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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zms | |||||||||
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タイトル | Coxsackievirus B4 strain E2 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Coxsackievirus B4 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Coxsackievirus B4 (コクサッキーウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Flatt, J.W. / Domanska, A. / Butcher, S.J. | |||||||||
資金援助 | フィンランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Identification of a conserved virion-stabilizing network inside the interprotomer pocket of enteroviruses. 著者: Justin W Flatt / Aušra Domanska / Alma L Seppälä / Sarah J Butcher / 要旨: Enteroviruses pose a persistent and widespread threat to human physical health, with no specific treatments available. Small molecule capsid binders have the potential to be developed as antivirals ...Enteroviruses pose a persistent and widespread threat to human physical health, with no specific treatments available. Small molecule capsid binders have the potential to be developed as antivirals that prevent virus attachment and entry into host cells. To aid with broad-range drug development, we report here structures of coxsackieviruses B3 and B4 bound to different interprotomer-targeting capsid binders using single-particle cryo-EM. The EM density maps are beyond 3 Å resolution, providing detailed information about interactions in the ligand-binding pocket. Comparative analysis revealed the residues that form a conserved virion-stabilizing network at the interprotomer site, and showed the small molecule properties that allow anchoring in the pocket to inhibit virus disassembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zms.cif.gz | 271.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zms.ent.gz | 215.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zms.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zms_validation.pdf.gz | 852.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zms_full_validation.pdf.gz | 853.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6zms_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zms_validation.cif.gz | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/6zms | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 11300MC 6zckC 6zclC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10652 (タイトル: Identification of a conserved virion-stabilizing network inside the interprotomer pocket of enteroviruses Data size: 7.3 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of CVB4 in complex with CP48 [micrographs - multiframe] Data #2: Aligned multi-frame micrographs dose weighted [micrographs - single frame] Data #3: Aligned non dose weighted micrographs [micrographs - single frame] Data #4: Un-aligned multiframe micrographs of CVB4 control [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30685.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス) 細胞株: BGM / 株: E2 / 参照: UniProt: Q86887 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27708.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス) 細胞株: BGM / 株: E2 / 参照: UniProt: Q86887 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26444.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス) 株: E2 / 参照: UniProt: Q86887 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7499.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス) 細胞株: BGM / 株: E2 / 参照: UniProt: Q86887 |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Coxsackievirus B4 (strain E2) / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス) | |||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | |||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | |||||||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: icosahedral / 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 3 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS TALOS F200C |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40627 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 最高解像度: 3.4 Å |