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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kt0 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a virus like photosystem I from the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803 | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / photosynthetic reaction center / membrane complex (生体膜) / plastocyanin (プラストシアニン) / cytochrome C6 / Ferredoxin (フェレドキシン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived photosystem I / チラコイド / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...plasma membrane-derived photosystem I / チラコイド / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Mazor, Y. / Nataf, D. / Toporik, H. / Nelson, N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Crystal structures of virus-like photosystem I complexes from the mesophilic cyanobacterium Synechocystis PCC 6803. 著者: Mazor, Y. / Nataf, D. / Toporik, H. / Nelson, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kt0.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kt0.ent.gz | 972.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kt0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kt0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHOR STATED THAT THERE IS NO QUATERNARY STRUCTURE FOR THIS ENTRY. PISA FAILED TO GENERATE ASSEMBLY. THEREFORE THE ASU IS INDICATED AS ASSEMBLY TEMPORARILY. |
-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 83036.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 10HIS tag was added to the C terminus of PsaL. The mutated chain is lost during purification. 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: Synechocystis sp. PCC 6803 / 遺伝子: BEST7613_2234, MYO_18690, psaA 参照: UniProt: L8AHT3, UniProt: P29254*PLUS, 光化学系I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 81369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaB, BEST7613_2235, MYO_18700 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AIC0, UniProt: P29255*PLUS, 光化学系I |
-Photosystem I subunit ... , 2種, 2分子 DF
#4: タンパク質 | 分子量: 15663.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaD, BEST7613_1459, MYO_11100 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AFM8, UniProt: P19569*PLUS, 光化学系I |
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#6: タンパク質 | 分子量: 18267.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaF, BEST7613_2928 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AII8, UniProt: P29256*PLUS, 光化学系I |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 4種, 4分子 EJKM
#5: タンパク質 | 分子量: 8154.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaE, BEST7613_5968, MYO_118260 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8ASH8, UniProt: P12975*PLUS, 光化学系I |
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#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4535.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaJ, BEST7613_2927, MYO_115450 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AGL9, UniProt: Q55329*PLUS, 光化学系I |
#8: タンパク質 | 分子量: 13732.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaK, BEST7613_4536, MYO_129960 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8APJ0, UniProt: P74564*PLUS, 光化学系I |
#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3382.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psbM, psaM, BEST7613_1787, MYO_14340 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8ADF9, UniProt: P72986*PLUS, 光化学系I |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 C
#16: 糖 | #3: タンパク質 | | 分子量: 8837.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaC, BEST7613_5694, MYO_120930 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AST2, UniProt: P32422*PLUS, 光化学系I |
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-非ポリマー , 9種, 149分子
#10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-LHG / #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-BCR / #15: 化合物 | ChemComp-CLA / #17: 化合物 | ChemComp-LMG / | #18: 化合物 | ChemComp-CL / | #19: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.75 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 4.5% PEG3350, 30mM Tricine-NaOH pH8, 55mM NaCl, 50mM Glycine, 0.005% Nonyl- beta -D-Maltoside., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 92450 / Num. obs: 91895 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 61.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 2.382 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1JB0 with truncated side chains and chlorophyll tails 解像度: 2.8→29.977 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: single parameter per residue. / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 94.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.977 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -9.005 Å / Origin y: -7.8261 Å / Origin z: 21.7491 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A or chain B or chain C or chain D or chain E or chain F or chain J or chain K or chain M |