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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10004 | |||||||||
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タイトル | Native encapsulated dye decolourising type peroxidase from Mycobacterium smegmatis | |||||||||
マップデータ | Encapsulated dye decolourising type peroxidase | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kirykowicz AM / Woodward JD | |||||||||
資金援助 | 南アフリカ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural pipeline for the investigation of Mycobacterial protein complexes involved in the stationary phase stress response 著者: Kirykowicz AM / Woodward JD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10004.map.gz | 156.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10004-v30.xml emd-10004.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10004.png | 21.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10004 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10004 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10004.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Encapsulated dye decolourising type peroxidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Encapsulated DyP type peroxidase
全体 | 名称: Encapsulated DyP type peroxidase |
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要素 |
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-超分子 #1: Encapsulated DyP type peroxidase
超分子 | 名称: Encapsulated DyP type peroxidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Mask applied to encapsulin shell |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 細胞中の位置: Cytoplasm |
分子量 | 実験値: 222 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate / 詳細: Sample washed/blotted with 2% UA and air-dried |
詳細 | Negative stain |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 1.2 mm / 倍率(公称値): 50000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 207 / 詳細: Manual picking |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Initial model generated in EMAN Common Lines using encapsulin particles with mask applied. C3 symmetry imposed. |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / 詳細: EMAN |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING 詳細: 5 iterations of 10 degrees, 5 iterations of 8 degrees, 10 iterations of 5 degrees, and 6 iterations of 3 degrees |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称) アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF 詳細: D3 symmetry imposed. 15 angstrom low pass filter used. Mask radius of 70 angstrom. 使用した粒子像数: 207 |