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万見
- SASDB74: CyaA Block I-V (Adenylate cyclase toxin Block I-V) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB74
試料CyaA Block I-V
  • Adenylate cyclase toxin Block I-V (protein), CyaA Block I-V, Bordetella pertussis
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / hemolysis in another organism / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / channel activity / toxin activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / calmodulin binding / calcium ion binding ...calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / hemolysis in another organism / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / channel activity / toxin activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / calmodulin binding / calcium ion binding / host cell plasma membrane / extracellular region / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RTX, pore-forming domain / N-terminal domain in RTX protein / Haemolysin-type calcium binding-related / Haemolysin-type calcium binding protein related domain / RTX toxin determinant A / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Hemolysin-type calcium-binding conserved site ...RTX, pore-forming domain / N-terminal domain in RTX protein / Haemolysin-type calcium binding-related / Haemolysin-type calcium binding protein related domain / RTX toxin determinant A / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional hemolysin/adenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2016
タイトル: Calcium-Driven Folding of RTX Domain β-Rolls Ratchets Translocation of RTX Proteins through Type I Secretion Ducts.
著者: Ladislav Bumba / Jiri Masin / Pavel Macek / Tomas Wald / Lucia Motlova / Ilona Bibova / Nela Klimova / Lucie Bednarova / Vaclav Veverka / Michael Kachala / Dmitri I Svergun / Cyril Barinka / Peter Sebo /
要旨: Calcium-binding RTX proteins are equipped with C-terminal secretion signals and translocate from the Ca(2+)-depleted cytosol of Gram-negative bacteria directly into the Ca(2+)-rich external milieu, ...Calcium-binding RTX proteins are equipped with C-terminal secretion signals and translocate from the Ca(2+)-depleted cytosol of Gram-negative bacteria directly into the Ca(2+)-rich external milieu, passing through the "channel-tunnel" ducts of type I secretion systems (T1SSs). Using Bordetella pertussis adenylate cyclase toxin, we solved the structure of an essential C-terminal assembly that caps the RTX domains of RTX family leukotoxins. This is shown to scaffold directional Ca(2+)-dependent folding of the carboxy-proximal RTX repeat blocks into β-rolls. The resulting intramolecular Brownian ratchets then prevent backsliding of translocating RTX proteins in the T1SS conduits and thereby accelerate excretion of very large RTX leukotoxins from bacterial cells by a vectorial "push-ratchet" mechanism. Successive Ca(2+)-dependent and cosecretional acquisition of a functional RTX toxin structure in the course of T1SS-mediated translocation, through RTX domain folding from the C-terminal cap toward the N terminus, sets a paradigm that opens for design of virulence inhibitors of major pathogens.
登録者
  • Michael Kachala (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #484
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIF / ダミー原子の半径: 4.75 A / カイ2乗値: 0.839056
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: CyaA Block I-V / 試料濃度: 1.10-4.40
バッファ名称: Tris HCl / 濃度: 10.00 mM / pH: 8 / 組成: 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2
要素 #316名称: CyaA Block I-V / タイプ: protein / 記述: Adenylate cyclase toxin Block I-V / 分子量: 70 / 分子数: 1 / 由来: Bordetella pertussis / 参照: UniProt: P0DKX7
配列: EGDIHMSPIL GYWKIKGLVQ PTRLLLEYLE EKYEEHLYER DEGDKWRNKK FELGLEFPNL PYYIDGDVKL TQSMAIIRYI ADKHNMLGGC PKERAEISML EGAVLDIRYG VSRIAYSKDF ETLKVDFLSK LPEMLKMFED RLCHKTYLNG DHVTHPDFML YDALDVVLYM ...配列:
EGDIHMSPIL GYWKIKGLVQ PTRLLLEYLE EKYEEHLYER DEGDKWRNKK FELGLEFPNL PYYIDGDVKL TQSMAIIRYI ADKHNMLGGC PKERAEISML EGAVLDIRYG VSRIAYSKDF ETLKVDFLSK LPEMLKMFED RLCHKTYLNG DHVTHPDFML YDALDVVLYM DPMCLDAFPK LVCFKKRIEA IPQIDKYLKS SKYIAWPLQG WQATFGGGDH PPKSDGSTSG SGHHHHHHSA GLVPRGSTAI GMKETAAAKF ERQHMDSPDL GTGGGSGIEG Renlyfqgle hvqhiiggag ndsitgnahd nflaggsgdd rldggagndt lvggegqntv iggagddvfl qdlgvwsnql dggagvdtvk ynvhqpseer lermgdtgih adlqkgtvek wpalnlfsvd hvknienlhg srlndriagd dqdnelwghd gndtirgrgg ddilrgglgl dtlygedgnd iflqddetvs ddidggagld tvdysamihp grivapheyg fgieadlsre wvrkasalgv dyydnvrnve nvigtsmkdv ligdaqantl mgqggddtvr ggdgddllfg gdgndmlygd agndtlyggl gddtleggag ndwfgqtqar ehdvlrggdg vdtvdysqtg ahagiaagri glgiladlga grvdklgeag ssaydtvsgi envvgtelad ritgdaqanv lrgaggadvl aggegddvll ggdgddqlsg dagrdrlyge agddwffqda anagnlldgg dgrdtvdfsg pgrgldagak gvflslgkgf aslmdepets nvlrnienav gsarddvlig daganvlngl agndvlsgga gddvllgdeg sdllsgdagn ddlfggqgdd tylfgvgygh dtiyesgggh dtirinagad qlwfarqgnd leirilgtdd altvhdwyrd adhrveiiha anqavdqagi eklveamaqy pdp

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: CyaA Block I-V / 測定日: 2013年10月31日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0291 4.4884
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 503 /
MinMax
Q0.1002 1.422
P(R) point28 530
R0 17.15
結果
D max: 17.15 / カーブのタイプ: extrapolated / Standard: BSA
実験値StandardPorod
分子量91 kDa91 kDa162 kDa
体積--275 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I017070 17551
慣性半径, Rg 5.49 nm5.55 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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