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万見
- SASDAF7: Metal-bound hETHE1 (Persulfide dioxygenase ETHE1, mitochondrial, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAF7
試料Metal-bound hETHE1
  • Persulfide dioxygenase ETHE1, mitochondrial (protein), hETHE1, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


persulfide dioxygenase / hydrogen sulfide metabolic process / sulfur dioxygenase activity / Sulfide oxidation to sulfate / glutathione metabolic process / mitochondrial matrix / iron ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Persulfide dioxygenase ETHE1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Al Kikhney
  • Marco Salomone-Stagni

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #278
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN (5.3) / ダミー原子の半径: 1.80 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 1.308
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #287
タイプ: atomic / ソフトウェア: CRYSOL (2.8.3) / カイ2乗値: 1.352
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Metal-bound hETHE1 / 試料濃度: 2.00-5.00
バッファ名称: Tris / 濃度: 50.00 mM / pH: 8
コメント: TCEP does not reduce metals in solution, but prevents aggregation and precipitation of the protein
組成: 150 mM NaCl 2 mM TCEP
要素 #157名称: hETHE1 / タイプ: protein / 記述: Persulfide dioxygenase ETHE1, mitochondrial / 分子量: 27.873 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O95571

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Metal-bound hETHE1 / 測定日: 2007年10月21日 / セル温度: 9 °C / 照射時間: 30 sec. / フレーム数: 4 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0835 4.981
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1369 /
MinMax
Q0.155228 3.3215
P(R) point1 1369
R0 7.5
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: Metal-bound hETHE1 was shown by SAXS to be a globular protein compatible with a dimeric hETHE1 in solution. The calculated scattering pattern from a high resolution model of dimeric ...コメント: Metal-bound hETHE1 was shown by SAXS to be a globular protein compatible with a dimeric hETHE1 in solution. The calculated scattering pattern from a high resolution model of dimeric ETHE1 is in a very good agreement (χ2 value of 1.5) with the experimental data from hETHE1. The low resolution shape of metal-bound hETHE1 was reconstructed ab initio using DAMMIN with P2 symmetry imposed. The ab initio model fits the experimental data with a discrepancy χ2 = 1.3 and is in a good agreement with the high resolution ETHE1 structure.
実験値Experimental errorPorodPorod errorEstimatedEstimated method
分子量42 kDa4 42 kDa4 --
体積--70 nm37 78.87 DAMMIN

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I098.52 0.1952 99.96 0.29
慣性半径, Rg 2.408 nm0.004 2.47 nm0.24

MinMaxError
D-7.5 1
Guinier point32 293 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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