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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1557 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM density map of Epsilon-15 bacteriophage icosahedral reconstruction from JADAS automatically acquired data at 7.3 Angstrom resolution. | |||||||||
マップデータ | This is the density map of the epsilon-15 bacteriophage reconstructed from JADAS automatically acquired images. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Single-particle / Automated data collection / Reconstruction / Cryo-EM / Epsilon-15 bacteriophage | |||||||||
生物種 | Salmonella phage epsilon15 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang J / Nakamura N / Shimizu Y / Liang N / Liu X / Jakana J / Marsh MP / Booth CR / Shinkawa T / Nakata M / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2009 タイトル: JADAS: a customizable automated data acquisition system and its application to ice-embedded single particles. 著者: Junjie Zhang / Natsuko Nakamura / Yuko Shimizu / Nathan Liang / Xiangan Liu / Joanita Jakana / Michael P Marsh / Christopher R Booth / Takao Shinkawa / Munetaka Nakata / Wah Chiu / 要旨: The JEOL Automated Data Acquisition System (JADAS) is a software system built for the latest generation of the JEOL Transmission Electron Microscopes. It is designed to partially or fully automate ...The JEOL Automated Data Acquisition System (JADAS) is a software system built for the latest generation of the JEOL Transmission Electron Microscopes. It is designed to partially or fully automate image acquisition for ice-embedded single particles under low dose conditions. Its built-in flexibility permits users to customize the order of various imaging operations. In this paper, we describe how JADAS is used to accurately locate and image suitable specimen areas on a grid of ice-embedded particles. We also demonstrate the utility of JADAS by imaging the epsilon 15 bacteriophage with the JEM3200FSC electron cryo-microscope, showing that sufficient images can be collected in a single 8h session to yield a subnanometer resolution structure which agrees with the previously determined structure. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1557.map.gz | 38.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1557-v30.xml emd-1557.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1557.jpg | 282.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1557 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1557 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1557_validation.pdf.gz | 262.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1557_full_validation.pdf.gz | 261.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1557_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1557 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1557 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the density map of the epsilon-15 bacteriophage reconstructed from JADAS automatically acquired images. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Epsilon-15 bacteriophage
全体 | 名称: Epsilon-15 bacteriophage |
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要素 |
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-超分子 #1000: Epsilon-15 bacteriophage
超分子 | 名称: Epsilon-15 bacteriophage / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample is frozen on carbon support film in vitreous ice. Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 22 MDa / 理論値: 22 MDa |
-超分子 #1: Salmonella phage epsilon15
超分子 | 名称: Salmonella phage epsilon15 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Epsilon-15 bacteriophage 詳細: The sample is frozen on carbon support film in vitreous ice. NCBI-ID: 215158 / 生物種: Salmonella phage epsilon15 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Epsilon-15 bacteriophage |
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宿主 | 生物種: Salmonella (サルモネラ菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
分子量 | 実験値: 22 MDa / 理論値: 22 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid with holy carbon film |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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温度 | 平均: 100 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: JEOL in-column omega filter |
詳細 | Data is automatically collected using JEOL Automated Data Acquisition System (JADAS). Microscope used JEM3200FSC |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 2.62 µm / 実像数: 181 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 56680 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 倍率(公称値): 40000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: JEM3200FSC cryoholder / 試料ホルダーモデル: OTHER |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each CCD image |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Multi-path simulated annealing / 使用した粒子像数: 7543 |