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万見
- SASDBQ4: Neisseria meningitidis iron-regulated FrpD-FrpC lipoprotein/prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBQ4
試料Neisseria meningitidis iron-regulated FrpD-FrpC lipoprotein/protein complex
  • Iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD (protein), FrpD, Neisseria meningitidis
  • Iron-regulated protein FrpC (protein), FrpC, Neisseria meningitidis
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
RTX iron-regulated FrpC / RTX iron-regulated protein FrpC / RTX toxin determinant A / Haemolysin-type calcium binding-related / Haemolysin-type calcium binding protein related domain / : / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) ...RTX iron-regulated FrpC / RTX iron-regulated protein FrpC / RTX toxin determinant A / Haemolysin-type calcium binding-related / Haemolysin-type calcium binding protein related domain / : / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RTX iron-regulated protein (frpC) / Iron-regulated protein FrpC
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
引用日付: 2017 Jan 13
タイトル: Structural basis of the interaction between the putative adhesion-involved and iron-regulated FrpD and FrpC proteins of Neisseria meningitidis
著者: Sviridova E / Rezacova P / Bondar A / Veverka V / Novak P / Schenk G / Svergun D / Kuta Smatanova I
登録者
  • Gundolf Schenk (Stanford University, Stanford, California, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #523
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 3.00 A / カイ2乗値: 1.317904 / P-value: 0.029000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Neisseria meningitidis iron-regulated FrpD-FrpC lipoprotein/protein complex
試料濃度: 0.75-4.90 / Entity id: 337 / 338
バッファ名称: Tris-HCl / 濃度: 50 mg/ml / pH: 7.4 / 組成: 150 mM NaCl, 0.01% NaN3
要素 #337名称: FrpD / タイプ: protein / 記述: Iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD / 分子量: 26.756 / 分子数: 1 / 由来: Neisseria meningitidis / 参照: UniProt: Q08840
配列: keqtsfnnpe pmtgfehtvt fdfqgtkmvi pygylarytq dnatkwlsdt pgqdaysinl ieisvyykkt dqgwvlepyn qqnkahfiqf lrdgldsvdd ivirkdacsl sttmgerllt ygvkkmpsay peyeayedkr hipenpyfhe fyyikkgenp aiithrnnri ...配列:
keqtsfnnpe pmtgfehtvt fdfqgtkmvi pygylarytq dnatkwlsdt pgqdaysinl ieisvyykkt dqgwvlepyn qqnkahfiqf lrdgldsvdd ivirkdacsl sttmgerllt ygvkkmpsay peyeayedkr hipenpyfhe fyyikkgenp aiithrnnri nqteedsyst svgscingft vqyypfirek qqltqqelvg yhqqveqlvq sfvnnsnkk
要素 #338名称: FrpC / タイプ: protein / 記述: Iron-regulated protein FrpC / 分子量: 46.402 / 分子数: 1 / 由来: Neisseria meningitidis / 参照: UniProt: Q9JYV5
配列: mnegevvltp eqiqtlrgya srgdtyggwr ylanlgdrya ddaaaivgkd anlnglnlwm kkgvenlwdd tvgkktrlek fdrvalqhfr qyarlinqnn grlpntseie rsyykavtdn gvsssaaidl vinrslpdma dgywalglgi eaerihneqa vnnpngserd ...配列:
mnegevvltp eqiqtlrgya srgdtyggwr ylanlgdrya ddaaaivgkd anlnglnlwm kkgvenlwdd tvgkktrlek fdrvalqhfr qyarlinqnn grlpntseie rsyykavtdn gvsssaaidl vinrslpdma dgywalglgi eaerihneqa vnnpngserd nrkqlisald kgfdgsfkek hftflqsvmm dvtklgveyt idgwqkiggw gngiindlyk svvkrewtgi feivnnnikq gneafknein slvhdmkaag kefgddlntq wnnltqaaei iyndivdnts qgiekgvkai kelsekmkna asdladgsae kakqvvedla qaakeayena kstaekaaqa areffkglps fkdlaekfrd lfpnpegwid dghqclapwv ketkkrngky hvyd

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: FrpD-FrpC complex from Neisseria meningitidis / 測定日: 2011年10月19日 / 保管温度: 10 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0855 6.032
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 499 /
MinMax
Q0.18 2.911
P(R) point35 533
R0 13.49
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量40 kDa74 kDa
体積-123 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I050.7 0.15 50.3 0.4
慣性半径, Rg 3.86 nm0.01 3.72 nm0.4

MinMax
D-13.5
Guinier point35 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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