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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0474 | |||||||||
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タイトル | cryoEM map of NKCC1 | |||||||||
マップデータ | cryoEM map of NKCC1 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Benjamin O | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structure and mechanism of the cation-chloride cotransporter NKCC1. 著者: Thomas A Chew / Benjamin J Orlando / Jinru Zhang / Naomi R Latorraca / Amy Wang / Scott A Hollingsworth / Dong-Hua Chen / Ron O Dror / Maofu Liao / Liang Feng / 要旨: Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ...Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ion absorption and secretion across epithelia, and maintaining intracellular chloride homeostasis. These transporters are primary targets for some of the most commonly prescribed drugs. Here we determined the cryo-electron microscopy structure of the Na-K-Cl cotransporter NKCC1, an extensively studied member of the CCC family, from Danio rerio. The structure defines the architecture of this protein family and reveals how cytosolic and transmembrane domains are strategically positioned for communication. Structural analyses, functional characterizations and computational studies reveal the ion-translocation pathway, ion-binding sites and key residues for transport activity. These results provide insights into ion selectivity, coupling and translocation, and establish a framework for understanding the physiological functions of CCCs and interpreting disease-related mutations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0474.map.gz | 24.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0474-v30.xml emd-0474.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0474_fsc.xml | 8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0474.png | 98.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0474 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0474 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0474_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0474_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0474_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0474 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0474 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryoEM map of NKCC1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : protein sample
全体 | 名称: protein sample |
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要素 |
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-超分子 #1: protein sample
超分子 | 名称: protein sample / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 96 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |