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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10553 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM of native human uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) filament. | |||||||||||||||
マップデータ | Density-modified cryo-em map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) filament core (estimated resolution 3.35 A). | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 citric acid secretion / metanephric thick ascending limb development / metanephric distal convoluted tubule development / connective tissue replacement / urea transmembrane transport / protein transport into plasma membrane raft / Asparagine N-linked glycosylation / organ or tissue specific immune response / micturition / metanephric ascending thin limb development ...citric acid secretion / metanephric thick ascending limb development / metanephric distal convoluted tubule development / connective tissue replacement / urea transmembrane transport / protein transport into plasma membrane raft / Asparagine N-linked glycosylation / organ or tissue specific immune response / micturition / metanephric ascending thin limb development / urate transport / collecting duct development / renal urate salt excretion / regulation of protein transport / protein localization to vacuole / antibacterial innate immune response / intracellular chloride ion homeostasis / renal sodium ion absorption / juxtaglomerular apparatus development / glomerular filtration / intracellular phosphate ion homeostasis / neutrophil migration / response to water deprivation / potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of urine volume / endoplasmic reticulum organization / renal water homeostasis / IgG binding / ciliary membrane / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / extrinsic component of membrane / cellular response to unfolded protein / cellular defense response / multicellular organismal response to stress / side of membrane / ERAD pathway / chaperone-mediated protein folding / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RNA splicing / lipid metabolic process / apoptotic signaling pathway / regulation of blood pressure / cilium / spindle pole / autophagy / intracellular calcium ion homeostasis / Golgi lumen / basolateral plasma membrane / defense response to Gram-negative bacterium / response to lipopolysaccharide / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Stsiapanava A / Xu C / Carroni M / Wu B / Jovine L | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, シンガポール, 4件
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引用 | ジャーナル: Curr Top Dev Biol / 年: 2018 タイトル: Structure of Zona Pellucida Module Proteins. 著者: Marcel Bokhove / Luca Jovine / 要旨: The egg coat, an extracellular matrix made up of glycoprotein filaments, plays a key role in animal fertilization by acting as a gatekeeper for sperm. Egg coat components polymerize using a common ...The egg coat, an extracellular matrix made up of glycoprotein filaments, plays a key role in animal fertilization by acting as a gatekeeper for sperm. Egg coat components polymerize using a common zona pellucida (ZP) "domain" module that consists of two related immunoglobulin-like domains, called ZP-N and ZP-C. The ZP module has also been recognized in a large number of other secreted proteins with different biological functions, whose mutations are linked to severe human diseases. During the last decade, tremendous progress has been made toward understanding the atomic architecture of the ZP module and the structural basis of its polymerization. Moreover, sperm-binding regions at the N-terminus of mollusk and mammalian egg coat subunits were found to consist of domain repeats that also adopt a ZP-N fold. This discovery revealed an unexpected link between invertebrate and vertebrate fertilization and led to the first structure of an egg coat-sperm protein recognition complex. In this review we summarize these exciting findings, discuss their functional implications, and outline future challenges that must be addressed in order to develop a comprehensive view of this family of biomedically important extracellular molecules. #2: ジャーナル: Biol. Cellulaire / 年: 1980 タイトル: Etude chimique et ultrastructurale de la glycoproteine de Tamm et Horsfall ou uromucoide. 著者: Delain E / Thiery JP / Coulard D / Joliviene A / Hartman L #14: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of native human uromodulin, a zona pellucida module polymer. 著者: Stsiapanava A / Xu C / Brunati M / Zamora-Caballero S / Schaeffer C / Han L / Carroni M / Yasumasu S / Rampoldi L / Wu B / Jovine L | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10553.map.gz | 7.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10553-v30.xml emd-10553.xml | 40.4 KB 40.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10553_fsc.xml emd_10553_fsc_2.xml | 11.5 KB 12.4 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10553.png | 72.6 KB | ||
その他 | emd_10553_additional_1.map.gz emd_10553_additional_2.map.gz emd_10553_half_map_1.map.gz emd_10553_half_map_2.map.gz | 12.4 MB 46 MB 46.2 MB 46.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10553 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10553 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10553_validation.pdf.gz | 299.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10553_full_validation.pdf.gz | 298.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10553 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10553 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Density-modified cryo-em map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) filament core (estimated resolution 3.35 A). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Density-modified cryo-em map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein...
ファイル | emd_10553_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Density-modified cryo-em map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) filament (estimated resolution 3.76 A). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened cryo-EM map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein...
ファイル | emd_10553_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened cryo-EM map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) filament. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unsharpened cryo-EM half map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall...
ファイル | emd_10553_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened cryo-EM half map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) filament. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unsharpened cryo-EM half map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall...
ファイル | emd_10553_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened cryo-EM half map of native uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) filament. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP)
全体 | 名称: Uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) |
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要素 |
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-超分子 #1: Uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP)
超分子 | 名称: Uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Uromodulin
分子 | 名称: Uromodulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 61.498816 KDa |
配列 | 文字列: DTSEARWCSE CHSNATCTED EAVTTCTCQE GFTGDGLTCV DLDECAIPGA HNCSANSSCV NTPGSFSCVC PEGFRLSPGL GCTDVDECA EPGLSHCHAL ATCVNVVGSY LCVCPAGYRG DGWHCECSPG SCGPGLDCVP EGDALVCADP CQAHRTLDEY W RSTEYGEG ...文字列: DTSEARWCSE CHSNATCTED EAVTTCTCQE GFTGDGLTCV DLDECAIPGA HNCSANSSCV NTPGSFSCVC PEGFRLSPGL GCTDVDECA EPGLSHCHAL ATCVNVVGSY LCVCPAGYRG DGWHCECSPG SCGPGLDCVP EGDALVCADP CQAHRTLDEY W RSTEYGEG YACDTDLRGW YRFVGQGGAR MAETCVPVLR CNTAAPMWLN GTHPSSDEGI VSRKACAHWS GHCCLWDASV QV KACAGGY YVYNLTAPPE CHLAYCTDPS SVEGTCEECS IDEDCKSNNG RWHCQCKQDF NITDISLLEH RLECGANDMK VSL GKCQLK SLGFDKVFMY LSDSRCSGFN DRDNRDWVSV VTPARDGPCG TVLTRNETHA TYSNTLYLAD EIIIRDLNIK INFA CSYPL DMKVSLKTAL QPMVSALNIR VGGTGMFTVR MALFQTPSYT QPYQGSSVTL STEAFLYVGT MLDGGDLSRF ALLMT NCYA TPSSNATDPL KYFIIQDRCP HTRDSTIQVV ENGESSQGRF SVQMFRFAGN YDLVYLHCEV YLCDTMNEKC KPTCSG TRF |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.85 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2300 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.4000000000000001 µm 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |