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万見
- SASDBR2: Contactin-associated protein-like 2 (Caspr2) extracellular domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBR2
試料Contactin-associated protein-like 2 (Caspr2) extracellular domains 1-1261.
  • Contactin-associated protein-like 2 extracellular domains (1-1261) (protein), Caspr2, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


limbic system development / clustering of voltage-gated potassium channels / neuron recognition / vocal learning / protein localization to juxtaparanode region of axon / paranodal junction / superior temporal gyrus development / thalamus development / vocalization behavior / paranode region of axon ...limbic system development / clustering of voltage-gated potassium channels / neuron recognition / vocal learning / protein localization to juxtaparanode region of axon / paranodal junction / superior temporal gyrus development / thalamus development / vocalization behavior / paranode region of axon / striatum development / juxtaparanode region of axon / adult behavior / transmission of nerve impulse / social behavior / positive regulation of gap junction assembly / axolemma / prepulse inhibition / voltage-gated potassium channel complex / neuron projection morphogenesis / learning / synaptic membrane / brain development / cerebral cortex development / neuron projection development / protease binding / perikaryon / transmembrane transporter binding / cell population proliferation / early endosome / cell adhesion / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. ...Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Contactin-associated protein-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: Structural Characterization of the Extracellular Domain of CASPR2 and Insights into Its Association with the Novel Ligand Contactin1.
著者: Eva N Rubio-Marrero / Gabriele Vincelli / Cy M Jeffries / Tanvir R Shaikh / Irene S Pakos / Fanomezana M Ranaivoson / Sventja von Daake / Borries Demeler / Antonella De Jaco / Guy Perkins / ...著者: Eva N Rubio-Marrero / Gabriele Vincelli / Cy M Jeffries / Tanvir R Shaikh / Irene S Pakos / Fanomezana M Ranaivoson / Sventja von Daake / Borries Demeler / Antonella De Jaco / Guy Perkins / Mark H Ellisman / Jill Trewhella / Davide Comoletti /
要旨: Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) encodes for CASPR2, a multidomain single transmembrane protein belonging to the neurexin superfamily that has been implicated in a broad range of human ...Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) encodes for CASPR2, a multidomain single transmembrane protein belonging to the neurexin superfamily that has been implicated in a broad range of human phenotypes including autism and language impairment. Using a combination of biophysical techniques, including small angle x-ray scattering, single particle electron microscopy, analytical ultracentrifugation, and bio-layer interferometry, we present novel structural and functional data that relate the architecture of the extracellular domain of CASPR2 to a previously unknown ligand, Contactin1 (CNTN1). Structurally, CASPR2 is highly glycosylated and has an overall compact architecture. Functionally, we show that CASPR2 associates with micromolar affinity with CNTN1 but, under the same conditions, it does not interact with any of the other members of the contactin family. Moreover, by using dissociated hippocampal neurons we show that microbeads loaded with CASPR2, but not with a deletion mutant, co-localize with transfected CNTN1, suggesting that CNTN1 is an endogenous ligand for CASPR2. These data provide novel insights into the structure and function of CASPR2, suggesting a complex role of CASPR2 in the nervous system.
登録者
  • Davide Comoletti (Department of Neuroscience and Cell Biology, Rutgers University., New Brunswick, NJ, United States)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #413
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 3.70 A / カイ2乗値: 0.594441 / P-value: 0.080000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #414
タイプ: atomic / ソフトウェア: CRYSOL / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.867 / P-value: 0.030000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #415
タイプ: atomic / ソフトウェア: CORAL / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.7056 / P-value: 0.008000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Contactin-associated protein-like 2 (Caspr2) extracellular domains 1-1261.
試料濃度: 1.00-9.57
バッファ名称: HEPES / 濃度: 10.00 mM / pH: 7.4 / 組成: 150 mM NaCl
要素 #272名称: Caspr2 / タイプ: protein
記述: Contactin-associated protein-like 2 extracellular domains (1-1261)
分子量: 140.4 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9UHC6
配列: MQAAPRAGCG AALLLWIVSS CLCRAWTAPS TSQKCDEPLV SGLPHVAFSS SSSISGSYSP GYAKINKRGG AGGWSPSDSD HYQWLQVDFG NRKQISAIAT QGRYSSSDWV TQYRMLYSDT GRNWKPYHQD GNIWAFPGNI NSDGVVRHEL QHPIIARYVR IVPLDWNGEG ...配列:
MQAAPRAGCG AALLLWIVSS CLCRAWTAPS TSQKCDEPLV SGLPHVAFSS SSSISGSYSP GYAKINKRGG AGGWSPSDSD HYQWLQVDFG NRKQISAIAT QGRYSSSDWV TQYRMLYSDT GRNWKPYHQD GNIWAFPGNI NSDGVVRHEL QHPIIARYVR IVPLDWNGEG RIGLRIEVYG CSYWADVINF DGHVVLPYRF RNKKMKTLKD VIALNFKTSE SEGVILHGEG QQGDYITLEL KKAKLVLSLN LGSNQLGPIY GHTSVMTGSL LDDHHWHSVV IERQGRSINL TLDRSMQHFR TNGEFDYLDL DYEITFGGIP FSGKPSSSSR KNFKGCMESI NYNGVNITDL ARRKKLEPSN VGNLSFSCVE PYTVPVFFNA TSYLEVPGRL NQDLFSVSFQ FRTWNPNGLL VFSHFADNLG NVEIDLTESK VGVHINITQT KMSQIDISSG SGLNDGQWHE VRFLAKENFA ILTIDGDEAS AVRTNSPLQV KTGEKYFFGG FLNQMNNSSH SVLQPSFQGC MQLIQVDDQL VNLYEVAQRK PGSFANVSID MCAIIDRCVP NHCEHGGKCS QTWDSFKCTC DETGYSGATC HNSIYEPSCE AYKHLGQTSN YYWIDPDGSG PLGPLKVYCN MTEDKVWTIV SHDLQMQTPV VGYNPEKYSV TQLVYSASMD QISAITDSAE YCEQYVSYFC KMSRLLNTPD GSPYTWWVGK ANEKHYYWGG SGPGIQKCAC GIERNCTDPK YYCNCDADYK QWRKDAGFLS YKDHLPVSQV VVGDTDRQGS EAKLSVGPLR CQGDRNYWNA ASFPNPSSYL HFSTFQGETS ADISFYFKTL TPWGVFLENM GKEDFIKLEL KSATEVSFSF DVGNGPVEIV VRSPTPLNDD QWHRVTAERN VKQASLQVDR LPQQIRKAPT EGHTRLELYS QLFVGGAGGQ QGFLGCIRSL RMNGVTLDLE ERAKVTSGFI SGCSGHCTSY GTNCENGGKC LERYHGYSCD CSNTAYDGTF CNKDVGAFFE EGMWLRYNFQ APATNARDSS SRVDNAPDQQ NSHPDLAQEE IRFSFSTTKA PCILLYISSF TTDFLAVLVK PTGSLQIRYN LGGTREPYNI DVDHRNMANG QPHSVNITRH EKTIFLKLDH YPSVSYHLPS SSDTLFNSPK SLFLGKVIET GKIDQEIHKY NTPGFTGCLS RVQFNQIAPL KAALRQTNAS AHVHIQGELV ESNCGASPLT LSPMSSATDP WHLDHLDSAS ADFPYNPGQG QAIRNGVNRN S

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実験情報

ビーム設備名称: Anton Paar SAXSess / 地域: Salt Lake City, University of Utah / 国: USA / 形状: Line collimation / 線源: X-ray in house / 波長: 0.1542 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 264.5 mm
検出器名称: 2D position-sensitive image plates / Pixsize x: 42.3 mm
スキャン
タイトル: Caspr2: Contactin-associated protein-like 2 / 測定日: 2010年10月4日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1800 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.12 3.008
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 349 /
MinMax
Q0.01297 0.3514
P(R) point1 349
R0 145
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量160 kDa-
体積-282 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I01.004 0.004 0.984 0.004
慣性半径, Rg 4.62 nm0.18 4.43 nm0.03

MinMax
D-14.5
Guinier point1 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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