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- PDB-5lks: Structure-function insights reveal the human ribosome as a cancer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lks
タイトルStructure-function insights reveal the human ribosome as a cancer target for antibiotics
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (60S ribosomal protein ...) x 41
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / CryoEM (低温電子顕微鏡法) / human ribosome (リボソーム) / 80S / cycloheximide (シクロヘキシミド)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / eukaryotic 80S initiation complex / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of protein neddylation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / translation at presynapse / axial mesoderm development ...positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / eukaryotic 80S initiation complex / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of protein neddylation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / translation at presynapse / axial mesoderm development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of gastrulation / regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / ribosomal protein import into nucleus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / IRE1-RACK1-PP2A complex / nucleolus organization / : / exit from mitosis / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / protein-DNA complex disassembly / 90S preribosome assembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of RNA splicing / negative regulation of DNA repair / laminin receptor activity / optic nerve development / TORC2 complex binding / oxidized purine DNA binding / GAIT complex / G1 to G0 transition / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / supercoiled DNA binding / neural crest cell differentiation / retinal ganglion cell axon guidance / middle ear morphogenesis / negative regulation of phagocytosis / NF-kappaB complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / A band / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / alpha-beta T cell differentiation / ubiquitin ligase inhibitor activity / 顔料 / protein kinase A binding / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / phagocytic cup / positive regulation of mitochondrial depolarization / response to aldosterone / homeostatic process / negative regulation of Wnt signaling pathway / lung morphogenesis / macrophage chemotaxis / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of cell division / ヒドロキシル化 / male meiosis I / MTOR / iron-sulfur cluster binding / BH3 domain binding / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Selenocysteine synthesis / protein-RNA complex assembly / monocyte chemotaxis / Formation of a pool of free 40S subunits / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / Eukaryotic Translation Termination / ribosomal small subunit export from nucleus / blastocyst development / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / translation regulator activity / Viral mRNA Translation / protein localization to nucleus / cellular response to actinomycin D / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response
類似検索 - 分子機能
40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 ...40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein L29e / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S25 / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / : / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L24e, conserved site / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein L1 / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3HE / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L29 ...Chem-3HE / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L29 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Ribosomal protein uL16-like / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Myasnikov, A.G. / Natchiar, S.K. / Nebout, M. / Hazemann, I. / Imbert, V. / Khatter, H. / Peyron, J.-F. / Klaholz, B.P.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure-function insights reveal the human ribosome as a cancer target for antibiotics.
著者: Alexander G Myasnikov / S Kundhavai Natchiar / Marielle Nebout / Isabelle Hazemann / Véronique Imbert / Heena Khatter / Jean-François Peyron / Bruno P Klaholz /
要旨: Many antibiotics in clinical use target the bacterial ribosome by interfering with the protein synthesis machinery. However, targeting the human ribosome in the case of protein synthesis ...Many antibiotics in clinical use target the bacterial ribosome by interfering with the protein synthesis machinery. However, targeting the human ribosome in the case of protein synthesis deregulations such as in highly proliferating cancer cells has not been investigated at the molecular level up to now. Here we report the structure of the human 80S ribosome with a eukaryote-specific antibiotic and show its anti-proliferative effect on several cancer cell lines. The structure provides insights into the detailed interactions in a ligand-binding pocket of the human ribosome that are required for structure-assisted drug design. Furthermore, anti-proliferative dose response in leukaemic cells and interference with synthesis of c-myc and mcl-1 short-lived protein markers reveals specificity of a series of eukaryote-specific antibiotics towards cytosolic rather than mitochondrial ribosomes, uncovering the human ribosome as a promising cancer target.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of the human 80S ribosome.
著者: Heena Khatter / Alexander G Myasnikov / S Kundhavai Natchiar / Bruno P Klaholz /
要旨: Ribosomes are translational machineries that catalyse protein synthesis. Ribosome structures from various species are known at the atomic level, but obtaining the structure of the human ribosome has ...Ribosomes are translational machineries that catalyse protein synthesis. Ribosome structures from various species are known at the atomic level, but obtaining the structure of the human ribosome has remained a challenge; efforts to address this would be highly relevant with regard to human diseases. Here we report the near-atomic structure of the human ribosome derived from high-resolution single-particle cryo-electron microscopy and atomic model building. The structure has an average resolution of 3.6 Å, reaching 2.9 Å resolution in the most stable regions. It provides unprecedented insights into ribosomal RNA entities and amino acid side chains, notably of the transfer RNA binding sites and specific molecular interactions with the exit site tRNA. It reveals atomic details of the subunit interface, which is seen to remodel strongly upon rotational movements of the ribosomal subunits. Furthermore, the structure paves the way for analysing antibiotic side effects and diseases associated with deregulated protein synthesis.
履歴
登録2016年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: em_3d_fitting / em_software / pdbx_struct_conn_angle
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.name
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4070
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L5: 28S ribosomal RNA
L7: 5S ribosomal RNA
L8: 5.8S ribosomal RNA
LA: 60S ribosomal protein L8
LB: 60S ribosomal protein L3
LC: 60S ribosomal protein L4
LD: 60S ribosomal protein L5
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein L7
LG: 60S ribosomal protein L7a
LH: 60S ribosomal protein L9
LI: 60S ribosomal protein L10-like
LJ: 60S ribosomal protein L11
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14
LN: 60S ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L13a
LP: 60S ribosomal protein L17
LQ: 60S ribosomal protein L18
LR: 60S ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L18a
LT: 60S ribosomal protein L21
LU: 60S ribosomal protein L22
LV: 60S ribosomal protein L23
LW: 60S ribosomal protein L24
LX: 60S ribosomal protein L23a
LY: 60S ribosomal protein L26
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: 60S ribosomal protein L27a
Lb: Ribosomal protein L29, isoform CRA_a
Lc: 60S ribosomal protein L30
Ld: 60S ribosomal protein L31
Le: 60S ribosomal protein L32
Lf: 60S ribosomal protein L35a
Lg: 60S ribosomal protein L34
Lh: 60S ribosomal protein L35
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: 60S ribosomal protein L37
Lk: 60S ribosomal protein L38
Ll: 60S ribosomal protein L39
Lm: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Ln: 60S ribosomal protein L41
Lo: 60S ribosomal protein L36a
Lp: 60S ribosomal protein L37a
Lr: 60S ribosomal protein L28
Lz: 60S ribosomal protein L10a
S2: 18S ribosomal RNA
SA: 40S ribosomal protein SA
SB: 40S ribosomal protein S3a
SD: 40S ribosomal protein S3
SE: 40S ribosomal protein S4, X isoform
SF: 40S ribosomal protein S5
SH: 40S ribosomal protein S7
SI: 40S ribosomal protein S8
SK: 40S ribosomal protein S10
SL: 40S ribosomal protein S11
SP: 40S ribosomal protein S15
SQ: 40S ribosomal protein S16
SR: 40S ribosomal protein S17
SS: 40S ribosomal protein S18
ST: 40S ribosomal protein S19
SU: 40S ribosomal protein S20
SV: 40S ribosomal protein S21
SX: 40S ribosomal protein S23
Sa: 40S ribosomal protein S26
Sc: 40S ribosomal protein S28
Sd: 40S ribosomal protein S29
Sg: Receptor of activated protein C kinase 1
SC: 40S ribosomal protein S2
SG: 40S ribosomal protein S6
SJ: 40S ribosomal protein S9
SM: 40S ribosomal protein S12
SN: 40S ribosomal protein S13
SO: 40S ribosomal protein S14
SW: 40S ribosomal protein S15a
SY: 40S ribosomal protein S24
SZ: 40S ribosomal protein S25
Sb: 40S ribosomal protein S27
Se: Ribosomal protein S30
Sf: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,818,880313
ポリマ－3,812,63180
非ポリマー6,249233
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 L5L7L8S2

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1640238.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 86475748
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 23898
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 555853
#47: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 602752.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36162

+
60S ribosomal protein ... , 41種, 41分子 LALBLCLDLELFLGLHLILJLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLaLcLdLeLf...

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39023
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / / Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer ...Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like / / Large ribosomal subunit protein uL16-like


分子量: 24570.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96L21
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / / Breast basic conserved protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / / CAG-ISL 7 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50914
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61313
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35268
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / / 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62829
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / / 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83731
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61353
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62899
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49207
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / / G1.16 / Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61927
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / / Large ribosomal subunit protein eL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62891
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 ...60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein / Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83881
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61513
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L10a / / CSA-19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Neural precursor cell expressed developmentally down- ...CSA-19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 6 / NEDD-6


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62906

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 LbSe

#30: タンパク質 Ribosomal protein L29, isoform CRA_a / リボソーム


分子量: 17604.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A024R326
#79: タンパク質 Ribosomal protein S30 /


分子量: 14415.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 3種, 3分子 LmSgSf

#41: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / CEP52 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62987
#68: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244
#80: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 SASBSDSESFSHSISKSLSPSQSRSSSTSUSVSXSaScSdSCSGSJSMSNSOSWSYSZSb

#48: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / リボソーム / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / / Ke-3 / Ke3 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 14548.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677

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非ポリマー , 4種, 264分子

#81: 化合物 ChemComp-3HE / 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione / シクロヘキシミド / シクロヘキシミド


分子量: 281.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23NO4
#82: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#83: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#84: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human 80S ribsome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#80 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 79000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 105 K / 最低温度: 79 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: その他
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 6600
電子光学装置球面収差補正装置: CS corrected microscope
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 3-9

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1GautomatchGautomatch_v0.50粒子像選択LMB
2EPU画像取得FEI
4CTFFINDCTFFIND 4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELIONRELION1.4最終オイラー角割当LMB
11RELIONRELION1.4分類LMB
13PHENIXPHENIX1.10モデル精密化
CTF補正詳細: Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: RELION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Maximum likelihood

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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