PDB-6qss: Crystal Structure of Ignicoccus islandicus malate dehydrogenase c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qss

タイトル

Crystal Structure of Ignicoccus islandicus malate dehydrogenase co-crystallized with 10 mM Tb-Xo4

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ignicoccus islandicus / malate dehydrogenase / Tb-Xo4

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / tricarboxylic acid cycle
類似検索 - 分子機能

生物種

Ignicoccus islandicus DSM 13165 (古細菌)

手法

X線回折 /

溶液散乱 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.892 Å

データ登録者

Roche, J. / Girard, E. / Madern, D.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: The archaeal LDH-like malate dehydrogenase from Ignicoccus islandicus displays dual substrate recognition, hidden allostery and a non-canonical tetrameric oligomeric organization.
著者: Roche, J. / Girard, E. / Mas, C. / Madern, D.

履歴

登録	2019年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qss.cif.gz	474.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qss.ent.gz	394.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qss_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qss_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6qss_validation.xml.gz	44.3 KB	表示
CIF形式データ	6qss_validation.cif.gz	63.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/6qss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/6qss	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bguS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2822 4v4c-11 31116 4dtj-d 4i0w-d 3ilv-2 6iv9-d 4v4c-12 2q8i-1 4khn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDF93associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, mass spectrometry, SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.486, 109.017, 151.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 33592.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ignicoccus islandicus DSM 13165 (古細菌) 遺伝子: EYM_03995 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3FQH7
#2: 化合物	ChemComp-7MT / Tb-Xo4 分子量: 556.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₅O₄Tb
#3: 化合物	ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION 分子量: 158.925 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
溶液散乱

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Hepes pH 7, 10% w/v PEG 6000. Tb-Xo4 was directly mixed with the protein solution at a final concentration of 10 mM prior to crystallization.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.892→45.92 Å / Num. obs: 103746 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.96 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1146 / R_pim(I) all: 0.04477 / Net I/σ(I): 12.92
反射シェル	解像度: 1.892→1.96 Å / 冗長度: 7.1 % / Num. unique obs: 9531 / CC_1/2: 0.637 / R_pim(I) all: 0.4782 / % possible all: 92.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BGU

4bgu

解像度: 1.892→45.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.147 / SU R_free Blow DPI: 0.132 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.135

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	5161	4.98 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.206	103697	99.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.7375 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.5967 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.1408 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.892→45.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9236	0	81	308	9625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	9481	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	12882	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3339	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1609	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9481	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.9
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.85
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1330	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		11504	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.91 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3579	-	4.1 %
R_work	0.2771	1989	-
all	0.2803	2074	-
obs	-	-	73.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4247	-0.073	-0.4485	1.7471	-0.8916	1.9586	-0.0416	0.0819	-0.029	-0.096	-0.0346	-0.1311	0.2365	0.1567	0.0762	-0.0731	0.0101	-0.02	-0.1008	0.0022	-0.078	26.5207	18.909	37.5393
2	1.6946	0.0888	-0.5876	0	-0.9762	1.9196	0.0302	0.1319	-0.0464	-0.2051	0.0187	-0.0641	0.1475	0.248	-0.0489	0.1488	0.0905	0.1824	-0.1571	-0.0342	-0.1804	34.6456	22.6041	17.1806
3	1.1524	-0.1283	-0.7387	1.0903	0.2956	0.0572	-0.0408	0.1508	-0.0378	-0.2707	0.085	-0.0281	0.1848	0.1171	-0.0442	0.0496	-0.011	0.009	-0.0196	0.0078	-0.1011	25.1171	25.1226	19.9431
4	0.8065	0.0367	0.145	3.4312	0.7527	3.1528	-0.0451	0.063	0.1433	0.1066	-0.0057	-0.2931	0.0901	0.2298	0.0508	-0.1468	-0.033	0.0018	-0.0457	0.0135	-0.0243	29.4008	46.9073	31.6556
5	0.4057	1.9387	1.6626	0	0.7657	1.248	0.0175	-0.0047	0.0999	-0.0394	0.0386	0.0168	-0.2596	0.1724	-0.056	0.0277	-0.0451	0.0431	-0.1132	-0.0235	0.0113	26.8056	61.5602	36.4945
6	2.4898	2.1053	0.4273	1.886	0.7503	1.3457	0.0567	0.0291	-0.0268	0.0075	0.0676	-0.114	-0.0238	0.1743	-0.1243	-0.1438	-0.0645	0.02	-0.0233	0.0333	-0.0173	40.5367	46.9952	33.4237
7	0.8862	0.0969	1.7472	2.1579	-0.5102	1.7944	-0.0132	-0.0439	0	0.0549	0.0551	0.0518	-0.0907	0.0273	-0.0419	-0.0303	0.0094	0.0271	0.0062	0.0242	-0.0545	24.1007	31.9436	34.5446
8	0.5369	0.3561	0.0383	2.4328	0.9126	1.7616	-0.0156	0.2735	0.1756	-0.5762	0.0347	0.1886	-0.1613	0.0314	-0.0191	-0.0303	0.0287	0.0204	-0.0398	0.0416	-0.1306	20.955	37.6592	19.0911
9	2.5787	0.0766	2.4611	1.6836	2.642	2.2588	0.0167	0.1293	-0.0605	-0.1492	-0.0165	-0.005	-0.1028	-0.0537	-0.0002	-0.0121	-0.0069	-0.0171	-0.0193	-0.0048	-0.0129	18.8781	46.0036	19.7487
10	0.0375	-2.7204	-2.1357	0.0011	3.2822	2.5505	-0.0401	0.1819	0.0268	-0.1398	-0.0278	-0.0243	-0.0218	0.0539	0.0679	0.0141	0.0001	0.0896	-0.034	0.0174	-0.1052	31.0217	40.9472	11.9838
11	0.1558	0.4379	-0.7486	0	-2.7211	4.1161	0.0313	0.0407	0.0985	0.2993	-0.1434	-0.204	-0.2176	0.063	0.1122	-0.0164	-0.0706	-0.0447	-0.0951	-0.0814	-0.0985	33.336	34.053	52.1906
12	0.2087	-2.1221	0.395	2.2365	-2.8976	2.9704	0.0906	0.0176	0.0454	0.5454	-0.2397	-0.0917	-0.5138	0.3575	0.1491	-0.0244	-0.1002	-0.0337	-0.1264	-0.0128	-0.1423	37.3663	38.6653	45.7289
13	0.0216	-0.6417	2.2222	0	-1.3088	2.2077	0.0313	-0.0788	-0.0144	0.2308	-0.063	-0.0461	-0.2354	0.0757	0.0317	0.1902	-0.1898	-0.0942	-0.0745	-0.0554	-0.1027	40.7438	42.1805	52.3145
14	3.1183	-2.267	0.9452	0.8462	-3.4131	1.9402	0.027	0.0086	0.1653	0.0155	-0.1937	-0.1933	-0.1255	0.5816	0.1667	0.0501	-0.2258	-0.1704	-0.102	0.0714	-0.2532	49.4056	27.2713	61.2483
15	0.4345	0.5728	0.0351	1.3662	-0.2626	2.0823	-0.0182	-0.0337	-0.1574	0.2851	-0.0576	-0.2029	-0.2738	0.3783	0.0758	-0.0699	-0.0614	-0.0679	-0.099	0.0059	-0.1386	33.8448	18.2011	62.4133
16	0.824	1.9176	2.0866	0.0308	-0.5587	1.5228	-0.0112	-0.0675	-0.1619	0.0662	0.0807	0.0482	0.0232	0.0263	-0.0695	-0.0955	-0.0763	0.0698	-0.1153	-0.0343	0.1659	15.5012	1.594	59.1876
17	1.8963	-1.1208	-1.7501	1.9602	-0.2584	3.7777	-0.0165	0.0199	-0.1019	0.0003	-0.0767	-0.0523	0.2248	0.098	0.0932	-0.128	0.0429	-0.0315	-0.0941	-0.0747	0.013	33.8669	5.9515	51.3485
18	0.4522	0.2379	-2.5038	0	-0.4546	1.6925	0.0115	0.133	0.0997	0.2883	-0.1057	-0.0936	-0.2454	0.1516	0.0943	0.0421	-0.0578	-0.0626	-0.0498	-0.0061	-0.1241	30.8467	27.305	56.5328
19	3.0752	-0.0677	1.1599	1.6113	0.2746	3.2227	0.0609	-0.1209	0.0459	0.4896	-0.074	-0.1032	-0.3464	0.1612	0.0131	0.0974	-0.0972	-0.0612	-0.1283	0.0139	-0.1895	31.9708	22.0716	71.7272
20	2.1021	0.5363	1.0944	2.0845	-1.535	0.0854	-0.0257	-0.043	-0.0772	0.3052	-0.0172	-0.0162	-0.0217	0.223	0.0429	0.0453	-0.0544	-0.1121	-0.042	-0.0083	-0.1707	39.402	11.6966	73.6923
21	0	-0.7344	0.6931	1.5771	-1.0592	1.3643	0.0394	0.0319	0.0193	0.0684	0.0774	0.1974	0.108	-0.2108	-0.1168	-0.0593	-0.0485	0.0106	-0.088	-0.0116	-0.0849	-0.1233	26.3156	50.1904
22	1.4974	-0.123	-2.0371	0.5542	-0.7922	1.8368	0.0415	-0.04	-0.0326	0.0864	0.1333	0.2515	0.0161	-0.2071	-0.1749	-0.0008	-0.0543	0.0708	-0.1096	-0.0062	-0.1003	-7.343	22.9759	67.7843
23	2.1687	1.8852	1.0079	0.0527	-0.5034	1.7815	-0.052	-0.1221	-0.0075	0.0127	0.195	0.1321	0.276	-0.297	-0.143	0.062	-0.0269	0.0443	-0.137	0.071	-0.1576	-2.8474	16.2245	68.4281
24	1.4563	0.6753	-0.0439	2.4574	-1.0926	2.0084	-0.0985	-0.2672	0.3362	0.3896	0.0444	0.2481	-0.3519	-0.2272	0.0541	0.1202	0.0322	-0.0006	-0.1833	-0.0695	-0.1805	13.6268	36.8225	73.8963
25	0.8908	2.0969	-0.5899	2.0246	-0.8475	1.9216	-0.0053	-0.1167	0.0646	0.1488	-0.0429	-0.0422	-0.0968	0.077	0.0481	0.2719	-0.104	-0.1153	-0.1706	-0.0963	-0.1077	26.12	45.1663	77.8283
26	1.6341	-1.2274	0.7703	3.1493	-0.665	1.4655	0.0525	-0.0431	0.193	0.4126	0.0737	0.157	-0.2118	-0.1731	-0.1262	0.1866	0.1022	0.058	-0.1637	-0.1013	-0.1979	6.216	45.2067	75.1469
27	3.4542	-1.1461	0.3946	1.5798	-0.7618	0.5573	0.0052	0.0099	-0.0175	0.1546	0.0469	0.0658	-0.1647	-0.0256	-0.0521	0.024	-0.0053	0.0208	-0.1124	0.0002	-0.1303	9.276	27.9377	61.9693
28	3.3072	1.4389	-1.6447	0.102	0.0488	1.5531	0.0005	-0.2722	0.0168	0.1882	-0.0319	-0.0116	-0.0226	0.1039	0.0314	0.117	0.0303	0.0158	-0.094	-0.0111	-0.1656	10.3452	18.9283	76.213
29	0.0002	0.7885	-0.6394	0	1.8554	0	0.0191	-0.2375	-0.106	0.1971	-0.0918	-0.0532	-0.0521	0.0602	0.0727	0.2718	-0.0259	-0.0089	-0.1236	-0.053	-0.3369	15.6782	25.2478	83.9364
30	0	0.7231	-0.1553	0.5709	-1.9755	1.9133	0.0087	-0.0435	-0.075	0.0446	0.0171	0.0551	-0.0551	-0.0136	-0.0258	0.1589	0.0615	0.1009	0.0096	-0.0906	-0.2238	-2.7895	19.6961	84.6329
31	0.1908	0.2208	0.5121	1.8414	-1.9118	3.256	0.0033	-0.048	0.0608	0.3184	-0.0586	0.0218	-0.2714	0.0427	0.0552	-0.0392	0.0039	0.0062	-0.1431	-0.0764	-0.088	7.7314	48.1208	55.2563
32	2.8272	-1.4643	1.6288	1.8384	-2.4887	2.782	-0.0116	-0.0311	0.1601	0.2193	0.2956	-0.0179	-0.4295	-0.2772	-0.284	0.021	0.1616	0.0394	-0.0951	-0.015	-0.1115	-7.2442	60.7635	41.9997
33	0.0122	-0.7867	0.3977	1.7832	-1.1614	3.5634	-0.0561	-0.0102	0.043	0.2391	0.0026	0.1399	-0.5084	-0.0652	0.0536	-0.0053	0.0266	-0.0281	-0.1135	-0.0285	-0.0488	2.6038	58.3199	39.5001
34	1.7962	1.5737	0.2854	2.0872	0.2363	2.3417	0.0043	-0.1328	-0.0945	0.1538	-0.0358	0.1271	0.1448	-0.1433	0.0315	-0.0812	-0.0104	-0.0132	-0.0165	0.0223	-0.0447	-1.2693	33.66	34.2816
35	1.3018	-0.7774	0.1578	1.7465	0.772	1.4957	0.0183	-0.0358	0.0137	-0.0856	0.0116	0.1072	0.0582	-0.2045	-0.03	-0.0895	-0.0051	-0.0185	-0.0797	0.0116	-0.034	0.5571	33.511	26.7904
36	1.0142	-0.6035	0.7398	0.623	2.3899	2.4697	-0.0277	-0.0361	-0.0077	-0.2015	-0.043	0.0349	0.3008	-0.1677	0.0708	-0.0401	-0.0419	0.0227	-0.0431	0.1318	0.0092	-5.9085	23.9838	23.8738
37	1.3489	0.851	0.13	2.017	-0.3771	2.0148	-0.0137	-0.1229	0.1153	0.166	0.0757	0.3103	-0.0723	-0.3482	-0.0619	-0.0738	0.028	0.0209	-0.0685	0.0011	-0.0318	0.4072	39.4917	42.0328
38	0.5247	-0.1363	1.5479	1.5529	-0.4099	0.6976	-0.0615	0.1062	-0.0282	-0.0852	0.0114	0.0515	-0.253	0.0751	0.0502	-0.0473	0.0122	0.0057	-0.0212	0.0181	-0.045	5.2131	51.4412	28.4217
39	2.8844	1.625	0.5603	4.4165	0.5855	0.0905	0.0021	0.1871	0.1356	-0.3321	0.033	-0.102	-0.0942	0.1327	-0.0351	-0.0188	0.0459	0.0242	-0.0383	0.0411	-0.0967	2.3951	44.8067	19.5308
40	2.6591	-0.7179	1.4471	1.4801	-0.241	0.9653	-0.0596	0.0336	0.2096	-0.1367	0.0426	0.0096	0.0537	-0.244	0.017	-0.0762	0.031	-0.058	-0.0481	0.0494	0.038	-7.7505	57.3342	26.1073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|2 - 85 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|90 - 112 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|113 - 145 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|146 - 191 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|192 - 207 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|208 - 227 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|228 - 251 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|252 - 278 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|279 - 289 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|290 - 308 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ B\|3 - 29 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ B\|30 - 58 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ B\|59 - 72 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ B\|73 - 113 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ B\|114 - 190 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ B\|191 - 206 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ B\|207 - 229 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ B\|230 - 248 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ B\|249 - 282 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ B\|283 - 309 }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{ C\|2 - 69 }
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{ C\|70 - 99 }
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{ C\|100 - 145 }
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{ C\|146 - 190 }
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{ C\|191 - 207 }
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{ C\|208 - 227 }
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{ C\|228 - 253 }
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{ C\|254 - 279 }
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{ C\|280 - 297 }
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{ C\|298 - 309 }
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{ D\|3 - 81 }
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{ D\|90 - 112 }
33	X-RAY DIFFRACTION	33	{ D\|113 - 144 }
34	X-RAY DIFFRACTION	34	{ D\|145 - 164 }
35	X-RAY DIFFRACTION	35	{ D\|165 - 199 }
36	X-RAY DIFFRACTION	36	{ D\|200 - 214 }
37	X-RAY DIFFRACTION	37	{ D\|215 - 251 }
38	X-RAY DIFFRACTION	38	{ D\|252 - 279 }
39	X-RAY DIFFRACTION	39	{ D\|280 - 293 }
40	X-RAY DIFFRACTION	40	{ D\|294 - 309 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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