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- EMDB-0159: Retromer-Vps5: map centred on the Vps5 layer under the Vps26 dimer. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0159
タイトルRetromer-Vps5: map centred on the Vps5 layer under the Vps26 dimer.
マップデータRetromer-Vps5: map centred on the Vps5 layer under the Vps26 dimer.
試料
  • 複合体: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane.
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 5液胞
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26液胞
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Kovtun O / Leneva N / Ariotti N / Teasdale RD / Owen DJ / Collins BM / Briggs JAG
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the membrane-assembled retromer coat determined by cryo-electron tomography.
著者: Oleksiy Kovtun / Natalya Leneva / Yury S Bykov / Nicholas Ariotti / Rohan D Teasdale / Miroslava Schaffer / Benjamin D Engel / David J Owen / John A G Briggs / Brett M Collins /
要旨: Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular ...Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular carriers from endosomal membranes. Conserved in eukaryotes, retromer controls the cellular localization and homeostasis of hundreds of transmembrane proteins, and its disruption is associated with major neurodegenerative disorders. How retromer is assembled and how it is recruited to form coated tubules is not known. Here we describe the structure of the retromer complex (Vps26-Vps29-Vps35) assembled on membrane tubules with the bin/amphiphysin/rvs-domain-containing sorting nexin protein Vps5, using cryo-electron tomography and subtomogram averaging. This reveals a membrane-associated Vps5 array, from which arches of retromer extend away from the membrane surface. Vps35 forms the 'legs' of these arches, and Vps29 resides at the apex where it is free to interact with regulatory factors. The bases of the arches connect to each other and to Vps5 through Vps26, and the presence of the same arches on coated tubules within cells confirms their functional importance. Vps5 binds to Vps26 at a position analogous to the previously described cargo- and Snx3-binding site, which suggests the existence of distinct retromer-sorting nexin assemblies. The structure provides insight into the architecture of the coat and its mechanism of assembly, and suggests that retromer promotes tubule formation by directing the distribution of sorting nexin proteins on the membrane surface while providing a scaffold for regulatory-protein interactions.
履歴
登録2018年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月5日-
マップ公開2018年9月26日-
更新2018年10月10日-
現状2018年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.15
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0159.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0159.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Retromer-Vps5: map centred on the Vps5 layer under the Vps26 dimer.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.15
最小 - 最大-0.23540328 - 0.59411347
平均 (標準偏差)0.0043921494 (±0.056793135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 243.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z243.000243.000243.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.2350.5940.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane.

全体名称: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane.
要素
  • 複合体: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane.
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 5液胞
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26液胞

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超分子 #1: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane.

超分子名称: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Vps26/Vps35/Vps29 trimer recruited to the membrane via Vps5 PX-BAR protein.
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 5

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MEDPWADTAS PNSSAPLSQH VEDSSSAPAA AAETPSNTAT TTAPSISTSS RPSRATPRRI VAKPKSLEAV EDDPLGPLGA PTPSSDSDNN GLGGATARGV QPPVPPLKEQ LPLRTTLPPS TTNRGGRGRR SGPPDPHHID DDDDDAALFG SAGRGRPPPP VPASLPSPVK ...文字列:
MEDPWADTAS PNSSAPLSQH VEDSSSAPAA AAETPSNTAT TTAPSISTSS RPSRATPRRI VAKPKSLEAV EDDPLGPLGA PTPSSDSDNN GLGGATARGV QPPVPPLKEQ LPLRTTLPPS TTNRGGRGRR SGPPDPHHID DDDDDAALFG SAGRGRPPPP VPASLPSPVK SSTAPSMSVE QAARPTFHIT VGDPHKVGDL ATSHIVYSVR TKTTSKAYKQ PEFEVKRRYR DFLWLYNTLH SNNPGVVVPP PPEKQAVGRF ESNFVESRRA ALEKMLNKIA AHPTLQLDAD LKLFLESESF NIDVKHKERK EPPLGESKGV FGSLGFGGGG NKFVEQDDWF HDRRVYLDAL ENQLKALLKA MDNMVAQRKA MAEAAADFSA SLHALSTVEL SPTLSGPLDA LSELQLAIRD VYERQAQQDV LTFGIIIEEY IRLIGSVKQA FSQRQKAFHS WHSAESELMK KKAAQDKLLR QGKTQQDRLN QVNAEVIDAE RKVHQARLLF EDMGRLLRSE LDRFEREKVE DFKSGVETFL ESAVEAQKEL IEKWETFLMQ LDAEDDESVF YRPPPVQTKK PAGDTAVDRA RARIDEDSD

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分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 26

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MSYFFSTPVD IDIVLADADK RAMVDVKLDK NRREKVPLYM DGESVKGCVT VRPKDGKRLE HTGIKVQFIG TIEMFFDRGN HYEFLSLVQE LAAPGELQHP QTFDFNFKNV EKQYESYNGI NVKLRYFVRV TVSRRMADVI REKDIWVYSY RIPPELNSSI KMDVGIEDCL ...文字列:
MSYFFSTPVD IDIVLADADK RAMVDVKLDK NRREKVPLYM DGESVKGCVT VRPKDGKRLE HTGIKVQFIG TIEMFFDRGN HYEFLSLVQE LAAPGELQHP QTFDFNFKNV EKQYESYNGI NVKLRYFVRV TVSRRMADVI REKDIWVYSY RIPPELNSSI KMDVGIEDCL HIEFEYSKSK YHLKDVIVGR IYFLLVRLKI KHMELSIIRR ETTGVAPNQY NESETLVRFE IMDGSPSRGE TIPIRLFLGG FDLTPTFRDV NKKFSTRYYL SLVLIDEDAR RYFKQSEIIL YRQPPEYDNQ LLPPPPDQKQ VTAPLA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H19KN2O5SHEPES-KOH
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: LEICA EM GP
詳細The solution-assembled complex was incubated with Folch liposomes at room temperature.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 3.17 e/Å2
詳細: Tomographic tilt series were acquired with the dose-symmetric tilt-scheme (Hagen et al., J Struct Biol. 2017)
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 71 / 使用した粒子像数: 194885 / 参照モデル: reference-free
手法: geometrical seeding alogn the surface of manually traced tubules
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), IMOD)
詳細: CTF correction was performed with ctfphaseflip IMOD command using defocus values measured by CTFFIND4 on non-dose-filtered images.
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: AV3, TOM)
詳細: Image processing was performed in TOM Toolbox, AV3 and Dynamo toolboxes.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 16037
詳細After motion correction in "alignframes" (IMOD), each of the images in the tilt series was low-pass filtered according to the electron-dose acquired by the sample (Grant and Grigorieff, 2015).

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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