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万見
- PDB-7n0k: Cryo-EM structure of TACAN in the apo form (TMEM120A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n0k
タイトルCryo-EM structure of TACAN in the apo form (TMEM120A)
要素Ion channel TACAN
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / lipid metabolism (脂質代謝) / coenzyme A (補酵素A)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein heterooligomerization / nuclear inner membrane / fat cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / monoatomic ion transmembrane transport / protein homooligomerization / monoatomic ion channel activity / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ion channel TACAN/TMEM120B / TMPIT-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Niu, Y. / Tao, X. / MacKinnon, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM43949 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Analysis of the mechanosensor channel functionality of TACAN.
著者: Yiming Niu / Xiao Tao / George Vaisey / Paul Dominic B Olinares / Hanan Alwaseem / Brian T Chait / Roderick MacKinnon /
要旨: Mechanosensitive ion channels mediate transmembrane ion currents activated by mechanical forces. A mechanosensitive ion channel called TACAN was recently reported. We began to study TACAN with the ...Mechanosensitive ion channels mediate transmembrane ion currents activated by mechanical forces. A mechanosensitive ion channel called TACAN was recently reported. We began to study TACAN with the intent to understand how it senses mechanical forces and functions as an ion channel. Using cellular patch-recording methods, we failed to identify mechanosensitive ion channel activity. Using membrane reconstitution methods, we found that TACAN, at high protein concentrations, produces heterogeneous conduction levels that are not mechanosensitive and are most consistent with disruptions of the lipid bilayer. We determined the structure of TACAN using single-particle cryo-electron microscopy and observed that it is a symmetrical dimeric transmembrane protein. Each protomer contains an intracellular-facing cleft with a coenzyme A cofactor, confirmed by mass spectrometry. The TACAN protomer is related in three-dimensional structure to a fatty acid elongase, ELOVL7. Whilst its physiological function remains unclear, we anticipate that TACAN is not a mechanosensitive ion channel.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24107
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ion channel TACAN
A: Ion channel TACAN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5952
ポリマ－81,5952
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6360 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area34130 Å2

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要素

#1: タンパク質 Ion channel TACAN / Transmembrane protein 120A


分子量: 40797.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tmem120a, Net29, Tacan / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8C1E7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homo-dimeric assembly of wild type TACAN(TMEM120A) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 250 mM NaCl, and 0.06% Digitonin (w/v)
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 75.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3751: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Gctf1.0.6CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
8Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.151.2モデルフィッティング
11RELION3初期オイラー角割当
12RELION3.1初期オイラー角割当
13cryoSPARC2.9.0初期オイラー角割当
14RELION3.1最終オイラー角割当
15RELION3.1分類
16cryoSPARC2.9.0３次元再構成
17PHENIX1.151.2モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110090 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0035304
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4827176
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.395680
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.031774
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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