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万見
- SASDAG7: CD44 HABD scFv MEM-85 complex (Hyaluronate binding domain of CD44... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAG7
試料CD44 HABD scFv MEM-85 complex
  • Hyaluronate binding domain of CD44 antigen (protein), CD44 HABD, Homo sapiens
  • Single-chain Variable Fragment of Antibody MEM-85 (protein), scFv MEM-85, Mus musculus
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2015
タイトル: Molecular mechanism for the action of the anti-CD44 monoclonal antibody MEM-85.
著者: Jana Škerlová / Vlastimil Král / Michael Kachala / Milan Fábry / Ladislav Bumba / Dmitri I Svergun / Zdeněk Tošner / Václav Veverka / Pavlína Řezáčová /
要旨: The hyaluronate receptor CD44 plays role in cell adhesion and migration and is involved in tumor metastasis. The extracellular domain of CD44 comprises the hyaluronate-binding domain (HABD) and the ...The hyaluronate receptor CD44 plays role in cell adhesion and migration and is involved in tumor metastasis. The extracellular domain of CD44 comprises the hyaluronate-binding domain (HABD) and the membrane-proximal stem region; the short intracellular portion interacts with adaptor proteins and triggers signaling pathways. Binding of hyaluronate to CD44 HABD induces an allosteric conformational change, which results in CD44 shedding. A poorly characterized epitope in human CD44 HABD is recognized by the murine monoclonal antibody MEM-85, which cross-blocks hyaluronate binding to CD44 and also induces CD44 shedding. MEM-85 is of therapeutic interest, as it inhibits growth of lung cancer cells in murine models. In this work, we employed a combination of biophysical methods to determine the MEM-85 binding epitope in CD44 HABD and to provide detailed insight into the mechanism of MEM-85 action. In particular, we constructed a single-chain variable fragment (scFv) of MEM-85 as a tool for detailed characterization of the CD44 HABD-antibody complex and identified residues within CD44 HABD involved in the interaction with scFv MEM-85 by NMR spectroscopy and mutational analysis. In addition, we built a rigid body model of the CD44 HABD-scFv MEM-85 complex using a low-resolution structure obtained by small-angle X-ray scattering. The MEM-85 epitope is situated in the C-terminal part of CD44 HABD, rather than the hyaluronate-binding groove, and the binding of MEM-85 induces a structural reorganization similar to that induced by hyaluronate. Therefore, the mechanism of MEM-85 cross-blocking of hyaluronate binding is likely of an allosteric, relay-like nature.
登録者
  • Michael Kachala (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #279
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 2.50 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 2.460
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #280
タイプ: atomic / ソフトウェア: SASREF / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.24
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: CD44 HABD scFv MEM-85 complex / 試料濃度: 1.30-5.00 / Entity id: 158 / 159
バッファ名称: PBS / PK: 7 / pH: 7.4
要素 #158名称: CD44 HABD / タイプ: protein / 記述: Hyaluronate binding domain of CD44 antigen / 分子量: 17.9 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列:
SNAASQIDLN ITCRFAGVFH VEKNGRYSIS RTEAADLCKA FNSTLPTMAQ MEKALSIGFE TCRYGFIEGH VVIPRIHPNS ICAANNTGVY ILTSNTSQYD TYCFNASAPP EEDCTSVTDL PNAFDGPITI TIVNRDGTRY VQKGEYRTNP EDIYPSNPTD DDV
要素 #159名称: scFv MEM-85 / タイプ: protein / 記述: Single-chain Variable Fragment of Antibody MEM-85 / 分子量: 28.5 / 分子数: 1 / 由来: Mus musculus
配列: EVQLQESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT NYGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWAGGSTNYN SALMSRLSIS KDNSKSQVFL KMNSLQTDDT AMYYCARDGA RAMDYWGQGT TVTVSGGGGS GGGGSGGGGS GGGGSDIVMS QSPSSLAVSV GEKVTVSCKS SQSLLYSSNQ ...配列:
EVQLQESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFSLT NYGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWAGGSTNYN SALMSRLSIS KDNSKSQVFL KMNSLQTDDT AMYYCARDGA RAMDYWGQGT TVTVSGGGGS GGGGSGGGGS GGGGSDIVMS QSPSSLAVSV GEKVTVSCKS SQSLLYSSNQ KNYLAWYQQK PGQSPKLLIS WASTRESGVP DRFTGSGSGT DFTLTISSVK AEDLAVYYCQ QSYSYPWTFG GGTKLEIKRE QKLISEEDLN GTHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: CD44 HABD scFv MEM-85 complex / 測定日: 2013年10月31日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.2003 4.4884
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 352 /
MinMax
Q0.2029 2.973
P(R) point1 352
R0 9.415
結果
カーブのタイプ: extrapolated / Standard: BSA /
実験値PorodPorod error
分子量44 kDa--
体積-57 nm3200

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I08363 135 8235 83
慣性半径, Rg 2.81 nm0.05 2.69 nm0.14

MaxError
D9.4 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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