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- EMDB-0025: Influenza hemagglutinin (HA) trimer reconstruction at 3.2 Angstro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0025
タイトルInfluenza hemagglutinin (HA) trimer reconstruction at 3.2 Angstrom resolution using data from EMPIAR-10097 processed with Warp and cryoSPARC
マップデータ
試料
  • 複合体: Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2
    • タンパク質・ペプチド: Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2
生物種Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tegunov D / Cramer P
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council693023 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
German Research FoundationSFB 860 ドイツ
引用
ジャーナル: Nat Methods / 年: 2019
タイトル: Real-time cryo-electron microscopy data preprocessing with Warp.
著者: Dimitry Tegunov / Patrick Cramer /
要旨: The acquisition of cryo-electron microscopy (cryo-EM) data from biological specimens must be tightly coupled to data preprocessing to ensure the best data quality and microscope usage. Here we ...The acquisition of cryo-electron microscopy (cryo-EM) data from biological specimens must be tightly coupled to data preprocessing to ensure the best data quality and microscope usage. Here we describe Warp, a software that automates all preprocessing steps of cryo-EM data acquisition and enables real-time evaluation. Warp corrects micrographs for global and local motion, estimates the local defocus and monitors key parameters for each recorded micrograph or tomographic tilt series in real time. The software further includes deep-learning-based models for accurate particle picking and image denoising. The output from Warp can be fed into established programs for particle classification and 3D-map refinement. Our benchmarks show improvement in the nominal resolution, which went from 3.9 Å to 3.2 Å, of a published cryo-EM data set for influenza virus hemagglutinin. Warp is easy to install from http://github.com/cramerlab/warp and computationally inexpensive, and has an intuitive, streamlined user interface.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: Real-time cryo-EM data pre-processing with Warp
著者: Tegunov D / Cramer P
履歴
登録2018年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月27日-
マップ公開2018年6月27日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0025.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0025.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-4.044406 - 6.6609964
平均 (標準偏差)-0.00011054852 (±0.16333474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z335.360335.360335.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-4.0446.661-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0025_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_0025_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_0025_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2

全体名称: Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2
要素
  • 複合体: Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2
    • タンパク質・ペプチド: Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2

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超分子 #1: Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2

超分子名称: Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Hong Kong/1/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2

分子名称: Influenza hemagglutinin (HA) Trimer A/Hong Kong/1/1968 H3N2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: QDLPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTLVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GIDCTLIDAL LGDPHCDVFQ NETWDLFVER SKAFSNCYPY DVPDYASLRS LVASSGTLEF ITEGFTWTGV TQNGGSNACK RGPGSGFFSR LNWLTKSGST YPVLNVTMPN ...文字列:
QDLPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTLVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GIDCTLIDAL LGDPHCDVFQ NETWDLFVER SKAFSNCYPY DVPDYASLRS LVASSGTLEF ITEGFTWTGV TQNGGSNACK RGPGSGFFSR LNWLTKSGST YPVLNVTMPN NDNFDKLYIW GVHHPSTNQE QTSLYVQASG RVTVSTRRSQ QTIIPNIGSR PWVRGLSSRI SIYWTIVKPG DVLVINSNGN LIAPRGYFKM RTGKSSIMRS DAPIDTCISE CITPNGSIPN DKPFQNVNKI TYGACPKYVK QNTLKLATGM RNVPEKQTRG LFGAIAGFIE NGWEGMIDGW YGFRHQNSEG TGQAADLKST QAAIDQINGK LNRVIEKTNE KFHQIEKEFS EVEGRIQDLE KYVEDTKIDL WSYNAELLVA LENQHTIDLT DSEMNKLFEK TRRQLRENAE DMGNGCFKIY HKCDNACIES IRNGTYDHDV YRDEALNNRF QIKGVELKSG YKD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Same as EMD-8731
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Same as EMD-8731
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Same as EMD-8731.
詳細Same as EMD-8731

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Same as EMD-8731
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 847 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 82.0 e/Å2 / 詳細: Same as EMD-8731
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 489215
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp / ソフトウェア - 詳細: 6x6x1 model resolution
詳細: On-the-fly correction in cryoSPARC, based on local defocus values from Warp
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: 6 ab initio models created in cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 81500 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: 3D classification initialized with the 6 ab initio models obtained earlier.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: Mask used for FSC automatically generated in cryoSPARC.
使用した粒子像数: 249495
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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