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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3i2h | ||||||
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Title | Cocaine Esterase with mutation L169K, bound to DTT adduct | ||||||
![]() | Cocaine esterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Alpha/Beta hydrolase | ||||||
Function / homology | ![]() cocaine esterase / cocaine catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / dipeptidyl-peptidase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tesmer, J.J.G. / Nance, M.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural analysis of thermostabilizing mutations of cocaine esterase. Authors: Narasimhan, D. / Nance, M.R. / Gao, D. / Ko, M.C. / Macdonald, J. / Tamburi, P. / Yoon, D. / Landry, D.M. / Woods, J.H. / Zhan, C.G. / Tesmer, J.J. / Sunahara, R.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 154.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 120 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 472.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 475.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3i2fC ![]() 3i2gC ![]() 3i2iC ![]() 3i2jC ![]() 3i2kC ![]() 1ju3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 63726.117 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: L169K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: MB1 / Gene: Cocaine Esterase, cocE / Plasmid: pET 22b (+) / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9L9D7, Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases |
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-Non-polymers , 5 types, 793 molecules ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DBC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DBC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-DBC / ( | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 10mM Tris pH 7.5, 25 mM NaCl, 1.6 M Ammonium Sulfate, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Date: Dec 9, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 88021 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: Difference fourier Starting model: PDB: 1JU3 Resolution: 1.65→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / SU B: 1.107 / SU ML: 0.039 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.608 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→19.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 15.808 Å / Origin y: 64.846 Å / Origin z: -0.254 Å
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Refinement TLS group |
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