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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t1e | ||||||
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タイトル | Streptavidin variants harbouring an artificial organocatalyst based cofactor | ||||||
要素 | Streptavidinストレプトアビジン | ||||||
キーワード | Biotin-binding protein / artificial cofactor / streptavidin (ストレプトアビジン) / catalyst | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Lechner, H. / Hocker, B. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021 タイトル: An Artificial Cofactor Catalyzing the Baylis-Hillman Reaction with Designed Streptavidin as Protein Host*. 著者: Lechner, H. / Emann, V.R. / Breuning, M. / Hocker, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t1e.cif.gz | 113.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t1e.ent.gz | 74 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t1e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t1e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16598.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629 |
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-非ポリマー , 5種, 120分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-HL9 / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: (NH4)2SO4 1.8 M, NaCH3COO 0.1 M, pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→29.76 Å / Num. obs: 36595 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08801 / Rpim(I) all: 0.02393 / Rrim(I) all: 0.09129 / Net I/σ(I): 18.71 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.346 Å / Num. unique obs: 3573 / CC1/2: 0.398 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→29.76 Å / SU ML: 0.1288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.1802 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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