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万見
- EMDB-9112: Cryo-EM map of mechanically activated ion channel OSCA1.2 in nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9112
タイトルCryo-EM map of mechanically activated ion channel OSCA1.2 in nanodisc
マップデータCryo-EM map of mechanically activated ion channel OSCA1.2 in nanodisc
試料
  • 細胞器官・細胞要素: OSCA1.2
    • タンパク質・ペプチド: Calcium permeable stress-gated cation channel 1
キーワードMechanically activated ion channel / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / monoatomic cation transport / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium permeable stress-gated cation channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Jojoa-Cruz S / Saotome K
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R35NS105067 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the mechanically activated ion channel OSCA1.2.
著者: Sebastian Jojoa-Cruz / Kei Saotome / Swetha E Murthy / Che Chun Alex Tsui / Mark Sp Sansom / Ardem Patapoutian / Andrew B Ward /
要旨: Mechanically activated ion channels underlie touch, hearing, shear-stress sensing, and response to turgor pressure. OSCA/TMEM63s are a newly-identified family of eukaryotic mechanically activated ion ...Mechanically activated ion channels underlie touch, hearing, shear-stress sensing, and response to turgor pressure. OSCA/TMEM63s are a newly-identified family of eukaryotic mechanically activated ion channels opened by membrane tension. The structural underpinnings of OSCA/TMEM63 function are not explored. Here, we elucidate high resolution cryo-electron microscopy structures of OSCA1.2, revealing a dimeric architecture containing eleven transmembrane helices per subunit and surprising topological similarities to TMEM16 proteins. We locate the ion permeation pathway within each subunit by demonstrating that a conserved acidic residue is a determinant of channel conductance. Molecular dynamics simulations reveal membrane interactions, suggesting the role of lipids in OSCA1.2 gating. These results lay a foundation to decipher how the structural organization of OSCA/TMEM63 is suited for their roles as MA ion channels.
履歴
登録2018年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月10日-
マップ公開2018年11月14日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0728
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0728
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mgv
  • 表面レベル: 0.0728
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9112.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of mechanically activated ion channel OSCA1.2 in nanodisc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0728 / ムービー #1: 0.0728
最小 - 最大-0.3785452 - 0.73091245
平均 (標準偏差)0.00006264082 (±0.020847335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 230.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z230.000230.000230.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.3790.7310.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_9112_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_9112_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OSCA1.2

全体名称: OSCA1.2
要素
  • 細胞器官・細胞要素: OSCA1.2
    • タンパク質・ペプチド: Calcium permeable stress-gated cation channel 1

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超分子 #1: OSCA1.2

超分子名称: OSCA1.2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 88 KDa

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分子 #1: Calcium permeable stress-gated cation channel 1

分子名称: Calcium permeable stress-gated cation channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 89.031719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATLQDIGVS AGINILSAFV FFIIFAVLRL QPFNDRVYFS KWYLKGLRSS PARGGAFAQR FVNLDFRSYM KFLNWMPEAL KMPEPELID HAGLDSVVYL RIYWLGLKIF TPIAVLAWAV LVPVNWTNNT LEMAKQLRNV TSSDIDKLSV SNIPEYSMRF W THIVMAYA ...文字列:
MATLQDIGVS AGINILSAFV FFIIFAVLRL QPFNDRVYFS KWYLKGLRSS PARGGAFAQR FVNLDFRSYM KFLNWMPEAL KMPEPELID HAGLDSVVYL RIYWLGLKIF TPIAVLAWAV LVPVNWTNNT LEMAKQLRNV TSSDIDKLSV SNIPEYSMRF W THIVMAYA FTIWTCYVLM KEYETIANMR LQFVASEARR PDQFTVLVRN VPPDADESVS ELVEHFFLVN HPDHYLTHQV VC NANKLAD LVKKKKKLQN WLDYYQLKYA RNNSQRIMVK LGFLGLWGQK VDAIEHYIAE IDKISKEISK EREEVVNDPK AIM PAAFVS FKTRWAAAVC AQTQQTRNPT QWLTEWAPEP RDVFWSNLAI PYVSLTVRRL IMHVAFFFLT FFFIVPIAFV QSLA TIEGI VKAAPFLKFI VDDKFMKSVI QGFLPGIALK LFLAFLPSIL MIMSKFEGFT SISSLERRAA FRYYIFNLVN VFLAS VIAG AAFEQLNSFL NQSANQIPKT IGVAIPMKAT FFITYIMVDG WAGVAGEILM LKPLIMFHLK NAFLVKTDKD REEAMD PGS IGFNTGEPRI QLYFLLGLVY APVTPMLLPF ILVFFALAYI VYRHQIINVY NQEYESAAAF WPDVHGRVIA ALVISQL LL MGLLGTKHAA LAAPFLIALP VLTIGFHHFC KGRYEPAFIR YPLQEAMMKD TLETAREPNL NLKGYLQNAY VHPVFKGD E DDYDIDDKLG KFEDEAIIVP TKRQSRRNTP APSIISGDDS PSLPFSGKLV GTGTLEVLFQ

UniProtKB: Calcium permeable stress-gated cation channel 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.4 µm / 倍率（公称値）: 36000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1740 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 326398
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 76797
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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