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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4985 | |||||||||
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タイトル | RNA Polymerase I-tWH-Rrn3-DNA | |||||||||
マップデータ | RNA Polymerase I-tWH-Rrn3 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / regulation of cell size / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / promoter-specific chromatin binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / リボソーム生合成 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / 核小体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Mueller CW / Sadian Y / Tafur L | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Molecular insight into RNA polymerase I promoter recognition and promoter melting. 著者: Yashar Sadian / Florence Baudin / Lucas Tafur / Brice Murciano / Rene Wetzel / Felix Weis / Christoph W Müller / 要旨: RNA polymerase I (Pol I) assembles with core factor (CF) and Rrn3 on the rDNA core promoter for transcription initiation. Here, we report cryo-EM structures of closed, intermediate and open Pol I ...RNA polymerase I (Pol I) assembles with core factor (CF) and Rrn3 on the rDNA core promoter for transcription initiation. Here, we report cryo-EM structures of closed, intermediate and open Pol I initiation complexes from 2.7 to 3.7 Å resolution to visualize Pol I promoter melting and to structurally and biochemically characterize the recognition mechanism of Pol I promoter DNA. In the closed complex, double-stranded DNA runs outside the DNA-binding cleft. Rotation of CF and upstream DNA with respect to Pol I and Rrn3 results in the spontaneous loading and opening of the promoter followed by cleft closure and positioning of the Pol I A49 tandem winged helix domain (tWH) onto DNA. Conformational rearrangement of A49 tWH leads to a clash with Rrn3 to initiate complex disassembly and promoter escape. Comprehensive insight into the Pol I transcription initiation cycle allows comparisons with promoter opening by Pol II and Pol III. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4985.map.gz | 3.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4985-v30.xml emd-4985.xml | 34.4 KB 34.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4985.png | 68.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4985 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4985 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6rqtMC 4982C 4984C 4987C 6rqhC 6rqlC 6rrdC 6ruiC 6ruoC 6rweC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | RNA Polymerase I-tWH-Rrn3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3268 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : RNA Polymerase I-tWH-Rrn3-DNA
+超分子 #1: RNA Polymerase I-tWH-Rrn3-DNA
+超分子 #2: RNA Polymerase I
+超分子 #3: DNA
+超分子 #4: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
+分子 #1: Template strand
+分子 #2: Nontemplate strand
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
+分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #13: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
+分子 #14: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
+分子 #15: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
+分子 #16: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34
+分子 #17: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN3
+分子 #18: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.57175 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 9789 |