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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4255 | |||||||||
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タイトル | human Bact spliceosome core structure | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 RES complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / B-WICH complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / embryonic brain development / splicing factor binding ...RES complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / B-WICH complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / embryonic brain development / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / nuclear retinoic acid receptor binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / Prp19 complex / RNA splicing, via transesterification reactions / blastocyst formation / positive regulation of androgen receptor activity / mRNA 3'-end processing / pre-mRNA binding / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / : / C2H2 zinc finger domain binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / positive regulation by host of viral transcription / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Notch binding / U2 snRNP / nuclear vitamin D receptor binding / SAGA complex / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RNA Polymerase II Transcription Termination / RUNX3 regulates NOTCH signaling / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / RHOBTB1 GTPase cycle / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / WD40-repeat domain binding / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of neurogenesis / precatalytic spliceosome / nuclear androgen receptor binding / cyclosporin A binding / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Notch-HLH transcription pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of RNA splicing / SMAD binding / mRNA 3'-splice site recognition / protein localization to nucleus / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / U5 snRNA binding / U5 snRNP / retinoic acid receptor signaling pathway / カハール体 / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / RHOBTB2 GTPase cycle / localization / regulation of DNA repair / protein peptidyl-prolyl isomerization / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / cellular response to retinoic acid / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / RNA splicing / positive regulation of protein export from nucleus / response to cocaine / nuclear receptor coactivator activity / DNA damage checkpoint signaling / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / 細胞分化 / nuclear receptor binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / 転写後修飾 / 核小体 / mRNA splicing, via spliceosome / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Haselbach D / Komarov I / Agafonov D / Hartmuth K / Graf B / Kastner B / Luehrmann R / Stark H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: Structure and Conformational Dynamics of the Human Spliceosomal B Complex. 著者: David Haselbach / Ilya Komarov / Dmitry E Agafonov / Klaus Hartmuth / Benjamin Graf / Olexandr Dybkov / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Reinhard Lührmann / Holger Stark / 要旨: The spliceosome is a highly dynamic macromolecular complex that precisely excises introns from pre-mRNA. Here we report the cryo-EM 3D structure of the human B spliceosome at 3.4 Å resolution. In ...The spliceosome is a highly dynamic macromolecular complex that precisely excises introns from pre-mRNA. Here we report the cryo-EM 3D structure of the human B spliceosome at 3.4 Å resolution. In the B state, the spliceosome is activated but not catalytically primed, so that it is functionally blocked prior to the first catalytic step of splicing. The spliceosomal core is similar to the yeast B spliceosome; important differences include the presence of the RNA helicase aquarius and peptidyl prolyl isomerases. To examine the overall dynamic behavior of the purified spliceosome, we developed a principal component analysis-based approach. Calculating the energy landscape revealed eight major conformational states, which we refined to higher resolution. Conformational differences of the highly flexible structural components between these eight states reveal how spliceosomal components contribute to the assembly of the spliceosome, allowing it to generate a dynamic interaction network required for its subsequent catalytic activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4255.map.gz | 25.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4255-v30.xml emd-4255.xml | 54.1 KB 54.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4255.png | 53.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4255 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4255 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ff4MC 4233C 4234C 4235C 4236C 4237C 4238C 4239C 4240C 4247C 4248C 4249C 4250C 4251C 4252C 4253C 4254C 6ff7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : human Bact spliceosome state 1 unmasked
+超分子 #1: human Bact spliceosome state 1 unmasked
+分子 #1: RNA-binding motif protein, X-linked 2
+分子 #3: BUD13 homolog
+分子 #6: Splicing factor 3A subunit 2
+分子 #7: Splicing factor 3B subunit 2
+分子 #8: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
+分子 #9: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
+分子 #10: SNW domain-containing protein 1
+分子 #11: Pleiotropic regulator 1
+分子 #12: Pre-mRNA-processing factor 17
+分子 #13: Cell division cycle 5-like protein
+分子 #14: Crooked neck-like protein 1
+分子 #15: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
+分子 #16: Protein BUD31 homolog
+分子 #17: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
+分子 #18: Serine/arginine repetitive matrix protein 2
+分子 #19: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
+分子 #20: Serine/arginine repetitive matrix protein 1
+分子 #22: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CWC27 homolog
+分子 #23: RING finger protein 113A
+分子 #24: Splicing factor 3B subunit 1
+分子 #25: Splicing factor 3B subunit 3
+分子 #26: Splicing factor 3B subunit 5
+分子 #27: PHD finger-like domain-containing protein 5A
+分子 #28: Splicing factor 3B subunit 6
+分子 #2: U2 snRNA
+分子 #4: U5 snRNA
+分子 #5: U6 snRNA
+分子 #21: pre mRNA
+分子 #29: MAGNESIUM ION
+分子 #30: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
+分子 #31: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #32: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot with blotting sensor. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 59000 |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector with two hexapoles elements |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 14.0 mrad |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 32000 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 308000 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 |
最終 3次元分類 | クラス数: 220 / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 17000 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6ff4: |