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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0980 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of S.typhimurium R-type straight flagellar filament made of FljB (A461V) | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of S.typhimurium R-type straight flagellar filament made of FljB (A461V) . | |||||||||
試料 |
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生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Yamaguchi T / Toma S | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020 タイトル: Structural and Functional Comparison of Flagellar Filaments Composed of FljB and FliC. 著者: Tomoko Yamaguchi / Shoko Toma / Naoya Terahara / Tomoko Miyata / Masamichi Ashihara / Tohru Minamino / Keiichi Namba / Takayuki Kato / 要旨: The bacterial flagellum is a motility organelle consisting of a long helical filament as a propeller and a rotary motor that drives rapid filament rotation to produce thrust. serovar Typhimurium has ...The bacterial flagellum is a motility organelle consisting of a long helical filament as a propeller and a rotary motor that drives rapid filament rotation to produce thrust. serovar Typhimurium has two genes of flagellin, and , for flagellar filament formation and autonomously switches their expression at a frequency of 10-10 per cell per generation. We report here differences in their structures and motility functions under high-viscosity conditions. A strain expressing FljB showed a higher motility than one expressing FliC under high viscosity. To examine the reasons for this motility difference, we carried out structural analyses of the FljB filament by electron cryomicroscopy and found that the structure was nearly identical to that of the FliC filament except for the position and orientation of the outermost domain D3 of flagellin. The density of domain D3 was much lower in FljB than FliC, suggesting that domain D3 of FljB is more flexible and mobile than that of FliC. These differences suggest that domain D3 plays an important role not only in changing antigenicity of the filament but also in optimizing motility function of the filament as a propeller under different conditions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0980.map.gz | 44.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0980-v30.xml emd-0980.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0980.png | 264.3 KB | ||
マスクデータ | emd_0980_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_0980_half_map_1.map.gz emd_0980_half_map_2.map.gz | 194.6 MB 194.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0980 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0980 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0980.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of S.typhimurium R-type straight flagellar filament made of FljB (A461V) . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0980_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM half map 1 of 3D Refinement.
ファイル | emd_0980_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM half map 1 of 3D Refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryo-EM half map 2 of 3D Refinement.
ファイル | emd_0980_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM half map 2 of 3D Refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FljB
全体 | 名称: FljB |
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要素 |
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-超分子 #1: FljB
超分子 | 名称: FljB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: R-type straight flagellar filament (A461V) |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: SJW590 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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糖包埋 | 材質: buffer | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.21 µm / 倍率(補正後): 72273 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 2319 / 平均電子線量: 10.3 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 197442 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoEM map of FliC flagellar filament |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: beta-2 |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta-2) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta2) / 使用した粒子像数: 2319 |