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万見
- EMDB-8166: Structure of the S. cerevisiae alpha-mannosidase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8166
タイトルStructure of the S. cerevisiae alpha-mannosidase 1
マップデータNone
試料
  • 複合体: Alpha-mannosidase 1
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase
キーワードtetramer (四量体) / cvt cargo / mannosidase / selective autophagy / hydrolase (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose catabolic process / Lysosomal oligosaccharide catabolism / alpha-mannosidase / Cvt complex / alpha-mannosidase activity / oligosaccharide catabolic process / fungal-type vacuole membrane / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain / Glycoside hydrolase family 38, central domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 38 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal domain / Alpha mannosidase middle domain / Alpha mannosidase, middle domain ...Glycosyl hydrolases family 38, C-terminal beta sandwich domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 38, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 38, C-terminal / Glycoside hydrolase family 38, central domain / Glycoside hydrolase family 38, central domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 38 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 38 C-terminal domain / Alpha mannosidase middle domain / Alpha mannosidase, middle domain / Glycoside hydrolase 38, N-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase families 57/38, central domain superfamily / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Galactose mutarotase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Schneider S / Kosinski J
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2016
タイトル: Higher-order assemblies of oligomeric cargo receptor complexes form the membrane scaffold of the Cvt vesicle.
著者: Chiara Bertipaglia / Sarah Schneider / Arjen J Jakobi / Abul K Tarafder / Yury S Bykov / Andrea Picco / Wanda Kukulski / Jan Kosinski / Wim Jh Hagen / Arvind C Ravichandran / Matthias ...著者: Chiara Bertipaglia / Sarah Schneider / Arjen J Jakobi / Abul K Tarafder / Yury S Bykov / Andrea Picco / Wanda Kukulski / Jan Kosinski / Wim Jh Hagen / Arvind C Ravichandran / Matthias Wilmanns / Marko Kaksonen / John Ag Briggs / Carsten Sachse /
要旨: Selective autophagy is the mechanism by which large cargos are specifically sequestered for degradation. The structural details of cargo and receptor assembly giving rise to autophagic vesicles ...Selective autophagy is the mechanism by which large cargos are specifically sequestered for degradation. The structural details of cargo and receptor assembly giving rise to autophagic vesicles remain to be elucidated. We utilize the yeast cytoplasm-to-vacuole targeting (Cvt) pathway, a prototype of selective autophagy, together with a multi-scale analysis approach to study the molecular structure of Cvt vesicles. We report the oligomeric nature of the major Cvt cargo Ape1 with a combined 2.8 Å X-ray and negative stain EM structure, as well as the secondary cargo Ams1 with a 6.3 Å cryo-EM structure. We show that the major dodecameric cargo prApe1 exhibits a tendency to form higher-order chain structures that are broken upon interaction with the receptor Atg19 in vitro The stoichiometry of these cargo-receptor complexes is key to maintaining the size of the Cvt aggregate in vivo Using correlative light and electron microscopy, we further visualize key stages of Cvt vesicle biogenesis. Our findings suggest that Atg19 interaction limits Ape1 aggregate size while serving as a vehicle for vacuolar delivery of tetrameric Ams1.
履歴
登録2016年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月25日-
マップ公開2016年6月15日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.064
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  • 原子モデル: PDB-5jm0
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8166.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8166.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.064 / ムービー #1: 0.064
最小 - 最大-0.032903958 - 0.13467872
平均 (標準偏差)0.0019863124 (±0.010677306)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z270.000270.000270.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0330.1350.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Alpha-mannosidase 1

全体名称: Alpha-mannosidase 1
要素
  • 複合体: Alpha-mannosidase 1
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase

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超分子 #1: Alpha-mannosidase 1

超分子名称: Alpha-mannosidase 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: His-tagged
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 細胞中の位置: cytoplasm, vacuole
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase

分子名称: Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase,Alpha-mannosidase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The coordinate model contains a poly-alanine stretch that corresponds to residues 17-27 in the template sequence.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alpha-mannosidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 125.764156 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)MSSEDII YDPQFKPV Q GIYENRLRQF IDTGGDYHDL NLPKFYDKKR ISLDHDHVKV WWYQVSFERG SSPVSPDKRP SWKSIIERDK KGELEFREA NINQPFGPSW ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)MSSEDII YDPQFKPV Q GIYENRLRQF IDTGGDYHDL NLPKFYDKKR ISLDHDHVKV WWYQVSFERG SSPVSPDKRP SWKSIIERDK KGELEFREA NINQPFGPSW STTWFKVKIS LPEDWVKSNE QLLFQWDCSN EGIVIDPKTL IPVTAFSGGE RTEYVLPKTS DGKHFFYIEA GNNGMFGCG AGSTINPPDD NRFFHLRKAD IVWPDLDARA LYIDFWMLGD AARELPGDSW QKHQARQLGN AVMNLFDPND R SSVRKCRE LLQREYFDSF LESSKVYEQG ESQVLTNVYG IGNCHIDTAW LWPFAETRRK IVRSWSSQCT LMDRFPEYKF VA SQAQQFK WLLEDHPEFF NKVLIPKIQQ SQFFAVGGTW VENDTNIPSG ESLARQFFFG QRFFLKHFGL KSKIFWLPDT FGY SSQMPQ LCRLSGIDKF LTQKLSWNNI NSFPHSTFNW AGIDGSQLLT HMPPGNTYTA DSHFGDVLRT AKQNKTPEYY GSGL MLYGK GDGGGGPTEE MLQKMRRIRS MNNRNGNVIP KLQVGITVDE FYDDILKRTN QGHDLPTWSG ELYFEFHRGT YTSQA QTKK LMRLSEIKLH DLEWIAAKTS VLYPDSYKYP SKQINELWEN VLLCQFHDVL PGSCIEMVYK YEAVPMLHNV VKECTS LID KTVQFLQSQS KADLVEMRTL TWSKPEKVSE ECSLNGSYTS SVTGYDDYIV LANGKLKVII CKKTGVITSI TDETLGV EY LDTEHGRNKL GANQFVIYDD KPLGWQAWDT ELYSVNQYKY VTKPKKVQVS CNTKEKCAVE VIFQISEKCK IKSVISLN A TAVTDAKLSK VDISTTVENW DARNKFLKVE FPVNIRNDFA SYETQFGITK RPTHYNTSWD VAKFEVCHHK FADYSEYSK GVSILNDCKY GFSTHGNLMR LSLLRSPKAP DAHADMGTHE IKYAIYPHRG ALSSDTVKLA HEFNYCFKYK LPKDIGMNFD DIISISGDE NVILSNIKRG EDDSAVKSNY SLNPRDEQSI VVRVYESLGG ESFASLNTTL NLKRIEKVDN LEMKVYKSLT A TRDESNHA INRIPIKLRP FEIASFRLYF

UniProtKB: Alpha-mannosidase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
175.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
75.0 mMImidazoleイミダゾールImidazoleイミダゾール
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 4.5 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: 2.5 ul of sample was applied, offset -3, 9s blotting time.
詳細single particles alongside chains of tetramers

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1735 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
詳細: The first six frames comprised each 7 e/A2 and the final frame consequently received 16 e/A2 dose. Relion's particle polishing procedure was used.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 85274
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 73 / Random conical tilt - Tilt angle: 55 degrees / 詳細: EMAN2
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.06)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成使用したクラス数: 2
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
詳細: 1. From 85274 initially auto-picked particles, 16678 were eliminated after 2D classification. 2. From 68596, two classes making up 33588 particles were included in the final reconstruction.
使用した粒子像数: 33588
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細1. Fitting of a homology model based on PDB 2wyh combined with a homology model based on PDB 2xbz and 3cmg for the C- (residues 287-1083) and N-terminal part (residues 45-203) respectively 2. ab initio modelling for a three-helix bundle of the N-terminal part (residues 209-286) 3. creating an ideal poly-alanine helix for residues 17-27
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 80
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5jm0:
Structure of the S. cerevisiae alpha-mannosidase 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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