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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0179 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of the Fatty Acid Synthase from S. cerevisiae | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.6 Å | |||||||||
データ登録者 | D'Imprima E / Floris D / Sanchez R / Joppe M / Grininger M / Kuehlbrandt W | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Protein denaturation at the air-water interface and how to prevent it. 著者: Edoardo D'Imprima / Davide Floris / Mirko Joppe / Ricardo Sánchez / Martin Grininger / Werner Kühlbrandt / 要旨: Electron cryo-microscopy analyzes the structure of proteins and protein complexes in vitrified solution. Proteins tend to adsorb to the air-water interface in unsupported films of aqueous solution, ...Electron cryo-microscopy analyzes the structure of proteins and protein complexes in vitrified solution. Proteins tend to adsorb to the air-water interface in unsupported films of aqueous solution, which can result in partial or complete denaturation. We investigated the structure of yeast fatty acid synthase at the air-water interface by electron cryo-tomography and single-particle image processing. Around 90% of complexes adsorbed to the air-water interface are partly denatured. We show that the unfolded regions face the air-water interface. Denaturation by contact with air may happen at any stage of specimen preparation. Denaturation at the air-water interface is completely avoided when the complex is plunge-frozen on a substrate of hydrophilized graphene. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0179.map.gz | 9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0179-v30.xml emd-0179.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0179_fsc.xml | 6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0179.png | 76 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0179 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0179 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM map of the Fatty Acid Synthase from S. cerevisiae
全体 | 名称: Cryo-EM map of the Fatty Acid Synthase from S. cerevisiae |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM map of the Fatty Acid Synthase from S. cerevisiae
超分子 | 名称: Cryo-EM map of the Fatty Acid Synthase from S. cerevisiae タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換株: BY.PK1238_KO |
分子量 | 理論値: 2.6 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |