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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23097 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 2P S ectodomain bound domain-swapped antibody 2G12 from masked 3D refinement | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 2P S ectodomain bound domain-swapped antibody 2G12 from focused refinement | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARSコロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Manne K / Henderson R / Acharya P | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020 タイトル: A glycan cluster on the SARS-CoV-2 spike ectodomain is recognized by Fab-dimerized glycan-reactive antibodies. 著者: Priyamvada Acharya / Wilton Williams / Rory Henderson / Katarzyna Janowska / Kartik Manne / Robert Parks / Margaret Deyton / Jordan Sprenz / Victoria Stalls / Megan Kopp / Katayoun Mansouri / ...著者: Priyamvada Acharya / Wilton Williams / Rory Henderson / Katarzyna Janowska / Kartik Manne / Robert Parks / Margaret Deyton / Jordan Sprenz / Victoria Stalls / Megan Kopp / Katayoun Mansouri / Robert J Edwards / R Ryan Meyerhoff / Thomas Oguin / Gregory Sempowski / Kevin Saunders / Barton F Haynes 要旨: The COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2 has escalated into a global crisis. The spike (S) protein that mediates cell entry and membrane fusion is the current focus of vaccine and therapeutic ...The COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2 has escalated into a global crisis. The spike (S) protein that mediates cell entry and membrane fusion is the current focus of vaccine and therapeutic antibody development efforts. The S protein, like many other viral fusion proteins such as HIV-1 envelope (Env) and influenza hemagglutinin, is glycosylated with both complex and high mannose glycans. Here we demonstrate binding to the SARS-CoV-2 S protein by a category of Fab-dimerized glycan-reactive (FDG) HIV-1-induced broadly neutralizing antibodies (bnAbs). A 3.1 Å resolution cryo-EM structure of the S protein ectodomain bound to glycan-dependent HIV-1 bnAb 2G12 revealed a quaternary glycan epitope on the spike S2 domain involving multiple protomers. These data reveal a new epitope on the SARS-CoV-2 spike that can be targeted for vaccine design. HIGHLIGHTS: Fab-dimerized, glycan-reactive (FDG) HIV-1 bnAbs cross-react with SARS-CoV-2 spike.3.1 Å resolution cryo-EM structure reveals quaternary S2 epitope for HIV-1 bnAb 2G12.2G12 targets ...HIGHLIGHTS: Fab-dimerized, glycan-reactive (FDG) HIV-1 bnAbs cross-react with SARS-CoV-2 spike.3.1 Å resolution cryo-EM structure reveals quaternary S2 epitope for HIV-1 bnAb 2G12.2G12 targets glycans, at positions 709, 717 and 801, in the SARS-CoV-2 spike.Our studies suggest a common epitope for FDG antibodies centered around glycan 709. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23097.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23097-v30.xml emd-23097.xml | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23097.png | 116.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23097 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23097 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 2P S ectodomain bound domain-swapped antibody 2G12 from focused refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus spike glyco...
全体 | 名称: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus spike glycoprotein in complex with domain-swapped antibody 2G12 |
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要素 |
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-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus spike glyco...
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus spike glycoprotein in complex with domain-swapped antibody 2G12 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: spike glycoprotein
超分子 | 名称: spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARSコロナウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: antibody 2G12
超分子 | 名称: antibody 2G12 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 124.124477 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN F KNLREFVF ...文字列: AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN F KNLREFVF KNIDGYFKIY SKHTPINLVR DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SSGWTAGAAA YY VGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTSNFRVQPT ESIVRFPNIT NLCPFGEVFN ATR FASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADYN YKLP DDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP LQSYGFQPTN GVGYQ PYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILD ITP CSFGGVSVIT PGTNTSNQVA VLYQDVNCTE VPVAIHADQL TPTWRVYSTG SNVFQTRAGC LIGAEHVNNS YECDIPI GA GICASYQTQT NSPRRARSVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDS T ECSNLLLQYG SFCTQLNRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKDF GGFNFSQILP DPSKPSKRSF IEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGAALQI PFAMQMAYRF NGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTASAL GKLQDVVNQN AQALNTLVKQ LSSNFGAISS VLNDILSRLD P PEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQSKRVDFCG KGYHLMSFPQ SAPHGVVFLH VT YVPAQEK NFTTAPAICH DGKAHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IITTDNTFVS GNCDVVIGIV NNTVYDPLQP ELD S |
-分子 #2: 2G12 heavy chain
分子 | 名称: 2G12 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.978051 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKAGGSLIL SCGVSNFRIS AHTMNWVRRV PGGGLEWVAS ISTSSTYRDY ADAVKGRFTV SRDDLEDFVY LQMHKMRVE DTAIYYCARK GSDRLSDNDP FDAWGPGTVV TVSPASTKGP SVFPLAPS(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) ...文字列: EVQLVESGGG LVKAGGSLIL SCGVSNFRIS AHTMNWVRRV PGGGLEWVAS ISTSSTYRDY ADAVKGRFTV SRDDLEDFVY LQMHKMRVE DTAIYYCARK GSDRLSDNDP FDAWGPGTVV TVSPASTKGP SVFPLAPS(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)GTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQT YI CNVNHKPSNT KVDKKVEPK |
-分子 #3: 2G12 light chain
分子 | 名称: 2G12 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.24585 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DVVMTQSPST LSASVGDTIT ITCRASQSIE TWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASTLKTGVPS RFSGSGSGTE FTLTISGLQF DDFATYHCQ HYAGYSATFG QGTRVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DVVMTQSPST LSASVGDTIT ITCRASQSIE TWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASTLKTGVPS RFSGSGSGTE FTLTISGLQF DDFATYHCQ HYAGYSATFG QGTRVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGE |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 32 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 93.15 K / 最高: 93.15 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 66.43 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 222304 |