SASDAL5: CD27L (Clostridium difficile bacteriophage 27 endolysin)

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDAL5

試料

CD27L

• Clostridium difficile bacteriophage 27 endolysin (protein), CD27L, Clostridioides difficile

• 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア)
• 引用: ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2014; タイトル: The CD27L and CTP1L endolysins targeting Clostridia contain a built-in trigger and release factor.; 著者: Matthew Dunne / Haydyn D T Mertens / Vasiliki Garefalaki / Cy M Jeffries / Andrew Thompson / Edward A Lemke / Dmitri I Svergun / Melinda J Mayer / Arjan Narbad / Rob Meijers / ; 要旨: The bacteriophage ΦCD27 is capable of lysing Clostridium difficile, a pathogenic bacterium that is a major cause for nosocomial infection. A recombinant CD27L endolysin lyses C. difficile in vitro, and represents a promising alternative as a bactericide. To better understand the lysis mechanism, we have determined the crystal structure of an autoproteolytic fragment of the CD27L endolysin. The structure covers the C-terminal domain of the endolysin, and represents a novel fold that is identified in a number of lysins that target Clostridia bacteria. The structure indicates endolysin cleavage occurs at the stem of the linker connecting the catalytic domain with the C-terminal domain. We also solved the crystal structure of the C-terminal domain of a slow cleaving mutant of the CTP1L endolysin that targets C. tyrobutyricum. Two distinct dimerization modes are observed in the crystal structures for both endolysins, despite a sequence identity of only 22% between the domains. The dimers are validated to be present for the full length protein in solution by right angle light scattering, small angle X-ray scattering and cross-linking experiments using the cross-linking amino acid p-benzoyl-L-phenylalanine (pBpa). Mutagenesis on residues contributing to the dimer interfaces indicates that there is a link between the dimerization modes and the autocleavage mechanism. We show that for the CTP1L endolysin, there is a reduction in lysis efficiency that is proportional to the cleavage efficiency. We propose a model for endolysin triggering, where the extended dimer presents the inactive state, and a switch to the side-by-side dimer triggers the cleavage of the C-terminal domain. This leads to the release of the catalytic portion of the endolysin, enabling the efficient digestion of the bacterial cell wall.

登録者

• Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

モデル

• モデル #269: ; タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: OLIGOMER component 1: head-head CD27L dimer / カイ2乗値: 2.4649; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #270: ; タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: OLIGOMER component 2: side-side CD27L dimer / カイ2乗値: 2.4649; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #271: ; タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: OLIGOMER component 3a / カイ2乗値: 2.4649; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #272: ; タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: OLIGOMER component 3b / カイ2乗値: 2.4649; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #273: ; タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 2.4649; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #274: ; タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: OLIGOMER component 3c / カイ2乗値: 2.4649; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #275: ; タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: OLIGOMER component 3d / カイ2乗値: 2.4649; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #276: ; タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: OLIGOMER component 3e / カイ2乗値: 2.4649; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: CD27L / Sample MW: 64.2 kDa / 試料濃度: 0.90-4.00 / 濃度測定法: A280
• バッファ: 名称: 20 mM HEPES 150 mM NaCl / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl

要素 #94

名称: CD27L / タイプ: protein / 記述: Clostridium difficile bacteriophage 27 endolysin / 分子量: 32.1 / 分子数: 2 / 由来: Clostridioides difficile
配列:

MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MKICITVGHS ILKSGACTSA DGVVNEYQYN KSLAPVLADT FRKEGHKVDV IIsPEKQFKT KNEEKSYKIP RVNSGGYDLL IELHLNASNG QGKGSEVLYY SNKGLEYATR ICDKLGTVFK NRGAKLDKRL YILNSSKPTA VLIESFFCDN KEDYDKAKKL GHEGIAKLIV EGVLNKNINN EGVKQMYKHT IVYDGEVDKI SATVVGWGYN DGKILICDIK DYVPGQTQNL YVVGGGACEK ISSITKEKFI MIKGNDRFDT LYKALDFIN

実験情報

• ビーム: 設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
• 検出器: 名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm

スキャン

タイトル: CD27L wild-type / 測定日: 2011年3月17日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.1292	6.3452

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 427 /

	Min	Max
Q	0.1332	2.421
P(R) point	24	450
R	0	10.57

結果

カーブのタイプ: merged / Standard: BSA

	実験値	Standard	Porod
分子量	42.1 kDa	42.1 kDa	45.1 kDa
体積	-	-	72.15 nm3

	P(R)	Guinier
前方散乱 I0	44	45.6
慣性半径, Rg	3.3 nm	3.3 nm

	Min	Max
D	-	10.6
Guinier point	1	100