKAIACL LFGGSRKRLP DGLTRRGDIN LLMLGDPGTA KSQLLKFVEK CSPI GVYTS GKGSSAAGLT ASVMRDPSSR NFIMEGGAMV LADGGVVCID EFDKMREDDR VAIHEAMEQQ TISIAKAGIT TTLNS RCSV LAAANSVFGR WDETKGEDNI DFMPTILSRF DMIFIVKDEH NEERDVMLAK HVITLHVSAL TQTQAVEGEI DLAKLK KFI AYCRVKCGPR LSAEAAEKLK NRYIIMRSGA RQHERDSDRR SSIPITVRQL EAIVRIAEAL SKMKLQPFAT EADVEEA LR LFQVSTLDAA LSGTLSGVEG FTSQEDQEML SRIEKQLKRR FAIGSQVSEH SIIKDFTKQK YPEHAIHKVL QLMLRRGE I QHRMQRKVLY RLK

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.010273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV ...文字列:
MDLAAAAEPG AGSQHLEVRD EVAEKCQKLF LDFLEEFQSS DGEIKYLQLA EELIRPERNT LVVSFVDLEQ FNQQLSTTIQ EEFYRVYPY LCRALKTFVK DRKEIPLAKD FYVAFQDLPT RHKIRELTSS RIGLLTRISG QVVRTHPVHP ELVSGTFLCL D CQTVIRDV EQQFKYTQPN ICRNPVCANR RRFLLDTNKS RFVDFQKVRI QETQAELPRG SIPRSLEVIL RAEAVESAQA GD KCDFTGT LIVVPDVSKL STPGARAETN SRVSGVDGYE TEGIRGLRAL GVRDLSYRLV FLACCVAPTN PRFGGKELRD EEQ TAESIK NQMTVKEWEK VFEMSQDKNL YHNLCTSLFP TIHGNDEVKR GVLLMLFGGV PKTTGEGTSL RGDINVCIVG DPST AKSQF LKHVEEFSPR AVYTSGKASS AAGLTAAVVR DEESHEFVIE AGALMLADNG VCCIDEFDKM DVRDQVAIHE AMEQQ TISI TKAGVKATLN ARTSILAAAN PISGHYDRSK SLKQNINLSA PIMSRFDLFF ILVDECNEVT DYAIARRIVD LHSRIE ESI DRVYSLDDIR RYLLFARQFK PKISKESEDF IVEQYKHLRQ RDGSGVTKSS WRITVRQLES MIRLSEAMAR MHCCDEV QP KHVKEAFRLL NKSIIRVETP DVNLDQEEEI QMEVDEGAGG INGHADSPAP VNGINGYNED INQESAPKAS LRLGFSEY C RISNLIVLHL RKVEEEEDES ALKRSELVNW YLKEIESEID SEEELINKKR IIEKVIHRLT HYDHVLIELT QAGLKGSTE GSESYEEDPY LVVNPNYLLE D

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.411875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALKDYALEK EKVKKFLQEF YQDDELGKKQ FKYGNQLVRL AHREQVALYV DLDDVAEDDP ELVDSICENA RRYAKLFADA VQELLPQYK EREVVNKDVL DVYIEHRLMM EQRSRDPGMV RSPQNQYPAE LMRRFELYFQ GPSSNKPRVI REVRADSVGK L VTVRGIVT ...文字列:
MALKDYALEK EKVKKFLQEF YQDDELGKKQ FKYGNQLVRL AHREQVALYV DLDDVAEDDP ELVDSICENA RRYAKLFADA VQELLPQYK EREVVNKDVL DVYIEHRLMM EQRSRDPGMV RSPQNQYPAE LMRRFELYFQ GPSSNKPRVI REVRADSVGK L VTVRGIVT RVSEVKPKMV VATYTCDQCG AETYQPIQSP TFMPLIMCPS QECQTNRSGG RLYLQTRGSR FIKFQEMKMQ EH SDQVPVG NIPRSITVLV EGENTRIAQP GDHVSVTGIF LPILRTGFRQ VVQGLLSETY LEAHRIVKMN KSEDDESGAG ELT REELRQ IAEEDFYEKL AASIAPEIYG HEDVKKALLL LLVGGVDQSP RGMKIRGNIN ICLMGDPGVA KSQLLSYIDR LAPR SQYTT GRGSSGVGLT AAVLRDSVSG ELTLEGGALV LADQGVCCID EFDKMAEADR TAIHEVMEQQ TISIAKAGIL TTLNA RCSI LAAANPAYGR YNPRRSLEQN IQLPAALLSR FDLLWLIQDR PDRDNDLRLA QHITYVHQHS RQPPSQFEPL DMKLMR RYI AMCREKQPMV PESLADYITA AYVEMRREAW ASKDATYTSA RTLLAILRLS TALARLRMVD VVEKEDVNEA IRLMEMS KD SLLGDKGQTA RTQRPADVIF ATVRELVSGG RSVRFSEAEQ RCVSRGFTPA QFQAALDEYE ELNVWQVNAS RTRITFV

+
分子 #7: DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.022469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFCEKAMELI RELHRAPEGQ LPAFNEDGLR QVLEEMKALY EQNQSDVNEA KSGGRSDLIP TIKFRHCSLL RNRRCTVAYL YDRLLRIRA LRWEYGSVLP NALRFHMAAE EMEWFNNYKR SLATYMRSLG GDEGLDITQD MKPPKSLYIE VRCLKDYGEF E VDDGTSVL ...文字列:
MFCEKAMELI RELHRAPEGQ LPAFNEDGLR QVLEEMKALY EQNQSDVNEA KSGGRSDLIP TIKFRHCSLL RNRRCTVAYL YDRLLRIRA LRWEYGSVLP NALRFHMAAE EMEWFNNYKR SLATYMRSLG GDEGLDITQD MKPPKSLYIE VRCLKDYGEF E VDDGTSVL LKKNSQHFLP RWKCEQLIRQ GVLEHILS

+
分子 #8: DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.453713 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDAAEVEFLA EKELVTIIPN FSLDKIYLIG GDLGPFNPGL PVEVPLWLAI NLKQRQKCRL LPPEWMDVEK LEKMRDHERK EETFTPMPS PYYMELTKLL LNHASDNIPK ADEIRTLVKD MWDTRIAKLR VSADSFVRQQ EAHAKLDNLT LMEINTSGTF L TQALNHMY KLRTNLQPLE STQSQDF

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分子 #9: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.562611 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSEAYFRVES GALGPEENFL SLDDILMSHE KLPVRTETAM PRLGAFFLER SAGAETDNAV PQGSKLELPL WLAKGLFDNK RRILSVELP KIYQEGWRTV FSADPNVVDL HKMGPHFYGF GSQLLHFDSP ENADISQSLL QTFIGRFRRI MDSSQNAYNE D TSALVARL ...文字列:
MSEAYFRVES GALGPEENFL SLDDILMSHE KLPVRTETAM PRLGAFFLER SAGAETDNAV PQGSKLELPL WLAKGLFDNK RRILSVELP KIYQEGWRTV FSADPNVVDL HKMGPHFYGF GSQLLHFDSP ENADISQSLL QTFIGRFRRI MDSSQNAYNE D TSALVARL DEMERGLFQT GQKGLNDFQC WEKGQASQIT ASNLVQNYKK RKFTDMED

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分子 #10: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.081873 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTEEVDFLGQ DSDGGSEEVV LTPAELIERL EQAWMNEKFA PELLESKPEI VECVMEQLEH MEENLRRAKR EDLKVSIHQM EMERIRYVL SSYLRCRLMK IEKFFPHVLE KEKTRPEGEP SSLSPEELAF AREFMANTES YLKNVALKHM PPNLQKVDLF R AVPKPDLD ...文字列:
MTEEVDFLGQ DSDGGSEEVV LTPAELIERL EQAWMNEKFA PELLESKPEI VECVMEQLEH MEENLRRAKR EDLKVSIHQM EMERIRYVL SSYLRCRLMK IEKFFPHVLE KEKTRPEGEP SSLSPEELAF AREFMANTES YLKNVALKHM PPNLQKVDLF R AVPKPDLD SYVFLRVRER QENILVEPDT DEQRDYVIDL EKGSQHLIRY KTIAPLVASG AVQLI

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分子 #11: Cell division control protein 45 homolog

分子名称: Cell division control protein 45 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.650555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVSDFRKEF YEVVQSQRVL LFVASDVDAL CACKILQALF QCDHVQYTLV PVSGWQELET AFLEHKEQFH YFILINCGAN VDLLDILQP DEDTIFFVCD THRPVNVVNV YNDTQIKLLI KQDDDLEVPA YEDIFRDEEE DEEHSGNDSD GSEPSEKRTR L EEEIVEQT ...文字列:
MFVSDFRKEF YEVVQSQRVL LFVASDVDAL CACKILQALF QCDHVQYTLV PVSGWQELET AFLEHKEQFH YFILINCGAN VDLLDILQP DEDTIFFVCD THRPVNVVNV YNDTQIKLLI KQDDDLEVPA YEDIFRDEEE DEEHSGNDSD GSEPSEKRTR L EEEIVEQT MRRRQRREWE ARRRDILFDY EQYEYHGTSS AMVMFELAWM LSKDLNDMLW WAIVGLTDQW VQDKITQMKY VT DVGVLQR HVSRHNHRNE DEENTLSVDC TRISFEYDLR LVLYQHWSLH DSLCNTSYTA ARFKLWSVHG QKRLQEFLAD MGL PLKQVK QKFQAMDISL KENLREMIEQ SANKFGMKDM RVQTFSIHFG FKHKFLASDV VFATMSLMES PEKDGSGTDH FIQA LDSLS RSNLDKLYHG LELAKKQLRA TQQTIASCLC TNLVISQGPF LYCSLMEGTP DVMLFSRPAS LSLLSKHLLK SFVCS TKNR RCKLLPLVMA APLSMEHGTV TVVGIPPETD SSDRKNFFGR AFEKAAESTS SRMLHNHFDL SVIELKAEDR SKFLDA LIS LLS

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分子 #12: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1

分子名称: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 130.48475 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KENLYFQGSS ATMPATRKPM RYGHTEGHTE VCFDDSGSFI VTCGSDGDVR IWEDLDDDD PKFINVGEKA YSCALKSGKL VTAVSNNTIQ VHTFPEGVPD GILTRFTTNA NHVVFNGDGT KIAAGSSDFL V KIVDVMDS ...文字列:
MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KENLYFQGSS ATMPATRKPM RYGHTEGHTE VCFDDSGSFI VTCGSDGDVR IWEDLDDDD PKFINVGEKA YSCALKSGKL VTAVSNNTIQ VHTFPEGVPD GILTRFTTNA NHVVFNGDGT KIAAGSSDFL V KIVDVMDS SQQKTFRGHD APVLSLSFDP KDIFLASASC DGSVRVWQIS DQTCAISWPL LQKCNDVINA KSICRLAWQP KS GKLLAIP VEKSVKLYRR ESWSHQFDLS DNFISQTLNI VTWSPCGQYL AAGSINGLII VWNVETKDCM ERVKHEKGYA ICG LAWHPT CGRISYTDAE GNLGLLENVC DPSGKTSSSK VSSRVEKDYN DLFDGDDMSN AGDFLNDNAV EIPSFSKGII NDDE DDEDL MMASGRPRQR SHILEDDENS VDISMLKTGS SLLKEEEEDG QEGSIHNLPL VTSQRPFYDG PMPTPRQKPF QSGST PLHL THRFMVWNSI GIIRCYNDEQ DNAIDVEFHD TSIHHATHLS NTLNYTIADL SHEAILLACE STDELASKLH CLHFSS WDS SKEWIIDLPQ NEDIEAICLG QGWAAAATSA LLLRLFTIGG VQKEVFSLAG PVVSMAGHGE QLFIVYHRGT GFDGDQC LG VQLLELGKKK KQILHGDPLP LTRKSYLAWI GFSAEGTPCY VDSEGIVRML NRGLGNTWTP ICNTREHCKG KSDHYWVV G IHENPQQLRC IPCKGSRFPP TLPRPAVAIL SFKLPYCQIA TEKGQMEEQF WRSVIFHNHL DYLAKNGYEY EESTKNQAT KEQQELLMKM LALSCKLERE FRCVELADLM TQNAVNLAIK YASRSRKLIL AQKLSELAVE KAAELTATQV EEEEEEEDFR KKLNAGYSN TATEWSQPRF RNQVEEDAED SGEADDEEKP EIHKPGQNSF SKSTNSSDVS AKSGAVTFSS QGRVNPFKVS A SSKEPAMS MNSARSTNIL DNMGKSSKKS TALSRTTNNE KSPIIKPLIP KPKPKQASAA SYFQKRNSQT NKTEEVKEEN LK NVLSETP AICPPQNTEN QRPKTGFQMW LEENRSNILS DNPDFSDEAD IIKEGMIRFR VLSTEERKVW ANKAKGETAS EGT EAKKRK RVVDESDETE NQEEKAKENL NLSKKQKPLD FSTNQKLSAF AFKQE

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分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 54.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15393
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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