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- EMDB-0591: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0591
タイトルArchitectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression Hfq-Crc-amiE 2:3:2 complex
マップデータLocally sharpened Cryo-EM map of a Hfq-Crc-amiE assembly with stoichiometry 2:3:2, respectively.
試料
  • 複合体: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:3:2 stoichiometry
    • タンパク質・ペプチド: Catabolite repression control protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein Hfq
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
キーワードHfq / Crc / amiE / Carbon catabolite repression / RNA-protein interaction / RNA-mediated gene regulation / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbon utilization / regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / クオラムセンシング / エキソデオキシリボヌクレアーゼIII / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulation of translation / DNA修復 / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding ...regulation of carbon utilization / regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / クオラムセンシング / エキソデオキシリボヌクレアーゼIII / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / regulation of translation / DNA修復 / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease III-like / RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / : / Sm domain profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Catabolite repression control protein / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Pei XY / Dendooven T
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200873/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression.
著者: Xue Yuan Pei / Tom Dendooven / Elisabeth Sonnleitner / Shaoxia Chen / Udo Bläsi / Ben F Luisi /
要旨: In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation ...In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation of target transcripts by forming a regulatory complex with the catabolite repression protein Crc. This repressive complex acts as part of an intricate mechanism of preferred nutrient utilisation. We describe high-resolution cryo-EM structures of the assembly of Hfq and Crc bound to the translation initiation site of a target mRNA. The core of the assembly is formed through interactions of two cognate RNAs, two Hfq hexamers and a Crc pair. Additional Crc protomers are recruited to the core to generate higher-order assemblies with demonstrated regulatory activity in vivo. This study reveals how Hfq cooperates with a partner protein to regulate translation, and provides a structural basis for an RNA code that guides global regulators to interact cooperatively and regulate different RNA targets.
履歴
登録2019年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月13日-
マップ公開2019年3月13日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6o1l
  • 表面レベル: 0.27
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0591.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0591.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally sharpened Cryo-EM map of a Hfq-Crc-amiE assembly with stoichiometry 2:3:2, respectively.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.27 / ムービー #1: 0.27
最小 - 最大-0.01850905 - 1.9583755
平均 (標準偏差)0.0037314594 (±0.054603253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ190190190
Spacing190190190
セルA=B=C: 207.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z190190190
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z207.100207.100207.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-205-205-205
NX/NY/NZ411411411
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS190190190
D min/max/mean-0.0191.9580.004

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0591_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Globally sharpened Cryo-EM map of a Hfq-Crc-amiE assembly...

ファイルemd_0591_additional.map
注釈Globally sharpened Cryo-EM map of a Hfq-Crc-amiE assembly with stoichiometry 2:3:2, respectively.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_0591_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_0591_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:3:2 stoichiometry

全体名称: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:3:2 stoichiometry
要素
  • 複合体: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:3:2 stoichiometry
    • タンパク質・ペプチド: Catabolite repression control protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein Hfq
    • RNA: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3')

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超分子 #1: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:3:2 stoichiometry

超分子名称: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:3:2 stoichiometry / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 222 KDa

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分子 #1: Catabolite repression control protein

分子名称: Catabolite repression control protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: エキソデオキシリボヌクレアーゼIII
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 30.101869 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPAMRIISVN VNGIQAAAER GLLSWLQAQN ADVICLQDTR ASAFDLDDPS FQLDGYFLYA CDAELPEQGG VALYSRLQPK AVISGLGFE TADRYGRYLQ ADFDKVSIAT LLLPSGQSGD ESLNQKFKFM DDFTHYLSKQ RRKRREYIYC GSLYVAHQKM D VKNWRECQ ...文字列:
GPAMRIISVN VNGIQAAAER GLLSWLQAQN ADVICLQDTR ASAFDLDDPS FQLDGYFLYA CDAELPEQGG VALYSRLQPK AVISGLGFE TADRYGRYLQ ADFDKVSIAT LLLPSGQSGD ESLNQKFKFM DDFTHYLSKQ RRKRREYIYC GSLYVAHQKM D VKNWRECQ QMPGFLAPER AWLDEVFGNL GYADALREVS REGDQFSWWP DSEQAEMLNL GWRFDYQVLT PGLRRFVRNA KL PRQPRFS QHAPLIVDYD WQLSI

UniProtKB: Catabolite repression control protein

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分子 #2: RNA-binding protein Hfq

分子名称: RNA-binding protein Hfq / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 7.685984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HSLQDPYLNT LRKERVPVSI YLVNGIKLQG QIESFDQFVI LLKNTVSQMV YKHAISTVVP SRPVRLP

UniProtKB: RNA-binding protein Hfq

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分子 #3: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*UP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 5.85766 KDa
配列文字列:
AAAAAUAACA ACAAGAGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES pH 7.9
40.0 mMNaCl塩化ナトリウム
10.0 mMKCl
1.0 mMMgCl2
2.0 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 130841 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.00125 µm / 倍率（公称値）: 125000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 917 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 28.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-counting mode, 75 frames per movie stack, 60s exposure per movie
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 435000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab-initio map generated in Relion3
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3b) / ソフトウェア - 詳細: beta version / 詳細: Stochastic Gradient Descent
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 35000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3b) / ソフトウェア - 詳細: beta version
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3b) / ソフトウェア - 詳細: beta version
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3b) / 使用した粒子像数: 45311
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1u1t

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4jg3

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-6o1l:
Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression Hfq-Crc-amiE 2:3:2 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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