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万見
- SASDEQ9: Cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) with cyclic guanosine monophosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEQ9
試料Cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) with cyclic guanosine monophosphate–adenosine monophosphate (2'3'-cGAMP)
  • Cyclic GMP-AMP synthase (protein), cGAS, Homo sapiens
  • 2'-O,5'-O-((adenosine-3'-O,5'-O-diyl)bisphosphinico)guanosine (other), 2′3′-cGAMP
機能・相同性Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / water channel activity / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / plasma membrane / Probable aquaporin AqpM
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2019
タイトル: cGAS facilitates sensing of extracellular cyclic dinucleotides to activate innate immunity.
著者: Haipeng Liu / Pedro Moura-Alves / Gang Pei / Hans-Joachim Mollenkopf / Robert Hurwitz / Xiangyang Wu / Fei Wang / Siyu Liu / Mingtong Ma / Yiyan Fei / Chenggang Zhu / Anne-Britta Koehler / ...著者: Haipeng Liu / Pedro Moura-Alves / Gang Pei / Hans-Joachim Mollenkopf / Robert Hurwitz / Xiangyang Wu / Fei Wang / Siyu Liu / Mingtong Ma / Yiyan Fei / Chenggang Zhu / Anne-Britta Koehler / Dagmar Oberbeck-Mueller / Karin Hahnke / Marion Klemm / Ute Guhlich-Bornhof / Baoxue Ge / Anne Tuukkanen / Michael Kolbe / Anca Dorhoi / Stefan He Kaufmann /
要旨: Cyclic dinucleotides (CDNs) are important second messenger molecules in prokaryotes and eukaryotes. Within host cells, cytosolic CDNs are detected by STING and alert the host by activating innate ...Cyclic dinucleotides (CDNs) are important second messenger molecules in prokaryotes and eukaryotes. Within host cells, cytosolic CDNs are detected by STING and alert the host by activating innate immunity characterized by type I interferon (IFN) responses. Extracellular bacteria and dying cells can release CDNs, but sensing of extracellular CDNs (eCDNs) by mammalian cells remains elusive. Here, we report that endocytosis facilitates internalization of eCDNs. The DNA sensor cGAS facilitates sensing of endocytosed CDNs, their perinuclear accumulation, and subsequent STING-dependent release of type I IFN Internalized CDNs bind cGAS directly, leading to its dimerization, and the formation of a cGAS/STING complex, which may activate downstream signaling. Thus, eCDNs comprise microbe- and danger-associated molecular patterns that contribute to host-microbe crosstalk during health and disease.
登録者
  • Anne Tuukkanen (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2780
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.138 / P-value: 0.000013
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モデル #2781
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.138 / P-value: 0.000013
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2782
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.138 / P-value: 0.000013
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モデル #2783
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.138 / P-value: 0.000013
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試料

試料名称: Cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) with cyclic guanosine monophosphate–adenosine monophosphate (2'3'-cGAMP)
試料濃度: 9 mg/ml / Entity id: 1448 / 1449
バッファ名称: 20 mM HEPES / pH: 7.4
要素 #1448名称: cGAS / タイプ: protein / 記述: Cyclic GMP-AMP synthase / 分子量: 61.419 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8N884
配列: MQPWHGKAMQ RASEAGATAP KASARNARGA PMDPTESPAA PEAALPKAGK FGPARKSGSR QKKSAPDTQE RPPVRATGAR AKKAPQRAQD TQPSDATSAP GAEGLEPPAA REPALSRAGS CRQRGARCST KPRPPPGPWD VPSPGLPVSA PILVRRDAAP GASKLRAVLE ...配列:
MQPWHGKAMQ RASEAGATAP KASARNARGA PMDPTESPAA PEAALPKAGK FGPARKSGSR QKKSAPDTQE RPPVRATGAR AKKAPQRAQD TQPSDATSAP GAEGLEPPAA REPALSRAGS CRQRGARCST KPRPPPGPWD VPSPGLPVSA PILVRRDAAP GASKLRAVLE KLKLSRDDIS TAAGMVKGVV DHLLLRLKCD SAFRGVGLLN TGSYYEHVKI SAPNEFDVMF KLEVPRIQLE EYSNTRAYYF VKFKRNPKEN PLSQFLEGEI LSASKMLSKF RKIIKEEIND IKDTDVIMKR KRGGSPAVTL LISEKISVDI TLALESKSSW PASTQEGLRI QNWLSAKVRK QLRLKPFYLV PKHAKEGNGF QEETWRLSFS HIEKEILNNH GKSKTCCENK EEKCCRKDCL KLMKYLLEQL KERFKDKKHL DKFSSYHVKT AFFHVCTQNP QDSQWDRKDL GLCFDNCVTY FLQCLRTEKL ENYFIPEFNL FSSNLIDKRS KEFLTKQIEY ERNNEFPVFD EFLEYPYDVP DYAAAALEHH HHHH
要素 #1449名称: 2′3′-cGAMP / タイプ: other
記述: 2'-O,5'-O-((adenosine-3'-O,5'-O-diyl)bisphosphinico)guanosine
分子量: 0.674 / 分子数: 2
配列:
C20H24N10O 13P2

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1241 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) with cyclic guanosine monophosphate–adenosine monophosphate (2'3'-cGAMP)
測定日: 2017年4月25日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3600 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1385 5.0254
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 674 /
MinMax
Q0.179742 2.02844
P(R) point1 674
R0 14.11
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量98 kDa74.7 kDa
体積-127 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I02559 25.6 2543.39 10.14
慣性半径, Rg 4.118 nm0.21 3.94 nm0.9

MinMaxError
D-14.11 0.71
Guinier point16 70 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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