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- EMDB-10095: Structure of the FliPQR complex from the flagellar type 3 secreti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10095
タイトルStructure of the FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseudomonas savastanoi.
マップデータStructure of the FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseudomonas savastanoi.
試料
  • 複合体: FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseudomonas savastanoi
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar biosynthetic protein FliP
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar biosynthetic protein FliR
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar biosynthetic protein FliQ
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Flagellar biosynthesis protein FliR / Flagellar transport protein FliP / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar biosynthetic protein FliR / Flagellar biosynthetic protein FliP / Flagellar biosynthetic protein FliQ
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola 1448A (バクテリア) / Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (strain 1448A / Race 6) (バクテリア) / Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kuhlen L / Johnson S / Deme JC / Lea SM
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust100298 英国
Wellcome Trust201536 英国
Wellcome Trust109136 英国
Wolfson FoundationWL160052 英国
Medical Research Council (United Kingdom)M011984 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The substrate specificity switch FlhB assembles onto the export gate to regulate type three secretion.
著者: Lucas Kuhlen / Steven Johnson / Andreas Zeitler / Sandra Bäurle / Justin C Deme / Joseph J E Caesar / Rebecca Debo / Joseph Fisher / Samuel Wagner / Susan M Lea /
要旨: Protein secretion through type-three secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many bacteria. Proteins are transported through an export gate containing three proteins ...Protein secretion through type-three secretion systems (T3SS) is critical for motility and virulence of many bacteria. Proteins are transported through an export gate containing three proteins (FliPQR in flagella, SctRST in virulence systems). A fourth essential T3SS protein (FlhB/SctU) functions to "switch" secretion substrate specificity once the growing hook/needle reach their determined length. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of an export gate containing the switch protein from a Vibrio flagellar system at 3.2 Å resolution. The structure reveals that FlhB/SctU extends the helical export gate with its four predicted transmembrane helices wrapped around FliPQR/SctRST. The unusual topology of the FlhB/SctU helices creates a loop wrapped around the bottom of the closed export gate. Structure-informed mutagenesis suggests that this loop is critical in gating secretion and we propose that a series of conformational changes in the T3SS trigger opening of the gate through interactions between FlhB/SctU and FliPQR/SctRST.
履歴
登録2019年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月10日-
マップ公開2020年3月25日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0166
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0166
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6s3r
  • 表面レベル: 0.0166
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10095.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseudomonas savastanoi.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0166 / ムービー #1: 0.0166
最小 - 最大-0.052240472 - 0.081255555
平均 (標準偏差)0.00000248061 (±0.0031633396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 236.73601 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8220.8220.822
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z236.736236.736236.736
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0520.0810.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10095_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: refinement map

ファイルemd_10095_additional.map
注釈refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_10095_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_10095_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseu...

全体名称: FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseudomonas savastanoi
要素
  • 複合体: FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseudomonas savastanoi
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar biosynthetic protein FliP
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar biosynthetic protein FliR
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar biosynthetic protein FliQ

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超分子 #1: FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseu...

超分子名称: FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseudomonas savastanoi
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola 1448A (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 210 KDa

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分子 #1: Flagellar biosynthetic protein FliP

分子名称: Flagellar biosynthetic protein FliP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (strain 1448A / Race 6) (バクテリア)
株: 1448A / Race 6
分子量理論値: 27.199805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGALRFVILL LLVMVTPAVL AADPLSIPAI TLSNGADGQQ EYSVSLQILL IMTALSFIPA FVMLMTSFTR IIIVFSILRQ ALGLQQTPS NQILTGMALF LTMFIMAPVF DRVNQDALQP YLAEKLSAQD AVAKAQVPIK DFMLAQTRTS DLELFMRLSK R TDIPTPDA ...文字列:
MGALRFVILL LLVMVTPAVL AADPLSIPAI TLSNGADGQQ EYSVSLQILL IMTALSFIPA FVMLMTSFTR IIIVFSILRQ ALGLQQTPS NQILTGMALF LTMFIMAPVF DRVNQDALQP YLAEKLSAQD AVAKAQVPIK DFMLAQTRTS DLELFMRLSK R TDIPTPDA APLTILVPAF VISELKTAFQ IGFMIFIPFL IIDLVVASVL MAMGMMMLSP LIISLPFKIM LFVLVDGWAL IV GTLAGSF GGV

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分子 #2: Flagellar biosynthetic protein FliR

分子名称: Flagellar biosynthetic protein FliR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア)
分子量理論値: 32.352314 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQPMLALTDI QISTWVASFM LPMFRIVALL MTMPVIGTTL VPRRVRLYLA FAITVVVAPA LPAMPPVQAL DLSGLLLIGE QIIIGAGMG LSLQMFFHIF VIAGQIISTQ MGMGFASMVD PTNGVSSAVI GQFFTMLVTL LFLFMNGHLV VLEVLVESFT T MPVGGGLL ...文字列:
MQPMLALTDI QISTWVASFM LPMFRIVALL MTMPVIGTTL VPRRVRLYLA FAITVVVAPA LPAMPPVQAL DLSGLLLIGE QIIIGAGMG LSLQMFFHIF VIAGQIISTQ MGMGFASMVD PTNGVSSAVI GQFFTMLVTL LFLFMNGHLV VLEVLVESFT T MPVGGGLL VNNFWELANG LGWALSSGLR LVLPAITALL IINIAFGVMT RAAPQLNIFS IGFPLTLVLG MVILWMSMGD IL NQYQPIA SQALQSLRDM VRARENLYFQ GQFGSWSHPQ FEKGGGSGGG SGGGSWSHPQ FEK

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分子 #3: Flagellar biosynthetic protein FliQ

分子名称: Flagellar biosynthetic protein FliQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (strain 1448A / Race 6) (バクテリア)
株: 1448A / Race 6
分子量理論値: 9.925104 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTPEVAVDLF REALWLTTVL VAILVVPSLL CGLLVAMFQA ATQINEQTLS FLPRLLVMLV TLIVIGPWLL KIFMEYMLSL YTSIPTLIG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMC4H11NO3Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
1.0 mMC10H16N2O8EDTAエチレンジアミン四酢酸
0.01 %C47H88O22LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 10 seconds wait time before blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 503177
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4173

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 97987
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6s3r:
Structure of the FliPQR complex from the flagellar type 3 secretion system of Pseudomonas savastanoi.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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