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万見
- SASDBZ3: Aureochrome 1a bZIP-LOV module: PtAUREO1a bZIP-LOV (Light oxygen ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBZ3
試料Aureochrome 1a bZIP-LOV module: PtAUREO1a bZIP-LOV (Light oxygen voltage)/DNA complex (light state)
  • Aureobox dsDNA (DNA), synthetic construct
  • Aureochrome 1a bZIP-LOV module (protein), PtAUREO1a bZIP-LOV, Phaeodactylum tricornutum
生物種synthetic construct (人工物)
Phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2016
タイトル: Allosteric communication between DNA-binding and light-responsive domains of diatom class I aureochromes.
著者: Ankan Banerjee / Elena Herman / Manuel Serif / Manuel Maestre-Reyna / Sebastian Hepp / Richard Pokorny / Peter G Kroth / Lars-Oliver Essen / Tilman Kottke /
要旨: The modular architecture of aureochrome blue light receptors, found in several algal groups including diatoms, is unique by having the LOV-type photoreceptor domain fused to the C-terminus of its ...The modular architecture of aureochrome blue light receptors, found in several algal groups including diatoms, is unique by having the LOV-type photoreceptor domain fused to the C-terminus of its putative effector, an N-terminal DNA-binding bZIP module. The structural and functional understanding of aureochromes' light-dependent signaling mechanism is limited, despite their promise as an optogenetic tool. We show that class I aureochromes 1a and 1c from the diatom Phaeodactylum tricornutum are regulated in a light-independent circadian rhythm. These aureochromes are capable to form functional homo- and heterodimers, which recognize the ACGT core sequence within the canonical 'aureo box', TGACGT, in a light-independent manner. The bZIP domain holds a more folded and less flexible but extended conformation in the duplex DNA-bound state. FT-IR spectroscopy in the absence and the presence of DNA shows light-dependent helix unfolding in the LOV domain, which leads to conformational changes in the bZIP region. The solution structure of DNA bound to aureochrome points to a tilted orientation that was further validated by molecular dynamics simulations. We propose that aureochrome signaling relies on an allosteric pathway from LOV to bZIP that results in conformational changes near the bZIP-DNA interface without major effects on the binding affinity.
登録者
  • Lars-Oliver Essen (Philipps-Universität Marburg)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #460
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMFILT / ダミー原子の半径: 3.50 A / コメント: Averaged and filtered/volume corrected model / カイ2乗値: 0.755 / P-value: 0.140700
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Aureochrome 1a bZIP-LOV module: PtAUREO1a bZIP-LOV (Light oxygen voltage)/DNA complex (light state)
試料濃度: 1.25 mg/ml / Entity id: 311 / 312
バッファ名称: Tris / 濃度: 50.00 mM / pH: 8 / 組成: 50 mM boric acid, 1 mM EDTA
要素 #311タイプ: DNA / 記述: Aureobox dsDNA / 分子量: 12.993 / 分子数: 1 / 由来: synthetic construct
配列:
GAATTGTTGA CGTGGAGTTG CGCAACTCCA CGTCAACAAT TC
要素 #312名称: PtAUREO1a bZIP-LOV / タイプ: protein / 記述: Aureochrome 1a bZIP-LOV module / 分子量: 28.655 / 分子数: 2 / 由来: Phaeodactylum tricornutum
配列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MDRKMSEQQK VERRERNREH AKRSRIRKKF LLESLQQSVS LLKEENEKLK TSIRSHLGEE KADTLIDSAN NNKTDVDGLL ASSQGIANKV LDDPDFSFIK ALQTAQQNFV VTDPSLPDNP IVYASQGFLN LTGYSLDQIL GRNCRFLQGP ...配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MDRKMSEQQK VERRERNREH AKRSRIRKKF LLESLQQSVS LLKEENEKLK TSIRSHLGEE KADTLIDSAN NNKTDVDGLL ASSQGIANKV LDDPDFSFIK ALQTAQQNFV VTDPSLPDNP IVYASQGFLN LTGYSLDQIL GRNCRFLQGP ETDPKAVERI RKAIEQGNDM SVCLLNYRVD GTTFWNQFFI AALRDAGGNV TNFVGVQCKV SDQYAATVTK QQEEEEEAAA NDDED

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.93 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.43 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Aureochrome 1a bZIP-LOV module/DNA complex / 測定日: 2014年11月6日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 20 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0364 4.9745
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 298 /
MinMax
Q0.164334 1.57184
P(R) point1 298
R0 16.71
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量62 kDa-
体積-97.05 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I063.87 61.76
慣性半径, Rg 4.876 nm4.48 nm

MinMax
D-16.71
Guinier point30 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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