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- EMDB-10322: IC2B cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10322
タイトルIC2B cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi
マップデータPab IC2B map
試料
  • 複合体: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2B state
    • 複合体: Ribosomal proteins + RNAリボソーム
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 28種
    • 複合体: mRNA伝令RNA
      • RNA: x 1種
    • 複合体: tRNAi
      • RNA: x 1種
    • 複合体: Translation initiation factor 1A
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Translation initiation factor 2 subunit gammaInitiation factor
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Translation initiation factor 2 subunit alpha, betaInitiation factor
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 5種
キーワードTranslation initiation / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / ribosome (リボソーム) / tRNA (転移RNA) / evolution (進化) / archaea (古細菌) / rRNA modifications
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / translational initiation / translation initiation factor activity / cytosolic ribosome / ribosome binding ...protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / translational initiation / translation initiation factor activity / cytosolic ribosome / ribosome binding / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Translation initiation factor 2, gamma subunit / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal ...Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27ae / Translation initiation factor 2, gamma subunit / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ribosomal protein S19e, conserved site / S1 domain profile. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal family S4e / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Translation initiation factor 2 subunit beta ...Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Translation initiation factor 2 subunit beta / Translation initiation factor 2 subunit alpha / Translation initiation factor 2 subunit gamma / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Translation initiation factor 1A / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌) / Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) / Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) / Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Coureux P-D / Mechulam Y / Schmitt E
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-17-CE11-0037 フランス
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM study of an archaeal 30S initiation complex gives insights into evolution of translation initiation.
著者: Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Sophie Bourcier / Yves Mechulam / Emmanuelle Schmitt /
要旨: Archaeal translation initiation occurs within a macromolecular complex containing the small ribosomal subunit (30S) bound to mRNA, initiation factors aIF1, aIF1A and the ternary complex aIF2:GDPNP: ...Archaeal translation initiation occurs within a macromolecular complex containing the small ribosomal subunit (30S) bound to mRNA, initiation factors aIF1, aIF1A and the ternary complex aIF2:GDPNP:Met-tRNA. Here, we determine the cryo-EM structure of a 30S:mRNA:aIF1A:aIF2:GTP:Met-tRNA complex from Pyrococcus abyssi at 3.2 Å resolution. It highlights archaeal features in ribosomal proteins and rRNA modifications. We find an aS21 protein, at the location of eS21 in eukaryotic ribosomes. Moreover, we identify an N-terminal extension of archaeal eL41 contacting the P site. We characterize 34 N-acetylcytidines distributed throughout 16S rRNA, likely contributing to hyperthermostability. Without aIF1, the 30S head is stabilized and initiator tRNA is tightly bound to the P site. A network of interactions involving tRNA, mRNA, rRNA modified nucleotides and C-terminal tails of uS9, uS13 and uS19 is observed. Universal features and domain-specific idiosyncrasies of translation initiation are discussed in light of ribosomal structures from representatives of each domain of life.
履歴
登録2019年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6swc
  • 表面レベル: 0.003
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10322.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10322.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pab IC2B map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.003 / ムービー #1: 0.003
最小 - 最大-0.017261138 - 0.065323345
平均 (標準偏差)0.00028385597 (±0.0030340236)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 379.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z348348348
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z379.320379.320379.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS348348348
D min/max/mean-0.0170.0650.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_10322_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Pab IC2B postprocessed map

ファイルemd_10322_additional.map
注釈Pab IC2B postprocessed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Pab IC2B half1 map

ファイルemd_10322_half_map_1.map
注釈Pab IC2B half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Pab IC2B half2 map

ファイルemd_10322_half_map_2.map
注釈Pab IC2B half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2B state

全体名称: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2B state
要素
  • 複合体: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2B state
    • 複合体: Ribosomal proteins + RNAリボソーム
      • RNA: 16S ribosomal rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3Aeリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4eリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6eリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8eリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17eリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19eリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S24eリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27eリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S28eリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27aeリボソーム
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein aL41
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7Aeリボソーム
    • 複合体: mRNA伝令RNA
      • RNA: mRNA伝令RNA
    • 複合体: tRNAi
      • RNA: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
    • 複合体: Translation initiation factor 1A
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor 1A
    • 複合体: Translation initiation factor 2 subunit gammaInitiation factor
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor 2 subunit alphaInitiation factor
    • 複合体: Translation initiation factor 2 subunit alpha, betaInitiation factor
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor 2 subunit gammaInitiation factor
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor 2 subunit betaInitiation factor
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: METHIONINEメチオニン
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2B state

超分子名称: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2B state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
分子量理論値: 1.05 MDa

+
超分子 #2: Ribosomal proteins + RNA

超分子名称: Ribosomal proteins + RNA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#29
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

+
超分子 #3: mRNA

超分子名称: mRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #30
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

+
超分子 #4: tRNAi

超分子名称: tRNAi / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #31
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #5: Translation initiation factor 1A

超分子名称: Translation initiation factor 1A / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #32
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

+
超分子 #6: Translation initiation factor 2 subunit gamma

超分子名称: Translation initiation factor 2 subunit gamma / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #35
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)

+
超分子 #7: Translation initiation factor 2 subunit alpha, beta

超分子名称: Translation initiation factor 2 subunit alpha, beta / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #33-#34
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

+
分子 #1: 16S ribosomal rRNA

分子名称: 16S ribosomal rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 487.700312 KDa
配列文字列: AUUC(4AC)GGUUG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC (4AC)GACUAAGCC AUGCGAGUCA AGGGGGCGUC CC UUCUGGG ACGCCACCGG CGGACGGCUC AGUAACACGU CGGUAACCUA CCCUCGGGAG GGGGAUAACC CCGGGAAACU GGG GCUAAU ...文字列:
AUUC(4AC)GGUUG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC (4AC)GACUAAGCC AUGCGAGUCA AGGGGGCGUC CC UUCUGGG ACGCCACCGG CGGACGGCUC AGUAACACGU CGGUAACCUA CCCUCGGGAG GGGGAUAACC CCGGGAAACU GGG GCUAAU CCCCCAUAGG CCUGGGGUAC UGGAAGGUCC CCAGGCCGAA AGGGAGCCGU AAGGCUCCGC CCGAGGAUGG GCCG GCGGC (LHH)GAUUAGGUA GUUGGUGGGG UAACGGCCCA CCAAGC(4AC)GAA GAUCGGUACG GGC(4AC)GUGAGA GCG GGAGCC (4AC)GGAGAUGGA CACUGAGACA CGGGUCCAGG CCCUACGGGG CGCAGCAGGC GCGA(A2M)ACCUC (4AC)G CAAUGCG GGAAAC(4AC)GCG ACGGGGGGAC CCCCAGUGCC GUGCCUCUGG CACGGCUUUU CCGGAGUGUA AAAAGCUCC GGGAAUAAGG GCUGGGCAAG GC(4AC)GGUGGCA GCCGCCGCGG UAAUACCGGC GGCC(4AC)GAGUG GUGGCCACUA UU AUUGGGC CUAAAGCGGC (4AC)GUAGCCGGG CCCGUAAGUC CCUGGCGAAA UCCCACGGCU CAAC(4AC)GUGGG GCUCG CUGG GGAUACUGCG GGCCUUGGGA C(4AC)GGGAGAGG C(4AC)GGGGGUAC CCC(4AC)GGGGUA GGGGUGAAAU CCUA UAAUC CCGGGGGGAC CGCCAGUGGC GAAGGCGCC(4AC) GGCUGGAACG GGUC(4AC)GACGG UGAGGGC(4AC)GA AGG CCAGGG GAGCGAAC(4AC)G GAUUAGAUAC CCGGGUAGUC CUGGCUGUAA AGGAUGCGGG CUAGGUGUCG GGCGAGCUUC GAGCUCGCC CGGUGC(4AC)GUA GGGAAGC(4AC)GU UAAGCC(4AC)GC(4AC) GCCUGGGGAG UACGGC(4AC)GCA A GGCUGAAA CUUAAAGGAA UUGGCGGGGG AGCACUACAA GGGGUGGAGC GUGCGGUUUA AUUGGAU(B8H)(5MC)A ACGC CGGGA ACCUCAC(4AC)GG GGGCGACGGC AGGAUGAAGG CCAGGCUGAA GGUCUUGCCG GACGCGCCGA GAGGAGGUGC A UGGCCGC(4AC) GUCAGCUCGU AC(4AC)GUGAGGC GUCCACUUAA GUGUGGUAAC GAGCGAGACC CGCGCCCCCA GUUG CCAGU CCCUCCCGCU CGGGAGGGAG GCACUCUGGG GGGACUGCCG GCGAUAAGC(4AC) GGAGGAAGGG GCGGGCGACG G UAGGUCAG UAUGCCC(4AC)GA AACCCC(4AC)GGG CUACA(5MC)GCGC GCUACAAUGG GCGGGACAAU GGGUGC (4AC)GA CCC(4AC)GAAAGG GGGAGGUAAU CCCCUAAACC CGCCCUCAGU UCGGAUCGCG GGCUGCAACU CGCCCGCGU GAAGCUGGAA UCCCUAGUAC CCGCGCGUCA UCAUCGCGCG GCGAAUACGU CCCUGCUCCU UGCACACACC G(OMC)C (5HM)GUCAC UCCACCCGAG CGGGGCCUAG GUGAGGCCCG AUCUCCUUCG GGAGGUCGGG UCGAGCCUAG GCUCCGUGAG GGGGGAGAA GUCG(UR3)A(6MZ)CAA GGUAGC(4AC)GUA GGGG(MA6)(MA6)CCUA CGGCUCGAUC ACCUCCU

+
分子 #30: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 30 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 6.448871 KDa
配列文字列:
UGGAGGUGAU UUAAAUGCCA

+
分子 #31: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)

分子名称: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.504695 KDa
配列文字列:
GCGGGG(4SU)GGA GCAGCCUGG(H2U) AGCUCGUCGG G(OMC)UCAUAACC CGAAGAUCGU CGG(5MU)(PSU)CAAAU CCGGCCCCC GCUACCA

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S3Ae

分子名称: 30S ribosomal protein S3Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 22.888068 KDa
配列文字列: MAAKRRVSAA KDKWKLKQWY VIYAPDFFGG VEVGLTPADD PEKVLNRVVE VTLKDITGDF LKGHVKLYFQ VYDVKGQNAY TKFKGMKLA RSYIRSLVRR RTTRIDGIFN ITTKDGYKLR VMAMVIAARR IQTSQERAIR KIMQEIIYKK AEELNFKDFV L EAVNGKIA ...文字列:
MAAKRRVSAA KDKWKLKQWY VIYAPDFFGG VEVGLTPADD PEKVLNRVVE VTLKDITGDF LKGHVKLYFQ VYDVKGQNAY TKFKGMKLA RSYIRSLVRR RTTRIDGIFN ITTKDGYKLR VMAMVIAARR IQTSQERAIR KIMQEIIYKK AEELNFKDFV L EAVNGKIA AEIAKEAKKI YPLKKAEIRK IKVLGEPEVA A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 23.026865 KDa
配列文字列: MADEYLVPLD QYLAAGVHIG TQQKTKDMKK FIYRVRQDGL YVLDVRKTDE RLKVAGKFLA RFDPQSILAV SVRLYGQKPV KKFGEVTGA RAIPGRFLPG TMTNPAVKNF FEPDVIIITD PRADHQAMKE AIEIGIPIVA LVDTENLLSY VDLAIPTNNK G RKALALIY ...文字列:
MADEYLVPLD QYLAAGVHIG TQQKTKDMKK FIYRVRQDGL YVLDVRKTDE RLKVAGKFLA RFDPQSILAV SVRLYGQKPV KKFGEVTGA RAIPGRFLPG TMTNPAVKNF FEPDVIIITD PRADHQAMKE AIEIGIPIVA LVDTENLLSY VDLAIPTNNK G RKALALIY WILAREILYN RGEISSREEF KIPVEEFEMK IVRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #4: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation

分子名称: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 7.163395 KDa
配列文字列:
MAENVELKFE IPVCTSCGRE ITPREHATHF VCPNCGEAII WRCETCRLLA KPYKCPKCGW EGP

UniProtKB: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 21.38191 KDa
配列文字列:
MGDPKRQRKK YETPPHPWIK ERLDRERVLM DKYELKNKKE LWKHETQLKN FRRRARRLLA ARGKQAEIER EQLLARLKRL GLLPEDAVL DDVLSLTIED ILERRLQTIV YKKGLARTMR QARQLIVHGH IEVNGQIIRS PSYLVLKEEE DTITYARTSP F ANPQHPER MMIEKAKQGG EA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S4e

分子名称: 30S ribosomal protein S4e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 28.246119 KDa
配列文字列: MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IERKAYKWAV RPRPGPHNMR TSIPLLYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK FLVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEEE ANIKPLRIRN KRMVKGAKIQ LNFHDGTNHL IPLSEKDNYF T SYTVLMKV ...文字列:
MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IERKAYKWAV RPRPGPHNMR TSIPLLYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK FLVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEEE ANIKPLRIRN KRMVKGAKIQ LNFHDGTNHL IPLSEKDNYF T SYTVLMKV PEREILEVLP FEKGAYVFVT QGKNVARKGR IVEIKKFPMG WPDVVTIEDE EGELFDTLKE YAFVVGRDKP RI SLP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 26.523904 KDa
配列文字列: MSQEWKEYAK RVLDEWQPKT KLGMLVKEGQ ITDIHEIFRK GYQIKEPEII DVLLPEVNAR ENQEILDIAL TVRMTDSGRR VRFRVLAAV GNRDGYVGLG IGHGREVGIA IRKAINYAKL NIIEIKRGCG SWECRCRRPH SVPFTVEGKE GSVRVKLIPG P RGLGLVIG ...文字列:
MSQEWKEYAK RVLDEWQPKT KLGMLVKEGQ ITDIHEIFRK GYQIKEPEII DVLLPEVNAR ENQEILDIAL TVRMTDSGRR VRFRVLAAV GNRDGYVGLG IGHGREVGIA IRKAINYAKL NIIEIKRGCG SWECRCRRPH SVPFTVEGKE GSVRVKLIPG P RGLGLVIG DVGKKILRLA GIQDVWSQTL GETRTTVNFA KAVFNALYNT NKVVVTPEMI ERYGIVVGRA MPASFTLE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S6e

分子名称: 30S ribosomal protein S6e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 14.029461 KDa
配列文字列:
MATFKLVISD PKTGIAKQIE ITGPEAEKLI GKRIGDQIPV KELGINLNEL FGKEFPEDVK MEIRGGTDKD GFPMRPDIHG PRRVRILLS KGPGFRPKEK GERRKKTVRG NTISPEIVQV NVKLVY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 24.662818 KDa
配列文字列: MAKPLSERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEKRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ...文字列:
MAKPLSERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEKRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ASAKCYRTKM SFAEALAEEI ILAANKDPKS YAYSKKLEIE RIAESSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 14.772246 KDa
配列文字列:
MTLLDPLANA LSHITNSERV GKREVYIKPA SKLIGEVLRV MQKYGYIGEF EFIDDGRAGV YRVQLLGKIN KAGAIKPRFP VKARDYERW EKRFLPAFEF GILIVSTSQG VMSHKEAREK GIGGRLIAYV Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S8e

分子名称: 30S ribosomal protein S8e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 14.293733 KDa
配列文字列:
MAIWQGRSLR KPSGGRIVLA RKKRKRELGR EPSNTRVAEQ DKRKIIRTYG GNKKVRLTAA AYANVFDKSG KGRKVRIIRV IENPANRQF ARRNIITKGA IIETEIGKAK VTSRPGQDGV VNAILLEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 15.293867 KDa
配列文字列:
MRIIQTTGKR KTAIARAVIR EGKGRVRING KPVELVEPEI ARFTILEPLI LAGEEIWNSV DIDVKVQGGG FMGQAEAARI AIARALVEW TGDMNLKEKF IKYDRTMLVG DPRRTEPHKP NRSTKGPRAK RQKSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 11.795769 KDa
配列文字列:
MQKARIKLAS TNVRSLEEVA NQIKQIAERT GVRMSGPIPL PTKRIRIVTR KSPDGEGSAT FDRWELRIHK RLIDIEADER AMRQIMRIR VPEDVTIEIE LIS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 14.77295 KDa
配列文字列:
MSEEQVNIKK KEKWGIAHIY SSYNNTIIHI TDITGAETIS RWSGGMVVKA DRDEPSPYAA MLAARRAAEE ALEKGIVGVH IRVRAPGGS KSKTPGPGAQ AAIRALARAG LKIGRVEDVT PIPHDGTRPK GGRRGRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 16.477621 KDa
配列文字列:
MPGKKAPNGE FAGRKLKLKR KKFRWSDIRY KRRVLRLKEK SDPLEGAPQA RGIVLEKIAV EAKQPNSGMR KAVRVQLIKN GKVVTAFCP GDGAIKFIDE HDEVIIEGIG GPKGGSMGDI PGIRYKVVKV NRVSLKELVK GRKEKPRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 16.992912 KDa
配列文字列:
MADFRHIVRV AGVDLDGNKQ LRWALTAIKG VGINFATMVC RVAGLDPFMK AGYLTDEQVK KIEEILQDPV AHGIPRWAVN RPKDYETGR DLHLITAKLD MAIREDIMRL RRIRAYRGIR HELGLPVRGQ RTRSNFRRGQ TVGVSRKKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 6.644064 KDa
配列文字列:
MAKADYNKRK PRKFGKGARR CIRCGQYGPI IRIHGLMLCR HCFREVAPKL GFRKYE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 18.697143 KDa
配列文字列:
MARMHARKRG KSGSKRPPRT APPIWLEYTV EDIENLVVKL RKEGYSTAMI GTILRDQYGI PTVKLFRDPD NPNRKLTITR ILEKHGLAP EIPEDLMFLI KRAVNLRKHL EQHPKDLHSM RGLQLIESKI RRLVKYYKRK GKLPKDWRYD PEQAKLLVR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 13.364604 KDa
配列文字列:
MVRDIGLRIQ PPAEKCDDPK CPWHGHLKIH GRVFEGIVVS DKPRKTVTVE RQYYHYLKKY ERYELRRSRI HAHNPPCINA KVGDRVLIA ETRPLSKTKH FVVVAVLERA EERR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S17e

分子名称: 30S ribosomal protein S17e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 8.059528 KDa
配列文字列:
MGKIRQGFIK RVARELFNKY PNEFTRDFEH NKKKVEELTN VTSKKIRNRI AGYITKLVRM KEEGKIL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 15.307319 KDa
配列文字列:
MARKEFRYRG YTLEQLMNMS LEELAKLLPA RQRRSLKRGL TPEQKKLLRK IRLAKKGKYN KPIRTHCRDM IVLPEMVGLT IYVHNGKEF VPVEIKPEMI GHYLGEFAPT RKRVQHGAPG IGATRSSMFV AVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S19e

分子名称: 30S ribosomal protein S19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 17.42225 KDa
配列文字列:
MATVYDVPGD LLVERVAQRL KEIPEIKPPE WAPFVKTGRH KERLPEQEDW WYYRVASILR RVYLDGPVGI ERLRTYYGGR KNRGHAPER FYKAGGSIIR KALQQLEAAG FVEKVPGKGR VITPKGRSFL DKIATELKKE LEEIIPELKK Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #23: 30S ribosomal protein S24e

分子名称: 30S ribosomal protein S24e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 11.798637 KDa
配列文字列:
MEIKITEVKE NKLIGRKEIY FEIYHPGEPT PSRKDVKGKL VAMLDLNPET TVIQYIRSYF GSYKSKGYAK YYYDKDRMLY IEPEYILIR DGIIEKKEGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S27e

分子名称: 30S ribosomal protein S27e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 7.186609 KDa
配列文字列:
MALPRNVIPM PRSRFLRVKC IDCGNEQIVF SHPATRVRCN VCGATLVEPT GGKGIIRAKI LEVLE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #25: 30S ribosomal protein S28e

分子名称: 30S ribosomal protein S28e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 8.102305 KDa
配列文字列:
MAEDEGYPAE VIEIIGRTGT TGDVTQVKVR ILEGRDKGRV IRRNVRGPVR VGDILILRET EREAREIKSR R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #26: 30S ribosomal protein S27ae

分子名称: 30S ribosomal protein S27ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 5.992168 KDa
配列文字列:
MGQKWKLYIV KDGKVIRKNK FCPRCGPGVF MADHGDRWAC GRCGYTEWKK K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS31

+
分子 #27: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 23.472309 KDa
配列文字列: MAIERYFIRE AVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE RQFGLENPQI DVQEIKNPY LNAKVQAVRI AQALERGIHF RRAAYAAMRA IMSNGARGVE IRISGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ...文字列:
MAIERYFIRE AVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE RQFGLENPQI DVQEIKNPY LNAKVQAVRI AQALERGIHF RRAAYAAMRA IMSNGARGVE IRISGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ALLKLGVIGV KVAIMPPDAR LPDEIEIIEK PVEEEVSSNE AE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #28: 30S ribosomal protein aL41

分子名称: 30S ribosomal protein aL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 4.910237 KDa
配列文字列:
MKRRPRKWKK KGRMRWKWIK KRIRRLKRQR KKERGL

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L7Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L7Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 13.442678 KDa
配列文字列:
MAKPSYVKFE VPKELAEKAL QAVEIARDTG KIRKGTNETT KAVERGQAKL VIIAEDVDPE EIVAHLPPLC EEKEIPYIYV PSKKELGAA AGIEVAAASV AIIEPGKARD LVEEIAMKVR ELMK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #32: Translation initiation factor 1A

分子名称: Translation initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 13.078265 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPKKERKVEG DEVIRVPLPE GNQLFGVVEQ ALGAGWMDVR CEDGKIRRCR IPGKLRRRVW IRVGDLVIVQ PWPVQSDKRG DIVYRYTQT QVDWLLRKGK ITQEFLTGGS LLVE

UniProtKB: Translation initiation factor 1A

+
分子 #33: Translation initiation factor 2 subunit gamma

分子名称: Translation initiation factor 2 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33
詳細: Model from high resolution structures of aIF2 gamma of Saccharolobus solfataricus
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 45.84923 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAWPKVQPEV NIGVVGHVDH GKTTLVQAIT GIWTSKHSEE LKRGMTIKLG YAETNIGVCE SCKKPEAYVT EPSCKSCGSD DEPKFLRRI SFIDAPGHEV LMATMLSGAA LMDGAILVVA ANEPFPQPQT REHFVALGII GVKNLIIVQN KVDVVSKEEA L SQYRQIKQ ...文字列:
MAWPKVQPEV NIGVVGHVDH GKTTLVQAIT GIWTSKHSEE LKRGMTIKLG YAETNIGVCE SCKKPEAYVT EPSCKSCGSD DEPKFLRRI SFIDAPGHEV LMATMLSGAA LMDGAILVVA ANEPFPQPQT REHFVALGII GVKNLIIVQN KVDVVSKEEA L SQYRQIKQ FTKGTWAENV PIIPVSALHK INIDSLIEGI EEYIKTPYRD LSQKPVMLVI RSFDVNKPGT QFNELKGGVI GG SIIQGLF KVDQEIKVLP GLRVEKQGKV SYEPIFTKIS SIRFGDEEFK EAKPGGLVAI GTYLDPSLTK ADNLLGSIIT LAD AEVPVL WNIRIKYNLL ERVVGAKEML KVDPIRAKET LMLSVGSSTT LGIVTSVKKD EIEVELRRPV AVWSNNIRTV ISRQ IAGRW RMIGWGLVEI

+
分子 #34: Translation initiation factor 2 subunit beta

分子名称: Translation initiation factor 2 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34
詳細: Model from high resolution structures of aIF2 beta of Saccharolobus solfataricus
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 15.94274 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSSEKEYVEM LDRLYSKLPE KGRKEGTQSL PNMIILNIGN TTIIRNFAEY CDRIRREDKI CMKYLLKELA APGNVDDKGE LVIQGKFSS QVINTLMERF LKAYVECSTC KSLDTILKKE KKSWYIVCLA CGAQTPVKPL

+
分子 #35: Translation initiation factor 2 subunit alpha

分子名称: Translation initiation factor 2 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35
詳細: Model from high resolution structures of aIF2 alpha of Saccharolobus solfataricus
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
分子量理論値: 30.432355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIYSRSKLPS EGEILIATVK QVFDYGSYVS LDEYGGLQAF LPWSEVSSKW VKNIRDVLKE NRKVIVKVIR VDRRKGTVDV SLKKVTDDE RRKKNLQWKK IQRLDKILEL VSQKLKLSEK DAWEQVAWKL EAKYGDPITA IEKAVKEGEK ILIDAGVPEI W VKPLLEEA ...文字列:
MIYSRSKLPS EGEILIATVK QVFDYGSYVS LDEYGGLQAF LPWSEVSSKW VKNIRDVLKE NRKVIVKVIR VDRRKGTVDV SLKKVTDDE RRKKNLQWKK IQRLDKILEL VSQKLKLSEK DAWEQVAWKL EAKYGDPITA IEKAVKEGEK ILIDAGVPEI W VKPLLEEA SKHAEERKVK MSGLITVRTN EPLGVEKIKE VISKALENIE QDYESLLNIK IYTIGAPRYR VDVVGTNPKE AS EALNQII SNLIKIGKEE NVDISVVKK

UniProtKB: Translation initiation factor 2 subunit alpha

+
分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 34 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #38: METHIONINE

分子名称: METHIONINE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: MET
分子量理論値: 149.211 Da
Chemical component information

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン / メチオニン

+
分子 #39: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM / 5'-Guanylyl imidodiphosphate

+
分子 #40: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 42 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142000
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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