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万見
- SASDF93: Ignicoccus islandicus malate dehydrogenase (Malate dehydrogenase) -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF93
試料Ignicoccus islandicus malate dehydrogenase
  • Malate dehydrogenase (protein), Ignicoccus islandicus DSM 13165
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / tricarboxylic acid cycle
類似検索 - 分子機能
L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ignicoccus islandicus DSM 13165 (古細菌)
引用日付: 2019 Jul
タイトル: The archaeal LDH-like malate dehydrogenase from Ignicoccus islandicus displays dual substrate recognition, hidden allostery and a non-canonical tetrameric oligomeric organization
著者: Roche J / Girard E / Mas C
登録者
  • Jennifer Roche (IBS, Institut de Biologie Structurale, Grenoble, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2822
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.678
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Ignicoccus islandicus malate dehydrogenase / 試料濃度: 0.39-9.31
バッファ名称: 50 mM Tris-HCl 50 mM NaCl / pH: 7.4
要素 #1487タイプ: protein / 記述: Malate dehydrogenase / 分子量: 33.552 / 分子数: 4 / 由来: Ignicoccus islandicus DSM 13165 / 参照: UniProt: A0A0U3FQH7
配列: MARIPYKVAV IGTGRVGATF AYTMAVVPGI ARMTLVDVVP GLAKGVMEDI KHAAAVFRRS ITVEAFEDVS KVENADAIVI TAGKPRKADM SRRDLANVNA QIIRDIGDKL RDRNPGALYV VVTNPVDVMT MVLDDVIGSK GTVIGTGTSL DTFRFRAAVS ELLNVPIVAV ...配列:
MARIPYKVAV IGTGRVGATF AYTMAVVPGI ARMTLVDVVP GLAKGVMEDI KHAAAVFRRS ITVEAFEDVS KVENADAIVI TAGKPRKADM SRRDLANVNA QIIRDIGDKL RDRNPGALYV VVTNPVDVMT MVLDDVIGSK GTVIGTGTSL DTFRFRAAVS ELLNVPIVAV DGYVVGEHGE EAFVAWSTVT IKGIHIDQYI KERNINISRE QIEKYVKDVA ASIIASQGAT IWGPAATFQE IVVSHLANES KIIPISLPQN IEGVGRVAVS VPTIISGRLK PLVQLLNEEE QERLKRAAKA IRNVYESILT

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.125 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.85 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Ignicoccus islandicus malate dehydrogenase / 測定日: 2018年9月5日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0447 4.9462
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 391 /
MinMax
Q0.134376 1.9742
P(R) point1 391
R0 8.96
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量118.75 kDa124 kDa
体積-198 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0107.7 109.12 0.61
慣性半径, Rg 3.163 nm3.26 nm0.03

MinMax
D-8.96
Guinier point17 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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