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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8220 | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of trypsin at 1.7 A resolution | |||||||||
マップデータ | Trypsinトリプシン | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Bovine (ウシ) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | de la Cruz MJ / Hattne J / Shi D / Seidler P / Rodriguez J / Reyes FE / Sawaya MR / Cascio D / Eisenberg D / Gonen T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017 タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED. 著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen / 要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8220.map.gz | 3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8220-v30.xml emd-8220.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8220.png | 269 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_8220_sf.cif.gz | 1.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8220 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8220 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5k7rMC 8216C 8217C 8218C 8219C 8221C 8222C 8472C 5k7nC 5k7oC 5k7pC 5k7qC 5k7sC 5k7tC 5ty4C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8220.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Trypsin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.554 Å / Y: 0.56429 Å / Z: 0.57743 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Trypsin
全体 | 名称: Trypsinトリプシン |
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要素 |
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-超分子 #1: Trypsin
超分子 | 名称: Trypsin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 23.354 KDa |
-分子 #1: Cationic trypsin
分子 | 名称: Cationic trypsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: トリプシン |
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由来(天然) | 生物種: Bovine (ウシ) |
分子量 | 理論値: 23.324287 KDa |
配列 | 文字列: IVGGYTCGAN TVPYQVSLNS GYHFCGGSLI NSQWVVSAAH CYKSGIQVRL GEDNINVVEG NEQFISASKS IVHPSYNSNT LNNDIMLIK LKSAASLNSR VASISLPTSC ASAGTQCLIS GWGNTKSSGT SYPDVLKCLK APILSDSSCK SAYPGQITSN M FCAGYLEG ...文字列: IVGGYTCGAN TVPYQVSLNS GYHFCGGSLI NSQWVVSAAH CYKSGIQVRL GEDNINVVEG NEQFISASKS IVHPSYNSNT LNNDIMLIK LKSAASLNSR VASISLPTSC ASAGTQCLIS GWGNTKSSGT SYPDVLKCLK APILSDSSCK SAYPGQITSN M FCAGYLEG GKDSCQGDSG GPVVCSGKLQ GIVSWGSGCA QKNKPGVYTK VCNYVSWIKQ TIASN |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 195 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / カメラ長: 1500 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel デジタル化 - サンプリング間隔: 0.0311999992 µm 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 1527 / 回折像の数: 1527 / 平均露光時間: 4.1 sec. / 平均電子線量: 0.004 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
結晶パラメータ | 単位格子 - A: 53.12 Å / 単位格子 - B: 56.08 Å / 単位格子 - C: 64.38 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: P 21 21 21 |
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Crystallography statistics | Number intensities measured: 145833 / Number structure factors: 23542 / Fourier space coverage: 73.8 / R sym: 0.773 / R merge: 0.773 / Overall phase error: 28.86 / Overall phase residual: 40.4 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.5 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.7 Å / 殻 - Low resolution: 1.79 Å / 殻 - Number structure factors: 1737 / 殻 - Phase residual: 60.7 / 殻 - Fourier space coverage: 56.2 / 殻 - Multiplicity: 3.1 |
Molecular replacement | ソフトウェア - 名称: MOLREP (ver. 11.4.05) / ソフトウェア - 詳細: Starting model PDB ID 2ptn |
Symmetry determination software list | ソフトウェア - 名称: POINTLESS (ver. 1.10.21) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.7 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
Merging software list | ソフトウェア - 名称: AIMLESS (ver. 0.5.25) |