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- PDB-5oej: Structure of Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oej
タイトルStructure of Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA
要素Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / yeast (酵母) / Tra1 / SAGA / activator target
機能・相同性
機能・相同性情報


: / histone acetyltransferase complex / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Transcription-associated protein 1 / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase ...Transcription-associated protein 1 / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-associated protein / SAGA and NuA4 histone acetyltransferase complexes subunits
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella pastoris (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å
データ登録者Sharov, G. / Voltz, K. / Durand, A. / Kolesnikova, O. / Papai, G. / Myasnikov, A.G. / Dejaegere, A. / Ben-Shem, A. / Schultz, P.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-BINF-0003 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of the transcription activator target Tra1 within the chromatin modifying complex SAGA.
著者: Grigory Sharov / Karine Voltz / Alexandre Durand / Olga Kolesnikova / Gabor Papai / Alexander G Myasnikov / Annick Dejaegere / Adam Ben Shem / Patrick Schultz /
要旨: The transcription co-activator complex SAGA is recruited to gene promoters by sequence-specific transcriptional activators and by chromatin modifications to promote pre-initiation complex formation. ...The transcription co-activator complex SAGA is recruited to gene promoters by sequence-specific transcriptional activators and by chromatin modifications to promote pre-initiation complex formation. The yeast Tra1 subunit is the major target of acidic activators such as Gal4, VP16, or Gcn4 but little is known about its structural organization. The 430 kDa Tra1 subunit and its human homolog the transformation/transcription domain-associated protein TRRAP are members of the phosphatidyl 3-kinase-related kinase (PIKK) family. Here, we present the cryo-EM structure of the entire SAGA complex where the major target of activator binding, the 430 kDa Tra1 protein, is resolved with an average resolution of 5.7 Å. The high content of alpha-helices in Tra1 enabled tracing of the majority of its main chain. Our results highlight the integration of Tra1 within the major epigenetic regulator SAGA.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.32017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3790
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,0551
ポリマ－438,0551
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA


分子量: 438055.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2QQ15, UniProt: C4QYV4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tra1 subunit of SAGA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 127272 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Calibrated defocus min: 1400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3400 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 8505
詳細: Images were collected in movie-mode at 17 frames per second, frame 1 was not acquired. Every two frames were joined together, producing 8 frames per second.
電子光学装置球面収差補正装置: Microscope has a Cs corrector
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 8 / 利用したフレーム数/画像: 2-8

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch0.53粒子像選択Was used for auto-picking
2EPU1.4.3.1159REL画像取得
4Gctf0.5CTF補正CTF estimation
5CTFFIND4.0.15CTF補正CTF estimation
8UCSF Chimera1.9モデルフィッティングrigid-body with "fit in map" tool
9Situs2.6モデルフィッティングrigid-body with "colores" tool
12RELION1.4最終オイラー角割当
14RELION1.4３次元再構成
15Coot0.8.7モデル精密化real-space refinement
16PHENIX1.11モデル精密化geometry minimization
CTF補正詳細: Full CTF correction in Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 264901
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105916 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Secondary structure restraints were applied in Phenix.
原子モデル構築PDB-ID: 4JSN

4jsn


PDB chain-ID: B / Pdb chain residue range: 1385-2549
精密化最高解像度: 5.7 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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