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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0518 | |||||||||
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タイトル | Big conformation of apo CRISPR_Csm complex | |||||||||
マップデータ | Big conformation of apo CRISPR_Csm complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang K / Pintilie G / Li S / Zhu Y / Chiu W / Huang Z | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2019 タイトル: Coupling of ssRNA cleavage with DNase activity in type III-A CRISPR-Csm revealed by cryo-EM and biochemistry. 著者: Minghui Guo / Kaiming Zhang / Yuwei Zhu / Grigore D Pintilie / Xiaoyu Guan / Shanshan Li / Michael F Schmid / Zhuo Ma / Wah Chiu / Zhiwei Huang / 要旨: The type III CRISPR-Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated genes) systems are bacterially encoded adaptive immune systems for defense against invading ...The type III CRISPR-Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated genes) systems are bacterially encoded adaptive immune systems for defense against invading nucleic acids. They accomplish this task through the coordinated cleavage of invading substrates of single-stranded RNA and DNA (ssDNA and ssRNA) by the Csm (type III-A) or Cmr (type III-B) effector complexes. The ssRNA is complementarily bound to the CRISPR RNA (crRNA). However, the structural basis for the DNase and RNase activation of the Csm nucleoprotein complex is largely unknown. Here we report cryo-EM structures of the Csm-crRNA complex, with or without target ssRNA, at near-atomic resolution. Our cryo-EM maps allow us to build atomic models of the key macromolecular components, including Cas10, Csm2, Csm3, Csm4, crRNA and the invading ssRNA. Our structure resolves unambiguously the stoichiometry and tertiary structures of the Csm protein complex and the interactions between protein components and the crRNA/ssRNA. Interestingly, the new atomic structures of the Csm proteins presented here are similar to those of previously known Csm proteins in other species despite their low sequence similarity. Our combined structural and biochemical data suggest that ssRNA cleavage is preferentially carried out near its 5'-end, that the extent of interactions among the ssRNA, crRNA and the protein components regulates the DNase activity of the Csm complex, and that the 3' flanking sequence of ssRNA activates the Cas10 DNase activity allosterically. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0518.map.gz | 203.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0518-v30.xml emd-0518.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0518.png | 116.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0518 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0518 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0518_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0518_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0518_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0518 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0518 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0518.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Big conformation of apo CRISPR_Csm complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Big conformation of apo CRISPR_Csm complex
全体 | 名称: Big conformation of apo CRISPR_Csm complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Big conformation of apo CRISPR_Csm complex
超分子 | 名称: Big conformation of apo CRISPR_Csm complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 7.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.65) / 使用した粒子像数: 84024 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |