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- EMDB-10621: CryoEM structure of human CMG bound to AND-1 (CMGA) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10621
タイトルCryoEM structure of human CMG bound to AND-1 (CMGA)
マップデータ
試料Complex of human CMG bound to AND1
  • Human CMG helicase
  • AND1
  • (DNA replication licensing factor ...) x 6
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • Cell division control protein 45 homolog
  • WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1
  • ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication checkpoint signaling / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / regulation of chromatin silencing at telomere / nuclear origin of replication recognition complex / cellular response to xenobiotic stimulus / CMG complex ...DNA replication checkpoint signaling / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / alpha DNA polymerase:primase complex / mitotic DNA replication / regulation of chromatin silencing at telomere / nuclear origin of replication recognition complex / cellular response to xenobiotic stimulus / CMG complex / MCM complex / mitotic DNA replication initiation / negative regulation of DNA helicase activity / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / inner cell mass cell proliferation / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / regulation of phosphorylation / nuclear replication fork / DNA strand elongation involved in DNA replication / cochlea development / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication origin binding / ciliary basal body / cellular response to interleukin-4 / regulation of transcription involved in G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to epidermal growth factor stimulus / DNA replication initiation / pre-replicative complex assembly / nucleosome assembly / DNA-dependent DNA replication / single-stranded DNA binding / cell population proliferation / ヘリカーゼ / DNA helicase activity / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / histone binding / DNA複製 / 中心体 / DNA修復 / クロマチン / cellular response to DNA damage stimulus / response to drug / apoptotic process / chromatin binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / DNA binding / 生体膜 / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
DNA replication licensing factor Mcm6 / MCM domain / WD40 repeat, conserved site / Mini-chromosome maintenance, conserved site / DNA replication licensing factor Mcm7 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / GINS complex, subunit Psf3 / High mobility group box domain / GINS complex subunit Sld5 ...DNA replication licensing factor Mcm6 / MCM domain / WD40 repeat, conserved site / Mini-chromosome maintenance, conserved site / DNA replication licensing factor Mcm7 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / GINS complex, subunit Psf3 / High mobility group box domain / GINS complex subunit Sld5 / WD40リピート / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / AAA+ ATPase domain / CDC45 family / GINS complex, subunit Psf1 / DNA replication complex GINS protein Psf2 / DNA replication licensing factor Mcm2 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm5 / GINS subunit, domain A / WD40-repeat-containing domain / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / MCM N-terminal domain / GINS, helical bundle-like domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / High mobility group box domain superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / Mini-chromosome maintenance protein / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM, AAA-lid domain / MCM OB domain
DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication licensing factor MCM6 / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM3 ...DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication licensing factor MCM6 / WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM3 / Cell division control protein 45 homolog / DNA replication complex GINS protein PSF2
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.77 Å
データ登録者Rzechorzek NJ / Pellegrini L / Chirgadze DY / Hardwick SW
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number
Wellcome Trust104641/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / : 2020
タイトル: CryoEM structures of human CMG-ATPγS-DNA and CMG-AND-1 complexes.
著者: Neil J Rzechorzek / Steven W Hardwick / Vincentius A Jatikusumo / Dimitri Y Chirgadze / Luca Pellegrini /
要旨: DNA unwinding in eukaryotic replication is performed by the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. Although the CMG architecture has been elucidated, its mechanism of DNA unwinding and replisome interactions ...DNA unwinding in eukaryotic replication is performed by the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. Although the CMG architecture has been elucidated, its mechanism of DNA unwinding and replisome interactions remain poorly understood. Here we report the cryoEM structure at 3.3 Å of human CMG bound to fork DNA and the ATP-analogue ATPγS. Eleven nucleotides of single-stranded (ss) DNA are bound within the C-tier of MCM2-7 AAA+ ATPase domains. All MCM subunits contact DNA, from MCM2 at the 5'-end to MCM5 at the 3'-end of the DNA spiral, but only MCM6, 4, 7 and 3 make a full set of interactions. DNA binding correlates with nucleotide occupancy: five MCM subunits are bound to either ATPγS or ADP, whereas the apo MCM2-5 interface remains open. We further report the cryoEM structure of human CMG bound to the replisome hub AND-1 (CMGA). The AND-1 trimer uses one β-propeller domain of its trimerisation region to dock onto the side of the helicase assembly formed by Cdc45 and GINS. In the resulting CMGA architecture, the AND-1 trimer is closely positioned to the fork DNA while its CIP (Ctf4-interacting peptide)-binding helical domains remain available to recruit partner proteins.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年5月27日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xty
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 303.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 430 pix.
= 455.8 Å
1.06 Å/pix.
x 430 pix.
= 455.8 Å
1.06 Å/pix.
x 430 pix.
= 455.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-0.5425978 - 1.6387757
平均 (標準偏差)0.0029354305 (±0.069991335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions430430430
Spacing430430430
セルA=B=C: 455.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z430430430
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.800455.800455.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS430430430
D min/max/mean-0.5431.6390.003

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添付データ

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セグメンテーションマップ: #1

ファイルemd_10621_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Human CMG helicase bound to AND-1 in the...

ファイルemd_10621_additional.map
注釈Human CMG helicase bound to AND-1 in the presence of ATPgammaS - mask used for refinement
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Human CMG helicase bound to AND-1 in the...

ファイルemd_10621_half_map_1.map
注釈Human CMG helicase bound to AND-1 in the presence of ATPgammaS - refined half-map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Human CMG helicase bound to AND-1 in the...

ファイルemd_10621_half_map_2.map
注釈Human CMG helicase bound to AND-1 in the presence of ATPgammaS - refined half-map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 Complex of human CMG bound to AND1

全体名称: Complex of human CMG bound to AND1 / 構成要素数: 16

+
構成要素 #1: タンパク質, Complex of human CMG bound to AND1

タンパク質名称: Complex of human CMG bound to AND1 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #2: タンパク質, Human CMG helicase

タンパク質名称: Human CMG helicase / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #3: タンパク質, AND1

タンパク質名称: AND1 / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #4: タンパク質, DNA replication licensing factor MCM2

タンパク質名称: DNA replication licensing factor MCM2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 102.034102 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #5: タンパク質, DNA replication licensing factor MCM3

タンパク質名称: DNA replication licensing factor MCM3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 96.04332 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #6: タンパク質, DNA replication licensing factor MCM4

タンパク質名称: DNA replication licensing factor MCM4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 96.684852 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #7: タンパク質, DNA replication licensing factor MCM5

タンパク質名称: DNA replication licensing factor MCM5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 82.406633 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #8: タンパク質, DNA replication licensing factor MCM6

タンパク質名称: DNA replication licensing factor MCM6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 93.010273 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #9: タンパク質, DNA replication licensing factor MCM7

タンパク質名称: DNA replication licensing factor MCM7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 81.411875 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #10: タンパク質, DNA replication complex GINS protein PSF1

タンパク質名称: DNA replication complex GINS protein PSF1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.022469 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #11: タンパク質, DNA replication complex GINS protein PSF2

タンパク質名称: DNA replication complex GINS protein PSF2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.453713 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #12: タンパク質, DNA replication complex GINS protein PSF3

タンパク質名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.562611 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #13: タンパク質, DNA replication complex GINS protein SLD5

タンパク質名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.081873 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #14: タンパク質, Cell division control protein 45 homolog

タンパク質名称: Cell division control protein 45 homolog / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 65.650555 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #15: タンパク質, WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1

タンパク質名称: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1 / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 130.48475 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #16: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 5 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 54.3 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: FEI FALCON III (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 15393
3次元再構成解像度: 6.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

得られたモデル

+
万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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