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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4876 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in contracted state | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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キーワード | Anti-feeding prophage / secretion system / AFP / contractile / VIRUS LIKE PARTICLE / baseplate / contracted | |||||||||
機能・相同性 | Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / : / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Afp4 / Afp3 / Afp2 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Serratia entomophila (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Desfosses A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: Atomic structures of an entire contractile injection system in both the extended and contracted states. 著者: Ambroise Desfosses / Hariprasad Venugopal / Tapan Joshi / Jan Felix / Matthew Jessop / Hyengseop Jeong / Jaekyung Hyun / J Bernard Heymann / Mark R H Hurst / Irina Gutsche / Alok K Mitra / 要旨: Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, ...Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, bacterial type six secretion systems and R-pyocins is rapidly increasing, structural information on the contraction of bacterial phage-like protein-translocation structures directed towards eukaryotic hosts is scarce. Here, we characterize the antifeeding prophage AFP from Serratia entomophila by cryo-electron microscopy. We present the high-resolution structure of the entire AFP particle in the extended state, trace 11 protein chains de novo from the apical cap to the needle tip, describe localization variants and perform specific structural comparisons with related systems. We analyse inter-subunit interactions and highlight their universal conservation within contractile injection systems while revealing the specificities of AFP. Furthermore, we provide the structure of the AFP sheath-baseplate complex in a contracted state. This study reveals atomic details of interaction networks that accompany and define the contraction mechanism of toxin-delivery tailocins, offering a comprehensive framework for understanding their mode of action and for their possible adaptation as biocontrol agents. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4876.map.gz | 74 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4876-v30.xml emd-4876.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4876_fsc.xml | 11.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4876.png | 96.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4876.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_4876_half_map_1.map.gz emd_4876_half_map_2.map.gz | 100.5 MB 100.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4876 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4876 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4876_validation.pdf.gz | 518.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4876_full_validation.pdf.gz | 518 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4876_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4876_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4876 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4876 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6rglMC 4782C 4783C 4784C 4800C 4801C 4802C 4803C 4859C 4871C 6raoC 6rapC 6rbkC 6rbnC 6rc8C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4876.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.397 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: emd 4876 half map 1.map
ファイル | emd_4876_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 4876 half map 2.map
ファイル | emd_4876_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in contracted state |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage (AFP) baseplate in contracted state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Serratia entomophila (バクテリア) |
-分子 #1: Afp2
分子 | 名称: Afp2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Serratia entomophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 38.784355 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTVTTTYPGV YLSEDAVSSF SVNSAATAVP LFAYDSENTN TINKPIQVFR NWAEFTVEYP TPLEDAFYTS LSLWFMHGGG KCYLVNEAN IADAVAQYDD ITLIVAAGTD TTTYTAFTTV VGQGYRIFGL FDGPKEKIAG TAKPDEVMEE YPTSPFGAVF Y PWGTLASG ...文字列: MTVTTTYPGV YLSEDAVSSF SVNSAATAVP LFAYDSENTN TINKPIQVFR NWAEFTVEYP TPLEDAFYTS LSLWFMHGGG KCYLVNEAN IADAVAQYDD ITLIVAAGTD TTTYTAFTTV VGQGYRIFGL FDGPKEKIAG TAKPDEVMEE YPTSPFGAVF Y PWGTLASG AAVPPSAIAA ASITQTDRTR GVWKAPANQA VNGVTPAFAV SDDFQGKYNQ GKALNMIRTF SGQGTVVWGA RT LEDSDNW RYIPVRRLFN AVERDIQKSL NKLVFEPNSQ PTWQRVKAAV DSYLHSLWQQ GALAGNTPAD AWFVQVGKDL TMT QEEINQ GKMIIKIGLA AVRPAEFIIL QFSQDIAQ UniProtKB: Afp2 |
-分子 #2: Afp3
分子 | 名称: Afp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Serratia entomophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 48.777566 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MATVTSVPGV YIEEDASPAM SVSASATAVP LFVARFTPLK PELAGVITRI GSWLDYTILF DSNVPSSARV TVSSTAVEPS PEFDALETA SSKATTTYTY QIDDTEVVDP TASVALRLYF QNGGGPCYLY PLEKADDNGP LAALPDLIDE VGEITLLASP D PDETYRTA ...文字列: MATVTSVPGV YIEEDASPAM SVSASATAVP LFVARFTPLK PELAGVITRI GSWLDYTILF DSNVPSSARV TVSSTAVEPS PEFDALETA SSKATTTYTY QIDDTEVVDP TASVALRLYF QNGGGPCYLY PLEKADDNGP LAALPDLIDE VGEITLLASP D PDETYRTA VYGALAASLD QHKGYFLLAD SVNGDAPSAV GGSAQVAVYY PNVEVPHTRK LDDAEVAIDG YLDDEGKAVT TL AALRVVN TEFAGEIAQS LSGDLSAPLS LPPSALIAGV YGKTDGERGV WKAPANVVLN GVSDVSVRVT NEQQAELNPK GIN VIRHFS DRGLVVWGSR TQKDDDDWRY IPVRRLFDAA ERDIKKALQP MVFEPNSQLT WKRVQTAIDN YLYRLWQQGA LAGN KAEEA YFVRVGKGIT MTQDEINQGK MIIQVGMAAV RPAEFIILKF TQDMSQ UniProtKB: Afp3 |
-分子 #3: Afp4
分子 | 名称: Afp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Serratia entomophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 45.565633 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTMVLPGVSY NETLLTQASN DDPVTMPLFI GYTPPDTAIP VTVMQPVSVG SLTQANSLFG QRGTLAYSLR HFFENGGLQC YVLPLGPGK GEPAARLQEL IAALQTPQML ETLLADDKTG LVLVPELSEL NEVSSTSLSA EGVDAAEVDA DALWYQGWQV L LTLCRQAP ...文字列: MTMVLPGVSY NETLLTQASN DDPVTMPLFI GYTPPDTAIP VTVMQPVSVG SLTQANSLFG QRGTLAYSLR HFFENGGLQC YVLPLGPGK GEPAARLQEL IAALQTPQML ETLLADDKTG LVLVPELSEL NEVSSTSLSA EGVDAAEVDA DALWYQGWQV L LTLCRQAP QRFALLELPE DPASAVTLTQ QSFSADQCQR GAAWWPRLET SYQDESSAPV VLSPLPAVAA AIQRSAHDNG VW KAPANIA LAKTRRPTQS ILTSQALLDN QGVSCNLIRS FVGKGVRLWG CRTLLNEENT AWRYIQIRLL VSSVEHYLSK LAR AYLFEP NTAPTWMKLK GQVWTWLRQQ WLAGAFFGTV EDEAFSLSIG LDETMTEDDI RHGKMILQVR LALLAPAEFI AISL TLDLR DGTASAQTGG QS UniProtKB: Afp4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 27.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |