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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4331 | |||||||||
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タイトル | Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (Map B) | |||||||||
マップデータ | For optimal visualization of all tRNA, eIF2 gamma and eIF3b and eIF3i beta propellers, gauss-filter the map by 1.2 and display it at 0.02 contour level. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Kluyveromyces lactis (酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Llacer JL / Hussain T / Gordiyenko Y / Ramakrishnan V | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Translational initiation factor eIF5 replaces eIF1 on the 40S ribosomal subunit to promote start-codon recognition. 著者: Jose Luis Llácer / Tanweer Hussain / Adesh K Saini / Jagpreet Singh Nanda / Sukhvir Kaur / Yuliya Gordiyenko / Rakesh Kumar / Alan G Hinnebusch / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan / 要旨: In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) ...In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) of eIF2 that additionally promotes stringent AUG selection, but the molecular basis of its dual function was unknown. We present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of a yeast 48S pre-initiation complex (PIC), at an overall resolution of 3.0 Å, featuring the N-terminal domain (NTD) of eIF5 bound to the 40S subunit at the location vacated by eIF1. eIF5 interacts with and allows a more accommodated orientation of Met-tRNA. Substitutions of eIF5 residues involved in the eIF5-NTD/tRNA interaction influenced initiation at near-cognate UUG codons and the closed/open PIC conformation in vitro, consistent with direct stabilization of the codon:anticodon duplex by the wild-type eIF5-NTD. The present structure reveals the basis for a key role of eIF5 in start-codon selection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4331.map.gz | 95 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4331-v30.xml emd-4331.xml | 24.5 KB 24.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4331.png | 209.2 KB | ||
その他 | emd_4331_half_map_1.map.gz emd_4331_half_map_2.map.gz | 90.6 MB 90.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4331 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4331 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4331_validation.pdf.gz | 429.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4331_full_validation.pdf.gz | 428.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4331_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4331 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4331 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | For optimal visualization of all tRNA, eIF2 gamma and eIF3b and eIF3i beta propellers, gauss-filter the map by 1.2 and display it at 0.02 contour level. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4331_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4331_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 ...
全体 | 名称: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model B) |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 ...
超分子 | 名称: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model B) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#47 |
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由来(天然) | 生物種: Kluyveromyces lactis (酵母) |
分子量 | 理論値: 1.8 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 3600 / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-mode at 32 frames per second |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 78000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 54 / 当てはまり具合の基準: FSC |
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