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- EMDB-10183: Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrBZ and DARPin in Saposin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10183
タイトルCryo-EM structure of Escherichia coli AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc
    • 複合体: Multidrug efflux pump subunit AcrB
      • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrB
    • 複合体: DARPin
      • タンパク質・ペプチド: DARPin
    • 複合体: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
      • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / 生体膜 ...xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump-associated protein AcrZ / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / synthetic construct (人工物) / Shigella boydii 965-58 (ボイド赤痢菌) / Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Szewczak-Harris A / Du D / Newman C / Neuberger A / Luisi BF
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council742210 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Interactions of a Bacterial RND Transporter with a Transmembrane Small Protein in a Lipid Environment.
著者: Dijun Du / Arthur Neuberger / Mona Wu Orr / Catherine E Newman / Pin-Chia Hsu / Firdaus Samsudin / Andrzej Szewczak-Harris / Leana M Ramos / Mekdes Debela / Syma Khalid / Gisela Storz / Ben F Luisi /
要旨: The small protein AcrZ in Escherichia coli interacts with the transmembrane portion of the multidrug efflux pump AcrB and increases resistance of the bacterium to a subset of the antibiotic ...The small protein AcrZ in Escherichia coli interacts with the transmembrane portion of the multidrug efflux pump AcrB and increases resistance of the bacterium to a subset of the antibiotic substrates of that transporter. It is not clear how the physical association of the two proteins selectively changes activity of the pump for defined substrates. Here, we report cryo-EM structures of AcrB and the AcrBZ complex in lipid environments, and comparisons suggest that conformational changes occur in the drug-binding pocket as a result of AcrZ binding. Simulations indicate that cardiolipin preferentially interacts with the AcrBZ complex, due to increased contact surface, and we observe that chloramphenicol sensitivity of bacteria lacking AcrZ is exacerbated when combined with cardiolipin deficiency. Taken together, the data suggest that AcrZ and lipid cooperate to allosterically modulate AcrB activity. This mode of regulation by a small protein and lipid may occur for other membrane proteins.
履歴
登録2019年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月13日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sgs
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10183.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.17104171 - 0.25545758
平均 (標準偏差)-0.00000120111 (±0.009158099)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 327.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z327.000327.000327.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1710.255-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10183_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10183_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10183_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc

全体名称: Ternary complex of AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc
要素
  • 複合体: Ternary complex of AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc
    • 複合体: Multidrug efflux pump subunit AcrB
      • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrB
    • 複合体: DARPin
      • タンパク質・ペプチド: DARPin
    • 複合体: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
      • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ

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超分子 #1: Ternary complex of AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc

超分子名称: Ternary complex of AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Multidrug efflux pump subunit AcrB

超分子名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

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超分子 #3: DARPin

超分子名称: DARPin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

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超分子 #4: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ

超分子名称: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Shigella boydii 965-58 (ボイド赤痢菌)
組換発現生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

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分子 #1: Multidrug efflux pump subunit AcrB

分子名称: Multidrug efflux pump subunit AcrB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K12 (大腸菌)
分子量理論値: 113.66518 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
配列文字列: MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNMN GIDNLMYMSS NSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP QEVQQQGVSV EKSSSSFLMV VGVINTDGTM TQEDISDYVA A NMKDAISR ...文字列:
MPNFFIDRPI FAWVIAIIIM LAGGLAILKL PVAQYPTIAP PAVTISASYP GADAKTVQDT VTQVIEQNMN GIDNLMYMSS NSDSTGTVQ ITLTFESGTD ADIAQVQVQN KLQLAMPLLP QEVQQQGVSV EKSSSSFLMV VGVINTDGTM TQEDISDYVA A NMKDAISR TSGVGDVQLF GSQYAMRIWM NPNELNKFQL TPVDVITAIK AQNAQVAAGQ LGGTPPVKGQ QLNASIIAQT RL TSTEEFG KILLKVNQDG SRVLLRDVAK IELGGENYDI IAEFNGQPAS GLGIKLATGA NALDTAAAIR AELAKMEPFF PSG LKIVYP YDTTPFVKIS IHEVVKTLVE AIILVFLVMY LFLQNFRATL IPTIAVPVVL LGTFAVLAAF GFSINTLTMF GMVL AIGLL VDDAIVVVEN VERVMAEEGL PPKEATRKSM GQIQGALVGI AMVLSAVFVP MAFFGGSTGA IYRQFSITIV SAMAL SVLV ALILTPALCA TMLKPIAKGD HGEGKKGFFG WFNRMFEKST HHYTDSVGGI LRSTGRYLVL YLIIVVGMAY LFVRLP SSF LPDEDQGVFM TMVQLPAGAT QERTQKVLNE VTHYYLTKEK NNVESVFAVN GFGFAGRGQN TGIAFVSLKD WADRPGE EN KVEAITMRAT RAFSQIKDAM VFAFNLPAIV ELGTATGFDF ELIDQAGLGH EKLTQARNQL LAEAAKHPDM LTSVRPNG L EDTPQFKIDI DQEKAQALGV SINDINTTLG AAWGGSYVND FIDRGRVKKV YVMSEAKYRM LPDDIGDWYV RAADGQMVP FSAFSSSRWE YGSPRLERYN GLPSMEILGQ AAPGKSTGEA MELMEQLASK LPTGVGYDWT GMSYQERLSG NQAPSLYAIS LIVVFLCLA ALYESWSIPF SVMLVVPLGV IGALLAATFR GLTNDVYFQV GLLTTIGLSA KNAILIVEFA KDLMDKEGKG L IEATLDAV RMRLRPILMT SLAFILGVMP LVISTGAGSG AQNAVGTGVM GGMVTATVLA IFFVPVFFVV VRRRFSRKNE DI EHSHTVD HH

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分子 #2: DARPin

分子名称: DARPin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 18.317566 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
配列文字列:
MRGSHHHHHH GSDLGKKLLE AARAGRDDEV RILMANGADV NAADVVGWTP LHLAAYWGHL EIVEVLLKNG ADVNAYDTLG STPLHLAAH FGHLEIVEVL LKNGADVNAK DDNGITPLHL AANRGHLEIV EVLLKYGADV NAQDKFGKTA FDISINNGNE D LAEILQKL N

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分子 #3: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ

分子名称: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella boydii 965-58 (ボイド赤痢菌)
分子量理論値: 5.304423 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
配列文字列:
MLELLKSLVF AVIMVPVVMA IILGLIYGLG EVFNIFSGVG KKDQPGQNH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mM(HOCH2)3CNH2Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0038 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1356 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 26.25 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.08)
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 94507
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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