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- SASDFD3: Filamin A Ig-like domains 4-6 (FLNa4-6) (Filamin A Ig-like domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFD3
試料Filamin A Ig-like domains 4-6 (FLNa4-6)
  • Filamin A Ig-like domains 4-6 (protein), FLNa4-6, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / Myb complex / glycoprotein Ib-IX-V complex / formation of radial glial scaffolds / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / cytoplasmic sequestering of protein / tubulin deacetylation ...regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / Myb complex / glycoprotein Ib-IX-V complex / formation of radial glial scaffolds / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / cytoplasmic sequestering of protein / tubulin deacetylation / actin crosslink formation / blood coagulation, intrinsic pathway / protein localization to bicellular tight junction / apical dendrite / OAS antiviral response / positive regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of neuron migration / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Cell-extracellular matrix interactions / early endosome to late endosome transport / Fc-gamma receptor I complex binding / cell-cell junction organization / positive regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of platelet activation / protein localization to cell surface / podosome / wound healing, spreading of cells / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / megakaryocyte development / receptor clustering / GP1b-IX-V activation signalling / cortical cytoskeleton / positive regulation of axon regeneration / SMAD binding / actin filament bundle / RHO GTPases activate PAKs / brush border / semaphorin-plexin signaling pathway / epithelial to mesenchymal transition / mitotic spindle assembly / cilium assembly / blood vessel remodeling / potassium channel regulator activity / axonal growth cone / heart morphogenesis / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cell migration / dendritic shaft / protein localization to plasma membrane / actin filament / G protein-coupled receptor binding / protein kinase C binding / synapse organization / mRNA transcription by RNA polymerase II / trans-Golgi network / establishment of protein localization / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of protein catabolic process / kinase binding / cerebral cortex development / platelet aggregation / Z disc / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / actin filament binding / cell-cell junction / actin cytoskeleton / negative regulation of neuron projection development / Platelet degranulation / GTPase binding / actin cytoskeleton organization / angiogenesis / perikaryon / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / transmembrane transporter binding / protein stabilization / cadherin binding / focal adhesion / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用日付: 2019 Aug
タイトル: Critical Structural Defects Explain Filamin A Mutations Causing Mitral Valve Dysplasia
著者: Haataja T / Capoulade R / Lecointe S / Hellman M / Merot J / Permi P
登録者
  • Tatu Haataja (University of Jyväskylä, Jyväskylän, Finland)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2833
タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5) / ダミー原子の半径: 2.00 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.855 / P-value: 0.426529
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2834
タイプ: atomic / 対称性: P1
コメント: Range 574-766 of 4m9p and homology model of FLNa6 used for generating the SASREF model
カイ2乗値: 0.92 / P-value: 0.000009
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Filamin A Ig-like domains 4-6 (FLNa4-6) / 試料濃度: 2.00-4.00
バッファ名称: 20 mM Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT / pH: 8
要素 #1499名称: FLNa4-6 / タイプ: protein / 記述: Filamin A Ig-like domains 4-6 / 分子量: 31.52 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P21333
配列: MSCGNQKVRA WGPGLEGGVV GKSADFVVEA IGDDVGTLGF SVEGPSQAKI ECDDKGDGSC DVRYWPQEAG EYAVHVLCNS EDIRLSPFMA DIRDAPQDFH PDRVKARGPG LEKTGVAVNK PAEFTVDAKH GGKAPLRVQV QDNEGCPVEA LVKDNGNGTY SCSYVPRKPV ...配列:
MSCGNQKVRA WGPGLEGGVV GKSADFVVEA IGDDVGTLGF SVEGPSQAKI ECDDKGDGSC DVRYWPQEAG EYAVHVLCNS EDIRLSPFMA DIRDAPQDFH PDRVKARGPG LEKTGVAVNK PAEFTVDAKH GGKAPLRVQV QDNEGCPVEA LVKDNGNGTY SCSYVPRKPV KHTAMVSWGG VSIPNSPFRV NVGAGSHPNK VKVYGPGVAK TGLKAHEPTY FTVDCAEAGQ GDVSIGIKCA PGVVGPAEAD IDFDIIRNDN DTFTVKYTPR GAGSYTIMVL FADQATPTSP IRVKVEPS

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.9 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Filamin A Ig-like domains 4-6 (FLNa4-6) / 測定日: 2017年2月10日 / セル温度: 20 °C / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0741 3.1293
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 287 /
MinMax
Q0.1565 2.849
P(R) point18 304
R0 9.5
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: Wild type three-domain fragment of human Filamin A Ig-like domains 4-6 (FLNa4-6). There are two extra amino acids, Met and Ser, in the very N-terminus of the polypeptide that have ...コメント: Wild type three-domain fragment of human Filamin A Ig-like domains 4-6 (FLNa4-6). There are two extra amino acids, Met and Ser, in the very N-terminus of the polypeptide that have resulted from TEV-cleavage of the GST fusion tag during the protein purification.
実験値Porod
分子量23.4 kDa25 kDa
体積-41 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I023.91 0.03 23.72 0.03
慣性半径, Rg 2.82 nm0.005 2.73 nm0.03

MinMax
D-9.5
Guinier point18 80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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