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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2055 | |||||||||
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タイトル | Acetylcholine-binding protein in the hemolymph of the planorbid snail Biomphalaria glabrata is a pentagonal dodecahedron (60 subunits) | |||||||||
マップデータ | A negative temperature factor of 278.9 A^2 was applied to the map. | |||||||||
試料 |
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キーワード | ligand gated ion channel / LGIC / Cys-loop receptor / AChBP / acetylcholine binding protein / acetylcholine / AChR / acetylcholine receptor / Myasthenia gravis / pentagonal dodecahedron / nicotinic / dodecahedron / Schistosoma mansoni / bilharziosis / Biomphalaria glabrata / snail | |||||||||
機能・相同性 | extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / transmembrane signaling receptor activity / membrane => GO:0016020 / Acetylcholine-binding protein type 2 / Acetylcholine-binding protein type 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Biomphalaria glabrata (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Saur M / Moeller V / Kapetanopoulos K / Braukmann S / Gebauer W / Tenzer S / Markl J | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS One / 年: 2012 タイトル: Acetylcholine-binding protein in the hemolymph of the planorbid snail Biomphalaria glabrata is a pentagonal dodecahedron (60 subunits). 著者: Michael Saur / Vanessa Moeller / Katharina Kapetanopoulos / Sandra Braukmann / Wolfgang Gebauer / Stefan Tenzer / Jürgen Markl / 要旨: Nicotinic acetylcholine receptors (nAChR) play important neurophysiological roles and are of considerable medical relevance. They have been studied extensively, greatly facilitated by the gastropod ...Nicotinic acetylcholine receptors (nAChR) play important neurophysiological roles and are of considerable medical relevance. They have been studied extensively, greatly facilitated by the gastropod acetylcholine-binding proteins (AChBP) which represent soluble structural and functional homologues of the ligand-binding domain of nAChR. All these proteins are ring-like pentamers. Here we report that AChBP exists in the hemolymph of the planorbid snail Biomphalaria glabrata (vector of the schistosomiasis parasite) as a regular pentagonal dodecahedron, 22 nm in diameter (12 pentamers, 60 active sites). We sequenced and recombinantly expressed two ∼25 kDa polypeptides (BgAChBP1 and BgAChBP2) with a specific active site, N-glycan site and disulfide bridge variation. We also provide the exon/intron structures. Recombinant BgAChBP1 formed pentamers and dodecahedra, recombinant BgAChBP2 formed pentamers and probably disulfide-bridged di-pentamers, but not dodecahedra. Three-dimensional electron cryo-microscopy (3D-EM) yielded a 3D reconstruction of the dodecahedron with a resolution of 6 Å. Homology models of the pentamers docked to the 6 Å structure revealed opportunities for chemical bonding at the inter-pentamer interfaces. Definition of the ligand-binding pocket and the gating C-loop in the 6 Å structure suggests that 3D-EM might lead to the identification of functional states in the BgAChBP dodecahedron. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2055.map.gz | 83.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2055-v30.xml emd-2055.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2055_gallery.png | 978.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2055 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2055_validation.pdf.gz | 233.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2055_full_validation.pdf.gz | 232.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2055_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2055 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 87.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | A negative temperature factor of 278.9 A^2 was applied to the map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata
全体 | 名称: Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata |
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要素 |
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-超分子 #1000: Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata
超分子 | 名称: Acetylcholine Binding Protein (AChBP) from Biomphalaria glabrata タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 1.86 MDa / 理論値: 1.86 MDa / 手法: SDS-PAGE |
-分子 #1: Biomphalaria glabrata Acetylcholine Binding Protein
分子 | 名称: Biomphalaria glabrata Acetylcholine Binding Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: BgAChBP 詳細: As yet, it is not entirely clear whether the dodecahedron is a homomeric assembly of either type one and/or two, or a heteromeric assembly of types one and two. コピー数: 60 / 集合状態: Dodecapentamer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Biomphalaria glabrata (無脊椎動物) / 組織: Hemolymph |
分子量 | 実験値: 1.86 MDa / 理論値: 1.86 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 5 mM MgCl2, 5mM CaCl2, 300mM NaCl |
グリッド | 詳細: C-flat holey carbon grids CF-2/2-3C-T, 30s glow discharge at 25 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 97 % / チャンバー内温度: 97 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: 2 x3.5 microlitres with 2 x 3s blotting |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 101 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification |
日付 | 2008年6月4日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 151 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #2
Microscopy ID | 2 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
温度 | 平均: 101 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification |
日付 | 2011年5月25日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 151 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | manual selection with boxer, ctf-correction with FindCTF2d, refinement: EMAN1.9 (15 iterative cycles), final reconstruction using 1-degree references |
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CTF補正 | 詳細: per micrograph |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN1.9 / 使用した粒子像数: 8374 |
最終 2次元分類 | クラス数: 608 |