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万見
- SASDAV3: Geminin:Cdt1 2:1 heterotrimer (Geminin + DNA replication factor C... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAV3
試料Geminin:Cdt1 2:1 heterotrimer
  • Geminin (protein), Homo sapiens
  • DNA replication factor Cdt1 (protein), Cdt1, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of DNA-templated DNA replication / Switching of origins to a post-replicative state / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of DNA-templated DNA replication / Switching of origins to a post-replicative state / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G1/S-Specific Transcription / negative regulation of DNA replication / regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / Activation of the pre-replicative complex / DNA polymerase binding / regulation of mitotic cell cycle / transcription repressor complex / positive regulation of DNA replication / Assembly of the pre-replicative complex / animal organ morphogenesis / kinetochore / histone deacetylase binding / Orc1 removal from chromatin / transcription corepressor activity / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CDT1 Geminin-binding domain-like / Geminin/Multicilin / DNA replication factor Cdt1 / Geminin / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Geminin / DNA replication factor Cdt1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2009
タイトル: Quaternary structure of the human Cdt1-Geminin complex regulates DNA replication licensing.
著者: V De Marco / P J Gillespie / A Li / N Karantzelis / E Christodoulou / R Klompmaker / S van Gerwen / A Fish / M V Petoukhov / M S Iliou / Z Lygerou / R H Medema / J J Blow / D I Svergun / S ...著者: V De Marco / P J Gillespie / A Li / N Karantzelis / E Christodoulou / R Klompmaker / S van Gerwen / A Fish / M V Petoukhov / M S Iliou / Z Lygerou / R H Medema / J J Blow / D I Svergun / S Taraviras / A Perrakis /
要旨: All organisms need to ensure that no DNA segments are rereplicated in a single cell cycle. Eukaryotes achieve this through a process called origin licensing, which involves tight spatiotemporal ...All organisms need to ensure that no DNA segments are rereplicated in a single cell cycle. Eukaryotes achieve this through a process called origin licensing, which involves tight spatiotemporal control of the assembly of prereplicative complexes (pre-RCs) onto chromatin. Cdt1 is a key component and crucial regulator of pre-RC assembly. In higher eukaryotes, timely inhibition of Cdt1 by Geminin is essential to prevent DNA rereplication. Here, we address the mechanism of DNA licensing inhibition by Geminin, by combining X-ray crystallography, small-angle X-ray scattering, and functional studies in Xenopus and mammalian cells. Our findings show that the Cdt1:Geminin complex can exist in two distinct forms, a "permissive" heterotrimer and an "inhibitory" heterohexamer. Specific Cdt1 residues, buried in the heterohexamer, are important for licensing. We postulate that the transition between the heterotrimer and the heterohexamer represents a molecular switch between licensing-competent and licensing-defective states.
登録者
  • Maxim Petoukhov (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #40
タイプ: atomic / ソフトウェア: Crysol / カイ2乗値: 3.748096
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試料

試料名称: Geminin:Cdt1 2:1 heterotrimer / Sample MW: 107.53 kDa / Entity id: 38 / 39
バッファ名称: Tris75 / 濃度: 25.00 mM / pH: 7.5 / 組成: NaCl 200.000 mM
要素 #38タイプ: protein / 記述: Geminin / 分子量: 23.57 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O75496
配列: MNPSMKQKQE EIKENIKNSS VPRRTLKMIQ PSASGSLVGR ENELSAGLSK RKHRNDHLTS TTSSPGVIVP ESSENKNLGG VTQESFDLMI KENPSSQYWK EVAEKRRKAL YEALKENEKL HKEIEQKDNE IARLKKENKE LAEVAEHVQY MAELIERLNG EPLDNFESLD ...配列:
MNPSMKQKQE EIKENIKNSS VPRRTLKMIQ PSASGSLVGR ENELSAGLSK RKHRNDHLTS TTSSPGVIVP ESSENKNLGG VTQESFDLMI KENPSSQYWK EVAEKRRKAL YEALKENEKL HKEIEQKDNE IARLKKENKE LAEVAEHVQY MAELIERLNG EPLDNFESLD NQEFDSEEET VEDSLVEDSE IGTCAEGTVS SSTDAKPCI
要素 #39名称: Cdt1 / タイプ: protein / 記述: DNA replication factor Cdt1 / 分子量: 60.39 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9H211
配列: MEQRRVTDFF ARRRPGPPRI APPKLACRTP SPARPALRAP ASATSGSRKR ARPPAAPGRD QARPPARRRL RLSVDEVSSP STPEAPDIPA CPSPGQKIKK STPAAGQPPH LTSAQDQDTI SELASCLQRA RELGARVRAL KASAQDAGES CTPEAEGRPE EPCGEKAPAY ...配列:
MEQRRVTDFF ARRRPGPPRI APPKLACRTP SPARPALRAP ASATSGSRKR ARPPAAPGRD QARPPARRRL RLSVDEVSSP STPEAPDIPA CPSPGQKIKK STPAAGQPPH LTSAQDQDTI SELASCLQRA RELGARVRAL KASAQDAGES CTPEAEGRPE EPCGEKAPAY QRFHALAQPG LPGLVLPYKY QVLAEMFRSM DTIVGMLHNR SETPTFAKVQ RGVQDMMRRR FEECNVGQIK TVYPASYRFR QERSVPTFKD GTRRSDYQLT IEPLLEQEAD GAAPQLTASR LLQRRQIFSQ KLVEHVKEHH KAFLASLSPA MVVPEDQLTR WHPRFNVDEV PDIEPAALPQ PPATEKLTTA QEVLARARNL ISPRMEKALS QLALRSAAPS SPGSPRPALP ATPPATPPAA SPSALKGVSQ DLLERIRAKE AQKQLAQMTR CPEQEQRLQR LERLPELARV LRSVFVSERK PALSMEVACA RMVGSCCTIM SPGEMEKHLL LLSELLPDWL SLHRIRTDTY VKLDKAADLA HITARLAHQT RAEEGL

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 345 Image Plate
スキャン
タイトル: Cdt1:Geminin heterotrimer / 測定日: 2006年8月13日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1644 5.012
結果I0 from Guinier: 150.448 / Rg from Guinier: 2.9 nm / D max: 10 / カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量37 kDa-
体積-70 nm3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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