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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s6x | ||||||
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タイトル | Structure of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in a6b6 oligomeric state. | ||||||
要素 | (Glutamate synthase [NADPH] ...) x 2 | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / glutamate synthesys / complex / oligomeric assemblies | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate synthase (NADPH) / glutamate synthase (NADPH) activity / glutamate synthase (NADH) activity / L-glutamate biosynthetic process / ammonia assimilation cycle / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Azospirillum brasilense (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chaves-Sanjuan, A. / Camilloni, C. / Bolognesi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM Structures of Azospirillum brasilense Glutamate Synthase in Its Oligomeric Assemblies. 著者: Paolo Swuec / Antonio Chaves-Sanjuan / Carlo Camilloni / Maria Antonietta Vanoni / Martino Bolognesi / 要旨: Bacterial NADPH-dependent glutamate synthase (GltS) is a complex iron-sulfur flavoprotein that catalyzes the reductive synthesis of two L-Glu molecules from L-Gln and 2-oxo-glutarate. GltS functional ...Bacterial NADPH-dependent glutamate synthase (GltS) is a complex iron-sulfur flavoprotein that catalyzes the reductive synthesis of two L-Glu molecules from L-Gln and 2-oxo-glutarate. GltS functional unit hosts an α-subunit (αGltS) and a β-subunit (βGltS) that assemble in different αβ oligomers in solution. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of Azospirillum brasilense GltS in four different oligomeric states (αβ, αβ, αβ and αβ, in the 3.5- to 4.1-Å resolution range). Our study provides a comprehensive GltS model that details the inter-protomeric assemblies and allows unequivocal location of the FAD cofactor and of two electron transfer [4Fe-4S] clusters within βGltS. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s6x.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s6x.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s6x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6s6x_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6s6x_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6s6x_validation.xml.gz | 293 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6s6x_validation.cif.gz | 447.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/6s6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/6s6x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Glutamate synthase [NADPH] ... , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
#1: タンパク質 | 分子量: 166224.734 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア) 遺伝子: gltB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05755, glutamate synthase (NADPH) #2: タンパク質 | 分子量: 52425.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア) 遺伝子: gltD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05756, glutamate synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 4種, 30分子
#3: 化合物 | ChemComp-FMN / #4: 化合物 | ChemComp-F3S / #5: 化合物 | ChemComp-SF4 / #6: 化合物 | ChemComp-FAD / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Glutamate Synthase complex in a6b6 oligomeric state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Azospirillum brasilense (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51384 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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