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- EMDB-22854: Adeno-Associated Virus (AAV-DJ) - cryo-EM structure at 1.56 Angst... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22854
タイトルAdeno-Associated Virus (AAV-DJ) - cryo-EM structure at 1.56 Angstrom Resolution
マップデータFull particle Relion map, sharpened using volume-whitening routine of cisTEM. Cropped version also provided for ease of comparison with coordinates.
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水
キーワードGene therapy vector / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Xie Q / Yoshioka CK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122564 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: Adeno-Associated Virus (AAV-DJ)-Cryo-EM Structure at 1.56 Å Resolution.
著者: Qing Xie / Craig K Yoshioka / Michael S Chapman /
要旨: Adeno-associated virus is the leading viral vector for gene therapy. AAV-DJ is a recombinant variant developed for tropism to the liver. The AAV-DJ structure has been determined to 1.56 Å resolution ...Adeno-associated virus is the leading viral vector for gene therapy. AAV-DJ is a recombinant variant developed for tropism to the liver. The AAV-DJ structure has been determined to 1.56 Å resolution through cryo-electron microscopy (cryo-EM). Only apoferritin is reported in preprints at 1.6 Å or higher resolution, and AAV-DJ nearly matches the highest resolutions ever attained through X-ray diffraction of virus crystals. However, cryo-EM has the advantage that most of the hydrogens are clear, improving the accuracy of atomic refinement, and removing ambiguity in hydrogen bond identification. Outside of secondary structures where hydrogen bonding was predictable a priori, the networks of hydrogen bonds coming from direct observation of hydrogens and acceptor atoms are quite different from those inferred even at 2.8 Å resolution. The implications for understanding viral assembly mean that cryo-EM will likely become the favored approach for high resolution structural virology.
履歴
登録2020年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kfr
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7kfr
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22854.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22854.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full particle Relion map, sharpened using volume-whitening routine of cisTEM. Cropped version also provided for ease of comparison with coordinates.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5105 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.064 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.177237 - 0.372257
平均 (標準偏差)-0.000013357471 (±0.017671466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-300-300-300
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 306.30002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.51050.51050.5105
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z306.300306.300306.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-300-300
NX/NY/NZ600600600
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-300-300-300
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.1770.372-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22854_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Full particle, unsharpened Relion map, low pass filtered...

ファイルemd_22854_additional_1.map
注釈Full particle, unsharpened Relion map, low pass filtered beyond FSC of 1.56 A. See also cropped version.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened Relion map, cropped ~20 Angstrom outside subunit...

ファイルemd_22854_additional_2.map
注釈Unsharpened Relion map, cropped ~20 Angstrom outside subunit coordinates deposited, for ease of visualization.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Relion map, sharpened using volume-whitening routine of cisTEM,...

ファイルemd_22854_additional_3.map
注釈Relion map, sharpened using volume-whitening routine of cisTEM, and cropped ~20 Angstrom outside deposited subunit coordinates for ease of comparison.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Relion half map 1.

ファイルemd_22854_half_map_1.map
注釈Relion half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Relion half map 2.

ファイルemd_22854_half_map_2.map
注釈Relion half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus

全体名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.746 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 58.877809 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GADGVGNSSG NWHCDSTWMG DRVITTSTRT WALPTYNNHL YKQISNSTSG GSSNDNAYFG YSTPWGYFDF NRFHCHFSPR DWQRLINNN WGFRPKRLSF KLFNIQVKEV TQNEGTKTIA NNLTSTIQVF TDSEYQLPYV LGSAHQGCLP PFPADVFMIP Q YGYLTLNN ...文字列:
GADGVGNSSG NWHCDSTWMG DRVITTSTRT WALPTYNNHL YKQISNSTSG GSSNDNAYFG YSTPWGYFDF NRFHCHFSPR DWQRLINNN WGFRPKRLSF KLFNIQVKEV TQNEGTKTIA NNLTSTIQVF TDSEYQLPYV LGSAHQGCLP PFPADVFMIP Q YGYLTLNN GSQAVGRSSF YCLEYFPSQM LRTGNNFQFT YTFEDVPFHS SYAHSQSLDR LMNPLIDQYL YYLSRTQTTG GT TNTQTLG FSQGGPNTMA NQAKNWLPGP CYRQQRVSKT SADNNNSEYS WTGATKYHLN GRDSLVNPGP AMASHKDDEE KFF PQSGVL IFGKQGSEKT NVDIEKVMIT DEEEIRTTNP VATEQYGSVS TNLQRGNRQA ATADVNTQGV LPGMVWQDRD VYLQ GPIWA KIPHTDGHFH PSPLMGGFGL KHPPPQILIK NTPVPADPPT TFNQSKLNSF ITQYSTGQVS VEIEWELQKE NSKRW NPEI QYTSNYYKST SVDFAVNTEG VYSEPRPIGT RYLTRNL

UniProtKB: Capsid protein VP1

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 265 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
25.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
25.0 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa
詳細: PELCO easiGlow Glow Discharge Cleaning System Current: 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Two 3uL aliquots applied to grid (manual blotting between), prior to automated 3 second blot before plunging..
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 154400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm / 倍率（公称値）: 155000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 93.0 K / 最高: 93.0 K
詳細Coma-free alignment and objective astigmatism where corrected using Sherpa (Thermo Fisher, Inc.).
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2241 / 平均露光時間: 15.8 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
詳細: Data were collected with pixel size of 0.514 angstrom on a FEI Titan Krios (Thermo Fisher, Inc.) at 300 kV, using a Falcon 3 camera (Thermo Fisher) with a total dose of approx. 30 e-/A2 ...詳細: Data were collected with pixel size of 0.514 angstrom on a FEI Titan Krios (Thermo Fisher, Inc.) at 300 kV, using a Falcon 3 camera (Thermo Fisher) with a total dose of approx. 30 e-/A2 fractionated across 200 frames. Camera dose rate was approx. 0.5 e-/pixel/s. Defocus was random in the nominal range of -0.8 to -2.6 um. Images were acquired in EPU (Thermo Fisher, Inc.) without using image shift.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 75316
詳細: DoG (Difference of Gaussian) Picker was used for initial automated particle selection. Templates were then generated by 2D classification, followed by particle template selection in Relion 3.0.
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: Multiple rounds of 2D classification and 3D classification with C1 symmetry were used to remove outliers, resulting in 48,209 particles after deduplication.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: These 48209 particles refined to approx. 2.2 A with I1 symmetry, and subsequent refinements of beam tilt and per-particle CTF brought the resolution to 1.8 A. Further particle-polishing and ...詳細: These 48209 particles refined to approx. 2.2 A with I1 symmetry, and subsequent refinements of beam tilt and per-particle CTF brought the resolution to 1.8 A. Further particle-polishing and subsequent re-refinement of CTF brought the resolution to 1.70 A and a final reconstruction using Ewald sphere correction ended at 1.56 A. The map used for modeling was sharpened using the volume whitening routine in cisTEM.
使用した粒子像数: 48209

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5uf6


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Stand-alone RSRef was used for refinement of magnification, resolution, envelope correction and atomic B-factors. This was alternated with RSRef-embedded CNS was used for molecular dynamics optimization (1st round) and stereochemically-restrained all-atom least-squares optimization.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Least-squares residual
得られたモデル

PDB-7kfr:
Adeno-Associated Virus (AAV-DJ) - cryo-EM structure at 1.56 Angstrom Resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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