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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4479 | |||||||||
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タイトル | CI Membrane Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2 | |||||||||
マップデータ | Focused refinement around CI membrane arm of ovine SC I III2. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / : / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial respiratory chain complex I assembly ...oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / acyl binding / ubiquinone binding / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / : / ATP synthesis coupled electron transport / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / reactive oxygen species metabolic process / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) / Sheep (ヒツジ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Letts JA / Sazanov LA | |||||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019 タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk. 著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov / 要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4479.map.gz | 479.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4479-v30.xml emd-4479.xml | 49.8 KB 49.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4479_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4479.png | 53.6 KB | ||
マスクデータ | emd_4479_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_4479_half_map_1.map.gz emd_4479_half_map_2.map.gz | 410.6 MB 410.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4479 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4479 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4479_validation.pdf.gz | 392.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4479_full_validation.pdf.gz | 391.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4479_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4479 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4479 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6q9bMC 4480C 4481C 4482C 4493C 4494C 4495C 4496C 4497C 4498C 4499C 4500C 4501C 4502C 4505C 4506C 4507C 6q9dC 6q9eC 6qa9C 6qbxC 6qc2C 6qc3C 6qc4C 6qc5C 6qc6C 6qc7C 6qc8C 6qc9C 6qcaC 6qcfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4479.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focused refinement around CI membrane arm of ovine SC I III2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4479_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focused refinement around CI membrane arm of ovine...
ファイル | emd_4479_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused refinement around CI membrane arm of ovine SC I III2. Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Focused refinement around CI membrane arm of ovine...
ファイル | emd_4479_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused refinement around CI membrane arm of ovine SC I III2. Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Ovine mitochondrial SC I+III2
+超分子 #1: Ovine mitochondrial SC I+III2
+分子 #1: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2,NADH:ubiquinone ox...
+分子 #2: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
+分子 #3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
+分子 #4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
+分子 #5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
+分子 #6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
+分子 #7: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
+分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
+分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
+分子 #10: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5
+分子 #11: Acyl carrier protein
+分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
+分子 #13: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B10
+分子 #14: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mi...
+分子 #15: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5
+分子 #16: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3
+分子 #17: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3
+分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
+分子 #19: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4
+分子 #20: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
+分子 #21: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
+分子 #22: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7
+分子 #23: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9
+分子 #24: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2
+分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...
+分子 #26: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mit...
+分子 #27: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
+分子 #28: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1
+分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
+分子 #30: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
+分子 #31: CARDIOLIPIN
+分子 #32: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #33: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.067 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |